| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | 1040657 = | 42 (0.760) | 4 (0.080) | 4/148 | 3.5 | 9.6% | coding (603/1140 nt) | gfcE | polysaccharide export protein |
| ? | NZ_CP009273 | 1040766 = | 38 (0.770) | coding (494/1140 nt) | gfcE | polysaccharide export protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CATCAGCGCATAGAGGTTCACTTTGGTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAATATTGGTAATCGGCTGCTGACCCGATTTGCTGACTTCGCCGGTGACGTAC > NZ_CP009273/1040570‑1040741 | cATCAGCGCATAGAGGTTCACTTTGGTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGAccgcccgc < 1:1248669/90‑1 (MQ=255) aTAGAGGTTCACTTTGGTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAAt > 1:1440696/1‑90 (MQ=255) tAGAGGTTCACTTTGGTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATc < 1:1474168/90‑1 (MQ=255) tAGAGGTTCACTTTGGTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATc < 1:997783/90‑1 (MQ=255) tCACTTTGGTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATc < 2:680996/83‑1 (MQ=255) tCACTTTGGTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATc > 1:680996/1‑83 (MQ=255) tCACTTTGGTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCa > 2:1531065/1‑90 (MQ=255) cACTTTGGTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCat > 2:363522/1‑90 (MQ=255) cTTTGGTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCatga < 2:1440696/90‑1 (MQ=255) tttGGTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCatgat < 1:965160/90‑1 (MQ=255) ttGGTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCatgatg > 1:1330614/1‑90 (MQ=255) ggTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGt > 1:180135/1‑90 (MQ=255) gTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTc < 1:1008079/90‑1 (MQ=255) gTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTc < 2:1153640/90‑1 (MQ=255) gTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTc < 1:888816/90‑1 (MQ=255) gTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTc < 2:723905/90‑1 (MQ=255) tttACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCaga < 1:396995/90‑1 (MQ=255) ccATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAata > 2:612218/1‑90 (MQ=255) ccATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAata > 2:1085579/1‑90 (MQ=255) ttCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAATATTg > 2:534166/1‑90 (MQ=255) ttCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAATATTg > 2:675960/1‑90 (MQ=255) ttCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAATATTg > 2:683038/1‑90 (MQ=255) ttCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAATATTg > 2:1259513/1‑90 (MQ=255) ttCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAATATTg > 2:817712/1‑90 (MQ=255) aGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAATATTGGTAATCGgc > 2:388561/1‑90 (MQ=255) aGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAATATTGGTAATCGgc > 1:1614022/1‑90 (MQ=255) gCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGaa > 2:914233/1‑75 (MQ=255) gCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGaa < 1:914233/75‑1 (MQ=255) gCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAATATTGGTAATCGgct > 2:571035/1‑90 (MQ=255) ttGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAATATTGGTAATCGGCTGCTGAccc > 2:143455/1‑90 (MQ=255) tGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAATATTGGTAATCGGCTGCTGACCCg < 1:1038287/90‑1 (MQ=255) ccAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATc < 2:1164595/45‑1 (MQ=255) ccAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATc > 1:1164595/1‑45 (MQ=255) aGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAATATTGGTAATCGGCTGCTGACCCGATTTGc > 1:738934/1‑90 (MQ=255) tGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCaga < 2:474389/46‑1 (MQ=255) tGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCaga > 1:474389/1‑46 (MQ=255) gCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTc > 2:204711/1‑42 (MQ=255) gCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTc < 1:204711/42‑1 (MQ=255) gCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAATATTGGTAATCGGCTGCTGACCCGATTTGCTGACTTCGCCg > 2:1522909/1‑90 (MQ=255) ggTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAATATTGGTAATCGGCTGCTGACCCGATTTGCTGACTTCGCCGGt > 1:633900/1‑90 (MQ=255) tCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAATATTGGTAATCGGCTGCTGACCCGATTTGCTGACTTCGCCGGTGa < 1:1056184/90‑1 (MQ=255) ccgcccgcGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAATATTGGTAATCGGCTGCTGACCCGATTTGCTGACTTCGCCGGTGACGTAc < 1:286408/90‑1 (MQ=255) | CATCAGCGCATAGAGGTTCACTTTGGTCTTTACGCCATTCTGGGTGAGCACCACGTTGCGCCAGTCTGCATCTGCGGTCAGACCGCCCGCGGCGTTAATCGCATCCATGATGGTCAGAGGAATATTGGTAATCGGCTGCTGACCCGATTTGCTGACTTCGCCGGTGACGTAC > NZ_CP009273/1040570‑1040741 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |