| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | 290186 = | 39 (1.670) | 9 (0.390) | 7/162 | 1.0 | 19.1% | coding (325/855 nt) | BW25113_RS01425 | hypothetical protein |
| ? | NZ_CP009273 | 376718 = | NA (NA) | coding (26/444 nt) | BW25113_RS01855 | transferase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCATTTATTGACCAGTTATGACGATTGCATT > NZ_CP009273/290097‑290275 | ctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtct < 1:470809‑M1/1‑1 (MQ=255)aaaGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGtttt < 2:272362/90‑1 (MQ=255) gttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTAc < 1:208231‑M1/3‑1 (MQ=255) aTCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCg > 1:509761/1‑90 (MQ=255) aTCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCg > 2:505158/1‑90 (MQ=255) aatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTACCTCGGCt > 1:655009‑M1/81‑90 (MQ=255) gCAATGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCtt < 1:134022/90‑1 (MQ=255) aaTGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGtggatt < 1:592345‑M1/90‑7 (MQ=255) aTGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGa > 2:674481/1‑90 (MQ=255) gATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGAt > 2:274355/1‑90 (MQ=255) gATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGAt < 1:274355/90‑1 (MQ=255) gATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGAt > 1:665624/1‑90 (MQ=255) aTTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGtggatttgcccct < 1:150906‑M1/90‑14 (MQ=255) tttAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGctt < 1:699/90‑1 (MQ=255) tttAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGctt < 1:403802/90‑1 (MQ=255) tttAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGctt < 1:698052/90‑1 (MQ=255) tttAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGctt < 1:612734/90‑1 (MQ=255) aaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTACCTCGGCTTCGATTGATGctt > 2:674366‑M1/68‑90 (MQ=255) tagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTACCTCGGCTTCGATTGATGctttcttt < 2:12805‑M1/28‑1 (MQ=255) tagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTACCTCGGCTTCGATTGATGctttcttt > 1:699165‑M1/63‑90 (MQ=255) aCTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGtggatttgcccctatatttccaga < 2:37193‑M1/90‑25 (MQ=255) cATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGtggatttgcccctatatttccagacat < 1:440051‑M1/90‑28 (MQ=255) cATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATaga < 1:540974/90‑1 (MQ=255) cATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATaga < 1:337719/90‑1 (MQ=255) cATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATaga > 1:466377/1‑90 (MQ=255) tgatgTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAgaga < 1:159956/90‑1 (MQ=255) tatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtct < 2:681823‑M1/1‑1 (MQ=255) tatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtct > 1:681823‑M1/51‑51 (MQ=255) tatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTACCTCGGCTTCGATTGATGctt > 2:44898‑M1/51‑73 (MQ=255) tatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcTACCTCGGCTTCGATTGATGctt < 1:44898‑M1/23‑1 (MQ=255) gTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACtt > 2:420776/1‑90 (MQ=255) 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aGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccc < 1:262619‑M1/90‑45 (MQ=255) aGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccc < 2:230441‑M1/90‑45 (MQ=255) aGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccc < 2:144370‑M1/90‑45 (MQ=255) cAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCa < 1:589928/90‑1 (MQ=255) gTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATaga > 2:218220/1‑60 (MQ=255) gTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATaga < 1:218220/60‑1 (MQ=255) gTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCAtt > 2:338553/1‑90 (MQ=255) tctggagattcagggggccagtcTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCATTTAt < 1:475862‑M1/67‑1 (MQ=255) ttCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCATTTATTGa < 1:305858/90‑1 (MQ=255) tCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCATTTATTGAc < 2:665624/90‑1 (MQ=255) ccAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCATTTATTGAcc < 1:187473/90‑1 (MQ=255) ccAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCATTTATTGAcc < 2:97788/90‑1 (MQ=255) ccAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCATTTATTGAcc < 2:597279/90‑1 (MQ=255) ccAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCATTTATTGAcc < 1:505158/90‑1 (MQ=255) ccAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCATTTATTGAcc < 2:283150/90‑1 (MQ=255) ccAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCATTTATTGAcc < 2:130341/90‑1 (MQ=255) ccAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCATTTATTGAcc < 1:90749/90‑1 (MQ=255) agagTTACTTCTGTTTTACCTCGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagat > 2:612322‑M1/1‑23 (MQ=255) agagTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGctt > 2:155032/1‑39 (MQ=255) agagTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGctt < 1:155032/39‑1 (MQ=255) gTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGctt < 2:4828/36‑1 (MQ=255) gTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGctt > 1:4828/1‑36 (MQ=255) tACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCATTTATTGACCAGTTATg > 2:479925/1‑90 (MQ=255) tACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCATTTATTGACCAGTTATg > 2:410914/1‑90 (MQ=255) tGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCATTTATTGACCAGTTATGACGAtt > 1:540380/1‑90 (MQ=255) ttttACCTCGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcga < 2:527496‑M1/90‑81 (MQ=255) TACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCATTTATTGACCAGTTATGACGATTGCAtt > 1:635039‑M1/1‑90 (MQ=255) TACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCATTTATTGACCAGTTATGACGATTGCAtt > 2:695608‑M1/1‑90 (MQ=255) | AAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGAACTTTAACAGGTCATTTTTTATTTCATTTATTGACCAGTTATGACGATTGCATT > NZ_CP009273/290097‑290275 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |