| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | 3610791 = | 44 (0.830) | 3 (0.070) | 3/142 | 3.9 | 4.6% | coding (417/765 nt) | nikD | nickel import ATP‑binding protein NikD |
| ? | NZ_CP009273 | 3611111 = | 88 (1.940) | coding (737/765 nt) | nikD | nickel import ATP‑binding protein NikD | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAA > NZ_CP009273/3611022‑3611197 | cGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGc < 2:969818/90‑1 (MQ=255)cGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGc < 2:1331840/90‑1 (MQ=255)cGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGc < 1:428847/90‑1 (MQ=255) ggTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGcc > 2:544453/1‑90 (MQ=255) gTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGccc < 1:591285/90‑1 (MQ=255) gTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGccc < 2:793725/90‑1 (MQ=255) gTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGccc < 2:170223/90‑1 (MQ=255) aaGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCctc < 1:1504321/90‑1 (MQ=255) aaGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCctc < 2:1155984/90‑1 (MQ=255) aaGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCctc < 2:557914/90‑1 (MQ=255) gATTGTCGATCAGGGCGATGGAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACACCCAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTa < 2:1357414/90‑1 (MQ=255) aTTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTAc < 2:345069/90‑1 (MQ=255) aTTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTAc < 2:416788/90‑1 (MQ=255) aTTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTAc < 1:601750/90‑1 (MQ=255) aTTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTAc < 1:932836/90‑1 (MQ=255) gTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGt > 1:159833/1‑90 (MQ=255) cGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTAt > 1:1442473/1‑90 (MQ=255) cGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTAt < 1:131797/90‑1 (MQ=255) cGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCAACTCGCCCTCTACGGTAt < 1:903621/90‑1 (MQ=255) aGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGccc < 2:108518/75‑1 (MQ=255) aGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGccc > 1:108518/1‑75 (MQ=255) gtgCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCt > 1:1394279/3‑90 (MQ=255) gggCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCt > 1:1546224/1‑90 (MQ=255) gCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTgg < 1:682730/90‑1 (MQ=255) gCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCCCGCCCTCTACGGTATGGAGCTgg > 1:767290/1‑90 (MQ=255) gAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGa > 1:887549/1‑90 (MQ=255) aaCGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACt < 2:558925/90‑1 (MQ=255) aCGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACtt < 2:1563484/90‑1 (MQ=255) cGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACttt < 1:140670/90‑1 (MQ=255) gCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTa > 2:1016778/1‑90 (MQ=255) tGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGccc > 2:65505/1‑57 (MQ=255) tGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGccc < 1:65505/57‑1 (MQ=255) tGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACt > 2:757691/1‑90 (MQ=255) tGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACt > 2:274542/1‑90 (MQ=255) tGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACt > 1:897417/1‑90 (MQ=255) gTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACtt > 1:1083273/1‑90 (MQ=255) ccccAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTcc < 1:599458/90‑1 (MQ=255) cccAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAAc < 1:112199/83‑1 (MQ=255) cccAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAAc > 2:112199/1‑83 (MQ=255) cccAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCg > 2:1026420/1‑90 (MQ=255) cccAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCg > 2:955318/1‑90 (MQ=255) cccAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCg > 2:55528/1‑90 (MQ=255) cccAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCg > 2:49452/1‑90 (MQ=255) cccAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGACCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCg > 2:1477566/1‑90 (MQ=255) aaCATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCt < 2:509988/90‑1 (MQ=255) aaCATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCt < 2:494571/90‑1 (MQ=255) aaCATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCt < 1:1424414/90‑1 (MQ=255) aaCATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCt < 2:1436248/90‑1 (MQ=255) aaCATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCt < 2:897417/90‑1 (MQ=255) tACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTcc > 1:849552/1‑90 (MQ=255) tACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTcc > 2:249555/1‑90 (MQ=255) tACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTcc > 2:1221879/1‑90 (MQ=255) aGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTAc > 2:745011/1‑40 (MQ=255) aGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTAc < 1:745011/40‑1 (MQ=255) aGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCAt < 1:1555413/90‑1 (MQ=255) aGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCAt < 1:801528/90‑1 (MQ=255) aGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCAt < 1:1026420/90‑1 (MQ=255) aGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCAt < 1:1393456/90‑1 (MQ=255) aGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCAt < 2:432805/90‑1 (MQ=255) aGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCAt < 1:757691/90‑1 (MQ=255) gTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATc > 1:29190/1‑90 (MQ=255) tGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTAc < 1:245590/38‑1 (MQ=255) tGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTAc > 2:245590/1‑38 (MQ=255) tGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCa < 2:1071469/90‑1 (MQ=255) gACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTAc > 1:549586/1‑37 (MQ=255) gACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTAc < 2:549586/37‑1 (MQ=255) gACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTcc < 1:553270/75‑1 (MQ=255) gACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTcc > 2:553270/1‑75 (MQ=255) gACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCAc > 2:322638/1‑90 (MQ=255) gACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCAc > 1:1181908/1‑90 (MQ=255) gACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCAc > 2:116921/1‑90 (MQ=255) aCGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTAc > 2:1486598/1‑36 (MQ=255) aCGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTAc < 1:1486598/36‑1 (MQ=255) aCGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCt > 2:173296/1‑79 (MQ=255) aCGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCt < 1:173296/79‑1 (MQ=255) aCGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCAt < 1:42043/86‑1 (MQ=255) aCGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCAt > 2:42043/1‑86 (MQ=255) aCGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACt > 2:966465/1‑90 (MQ=255) cgcgCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTAc < 2:149088/35‑1 (MQ=255) cgcgCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTAc > 1:149088/1‑35 (MQ=255) cgcgCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCAt > 2:999739/1‑85 (MQ=255) cgcgCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCAt < 1:999739/85‑1 (MQ=255) gcgcAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCttt < 1:1466672/79‑1 (MQ=255) gcgcAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCttt > 2:1466672/1‑79 (MQ=255) gCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATACGCa > 1:1162228/1‑90 (MQ=255) gCCTGGTTTCCGCTCATCCCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCa < 2:767290/90‑1 (MQ=255) tGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACgg < 1:430952/90‑1 (MQ=255) tGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACgg > 2:1129367/1‑90 (MQ=255) cGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGAttt > 1:1122775/1‑90 (MQ=255) cATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACg > 1:175213/1‑90 (MQ=255) aTCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACgg > 2:815581/1‑90 (MQ=255) tcGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGaaa < 2:1442473/90‑1 (MQ=255) tcGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGaaa < 1:49452/90‑1 (MQ=255) | CGGTAAGATTGTCGAACAGGGCGATGTAGAAACGCTGTTTAACGCCCCCAAACATACAGTGACGCGCAGCCTGGTTTCCGCTCATCTCGCCCTCTACGGTATGGAGCTGGCATCATGACTTTACTTAACATCTCCGGCCTTTCCCATCACTATGCGCACGGTGGATTTAACGGAAA > NZ_CP009273/3611022‑3611197 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |