| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | = 3738194 | 31 (1.270) | 4 (0.160) +TGGG |
3/148 | 1.8 | 11.3% | coding (31/1278 nt) | yiaN | 2,3‑diketo‑L‑gulonate transporter large permease YiaN |
| ? | NZ_CP009273 | 3738195 = | 32 (1.200) | coding (32/1278 nt) | yiaN | 2,3‑diketo‑L‑gulonate transporter large permease YiaN | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTATATCAACTCATCACGCGTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTG > NZ_CP009273/3738105‑3738278 | ttATATCAACTCATCACGCGTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGctgtctgt < 2:492235/90‑1 (MQ=255) atatCAACTCATCACGCGTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTtg < 1:604227‑M1/90‑3 (MQ=255) aCTCATCACGCGTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGggtggt > 2:325052/1‑90 (MQ=255) aCTCATCACGCGTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGggtggt > 2:550350/1‑90 (MQ=255) aCTCATCACGCGTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGggtggt > 1:458401/1‑90 (MQ=255) aCTCATCACGCGTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGggtggt > 2:600821/1‑90 (MQ=255) aCTCATCACGCGTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGggtggt > 2:625790/1‑90 (MQ=255) cTCATCACGCGTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTa < 1:462900/90‑1 (MQ=255) cTCATCACGCGTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTa < 1:747953/90‑1 (MQ=255) catcaCGCGTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTtgggtgggatt > 2:300976‑M1/1‑79 (MQ=255) catcaCGCGTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTAtt < 2:412551/90‑1 (MQ=255) caCGCGTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCt > 2:670626/1‑90 (MQ=255) cgTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGGGGTATTGCTATCg > 1:426518/1‑90 (MQ=255) gTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCgg > 1:588607/1‑90 (MQ=255) gTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCgg > 2:253954/1‑90 (MQ=255) gCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGttt < 1:672466/90‑1 (MQ=255) aCGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCt < 2:25171/90‑1 (MQ=255) cGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTg < 1:325052/90‑1 (MQ=255) cGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGc > 2:618849/1‑90 (MQ=255) cGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGc < 1:399133/90‑1 (MQ=255) cACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACt < 2:239731/90‑1 (MQ=255) cACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACt < 1:541024/90‑1 (MQ=255) aTCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGggcg < 2:619506/90‑1 (MQ=255) cATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTtgggtgggtggtattgctatcggtttgcctattgcctgggc > 2:143439‑M1/1‑32 (MQ=255) cATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTtgggtgggtggtattgctatcggtttgcctattgcctgggc < 1:143439‑M1/73‑42 (MQ=255) aTGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGgcggcg > 1:291747/1‑90 (MQ=255) aTGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGgcggcg > 1:222005/1‑90 (MQ=255) gtgCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTTTTGTGCGGGGCGGCGTTAATg > 2:751477/1‑90 (MQ=255) gtgCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGggcggc < 1:664322/83‑1 (MQ=255) gtgCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGggcggc > 2:664322/1‑83 (MQ=255) gtgCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATg > 2:298667/1‑90 (MQ=255) gtgCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATg > 1:132979/1‑90 (MQ=255) tgCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGt > 2:169107/1‑90 (MQ=255) cTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTc < 1:197342/90‑1 (MQ=255) gATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTctg > 2:561901/1‑90 (MQ=255) ttCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGTACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTctggctgg > 2:191660/1‑90 (MQ=255) gtctgtTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTg > 2:298978/1‑90 (MQ=255) | TTATATCAACTCATCACGCGTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTG > NZ_CP009273/3738105‑3738278 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |