| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | 2416060 = | 37 (0.790) | 3 (0.070) | 3/146 | 3.1 | 7.9% | coding (874/894 nt) | yfcH | TIGR01777 family oxidoreductase |
| ? | NZ_CP009273 | 2416107 = | 38 (0.940) | intergenic (+27/+21) | yfcH/rpnB | TIGR01777 family oxidoreductase/recombination‑promoting nuclease RpnB | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAA > NZ_CP009273/2416024‑2416196 | ggTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTc < 1:321310/90‑1 (MQ=255) ttGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCgg < 1:516321/90‑1 (MQ=255) gCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGgtg > 2:659847/1‑90 (MQ=255) ttCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTAc > 1:410394/1‑90 (MQ=255) cGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAg < 1:1065783/90‑1 (MQ=255) cGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAg < 1:832817/90‑1 (MQ=255) tACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAg < 1:1136978/90‑1 (MQ=255) gaagaGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTgc < 1:306376/90‑1 (MQ=255) agagGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTgcgc < 1:659847/90‑1 (MQ=255) agGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGa > 2:5743/1‑90 (MQ=255) agGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGa < 1:310163/90‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTgcgc > 1:780294/1‑87 (MQ=255) ggCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTgcgc > 1:810388/1‑87 (MQ=255) ggCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTgcgc < 2:780294/87‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTgcgc < 2:810388/87‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGAt > 1:21493/1‑90 (MQ=255) ggCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGAt > 2:343952/1‑90 (MQ=255) ggCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGAt > 2:782084/1‑90 (MQ=255) ggCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGAt > 2:1267502/1‑90 (MQ=255) cTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGa < 2:14815/90‑1 (MQ=255) tGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGAt > 2:1149128/1‑90 (MQ=255) ggCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATc > 1:727076/1‑90 (MQ=255) ggATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTc < 2:247484/90‑1 (MQ=255) gATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCt > 1:208633/1‑90 (MQ=255) gTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGaa > 2:26689/1‑90 (MQ=255) gCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTc < 1:216910/90‑1 (MQ=255) cTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCg < 1:1149128/90‑1 (MQ=255) gATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCggg > 2:140303/1‑90 (MQ=255) gtgGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCa < 1:236785/90‑1 (MQ=255) gtgGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCa > 1:1109329/1‑90 (MQ=255) tgGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCAc < 1:1004960/90‑1 (MQ=255) ggTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCAcc < 2:774050/90‑1 (MQ=255) tACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACcatca < 1:544604/90‑1 (MQ=255) tACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACcatca < 1:140303/90‑1 (MQ=255) aaaCATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCAtaacta > 1:775778/1‑90 (MQ=255) aaCATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACcat > 2:893738/1‑81 (MQ=255) aaCATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACcat < 1:893738/81‑1 (MQ=255) aaCATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCAtaactaa > 2:41693/1‑90 (MQ=255) cATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATaactaact > 1:118598/1‑90 (MQ=255) ccGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAActctc < 2:264485/90‑1 (MQ=255) ccGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAActctc < 2:18366/90‑1 (MQ=255) ccGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAActctc < 2:273516/90‑1 (MQ=255) ccGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAActctc < 2:1109329/90‑1 (MQ=255) ccGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAActctc < 2:417864/90‑1 (MQ=255) ccGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAActctc < 2:471789/90‑1 (MQ=255) ccGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAActctc < 2:1098741/90‑1 (MQ=255) ccGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAActctc < 1:969627/90‑1 (MQ=255) ccGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAActctc < 2:727076/90‑1 (MQ=255) ccGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAActctc > 1:877570/1‑90 (MQ=255) ccGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAActctc > 1:472423/1‑90 (MQ=255) ccGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAActctc < 2:877570/90‑1 (MQ=255) ttAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTaa < 1:1132145/90‑1 (MQ=255) | GGTTTTGCGTTTCGCTGGTACGATTTAGAAGAGGCGCTGGCGGATGTCGTTCGCTGATGTGGTTTACAGCAAACATCCGCCAGTTAACTCCCGGTGTTACAGGATTAGTGGCTTTGCGCGATAAGATCGTCTGGTGAAAGTCGGGTCACCATCATAACTAACTCTCTGTCTAA > NZ_CP009273/2416024‑2416196 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |