| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | NZ_CP009273 | 3,631,312 | (ATGTTGCTGGCGGC)1→2 | coding (311/1500 nt) | pitA → | inorganic phosphate transporter PitA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | 3631299 = | 4 (0.130) | 50 (1.660) | 26/168 | 0.1 | 90.9% | coding (298/1500 nt) | pitA | inorganic phosphate transporter PitA |
| ? | NZ_CP009273 | = 3631312 | 6 (0.200) | coding (311/1500 nt) | pitA | inorganic phosphate transporter PitA | |||||
TTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATC > NZ_CP009273/3631216‑3631388 | ttGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGc > 1:261181/1‑90 (MQ=255)ttGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGc > 1:355844/1‑90 (MQ=255) gcatatgctgccgacggatctgctgcttaatatgggatcgtctcatggccttgccatggggttctctatgttgctggcggcatgttgctg < 1:591274‑M1/9‑1 (MQ=255) tATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGc < 2:820222/85‑1 (MQ=255) tATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGc > 1:820222/1‑85 (MQ=255) tgctgccgacggatctgctgcttaatatgggatcgtctcatggccttgccatggtgttctctatgttgctggcggcatgttgctggcggc > 2:584315‑M1/77‑90 (MQ=255) ctgccgacggatctgctgcttaatatgggatcgtctcatggccttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGa < 1:857878‑M1/16‑1 (MQ=255) tgccgacggatctgctgcttaatatgggatcgtctcatggccttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGAt < 1:169360‑M1/17‑1 (MQ=255) tgccgacggatctgctgcttaatatgggatcgtctcatggccttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGAt < 1:97061‑M1/17‑1 (MQ=255) tgccgacggatctgctgcttaatatgggatcgtctcatggccttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGAt < 1:581458‑M1/17‑1 (MQ=255) gccgacggatctgctgcttaatatgggatcgtctcatggccttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGAtt > 2:355844‑M1/73‑90 (MQ=255) gCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGGGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctg < 1:591274‑M2/90‑10 (MQ=255) tgctgcCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggc > 2:584315‑M2/1‑76 (MQ=255) ctgctgcttaatatgggatcgtctcatggccttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAAcc < 2:112046‑M1/28‑1 (MQ=255) ctgcCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcga < 1:857878‑M2/90‑17 (MQ=255) tgcCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgat < 1:169360‑M2/90‑18 (MQ=255) tgcCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgat < 1:97061‑M2/90‑18 (MQ=255) tgcCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgat < 1:581458‑M2/90‑18 (MQ=255) tgcttaatatgggatcgtctcatggccttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTggg > 1:313966‑M1/59‑90 (MQ=255) gcCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgatt > 2:355844‑M2/1‑72 (MQ=255) ttaatatgggatcgtctcatggccttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGa > 1:266406‑M1/56‑80 (MQ=255) ttaatatgggatcgtctcatggccttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGa < 2:266406‑M1/25‑1 (MQ=255) aatatgggatcgtctcatggccttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCt > 1:112046‑M1/54‑90 (MQ=255) ctgctgCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacc < 2:112046‑M2/90‑29 (MQ=255) ggatcgtctcatggccttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACt > 2:212580‑M1/48‑90 (MQ=255) tgctTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctggg > 1:313966‑M2/1‑58 (MQ=255) cgtctcatggccttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTgg < 2:429659‑M1/47‑1 (MQ=255) gtctcatggccttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCt < 2:670242‑M1/37‑1 (MQ=255) gtctcatggccttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCt > 1:670242‑M1/43‑79 (MQ=255) gtctcatggccttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGt < 2:725738‑M1/48‑1 (MQ=255) gtctcatggccttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGt < 1:199911‑M1/48‑1 (MQ=255) ttAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctgga < 2:266406‑M2/80‑26 (MQ=255) ttAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctgga > 1:266406‑M2/1‑55 (MQ=255) aaTATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacct > 1:112046‑M2/1‑53 (MQ=255) ggATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacctggtact > 2:212580‑M2/1‑47 (MQ=255) ttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTg > 2:23281‑M1/32‑61 (MQ=255) ttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTg < 1:23281‑M1/30‑1 (MQ=255) ttgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATc < 1:404696‑M1/59‑1 (MQ=255) tgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATcc > 2:441982‑M1/31‑90 (MQ=255) tgccatggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATcc > 2:169360‑M1/31‑90 (MQ=255) cGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttgg < 2:429659‑M2/90‑48 (MQ=255) gTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggt < 1:199911‑M2/90‑49 (MQ=255) gTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggt < 2:725738‑M2/90‑49 (MQ=255) gTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacct < 2:670242‑M2/79‑38 (MQ=255) gTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacct > 1:670242‑M2/1‑42 (MQ=255) catggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc > 1:429659‑M1/28‑90 (MQ=255) catggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc > 2:419403‑M1/28‑90 (MQ=255) catggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc > 2:404696‑M1/28‑90 (MQ=255) catggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc > 2:683636‑M1/28‑90 (MQ=255) ggtgttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGctct < 2:38913‑M1/66‑1 (MQ=255) ttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATa < 1:678051‑M1/70‑1 (MQ=255) ttctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATa < 2:212349‑M1/70‑1 (MQ=255) tctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATAc < 2:607297‑M1/71‑1 (MQ=255) tctctatgttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATAc < 1:802448‑M1/71‑1 (MQ=255) ttGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatc < 1:404696‑M2/90‑60 (MQ=255) ttGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctg > 2:23281‑M2/1‑31 (MQ=255) ttGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctg < 1:23281‑M2/61‑31 (MQ=255) tGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatcc > 2:441982‑M2/1‑30 (MQ=255) tGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatcc > 2:169360‑M2/1‑30 (MQ=255) cATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagc > 1:429659‑M2/1‑27 (MQ=255) cATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagc > 2:683636‑M2/1‑27 (MQ=255) cATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagc > 2:419403‑M2/1‑27 (MQ=255) cATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagc > 2:404696‑M2/1‑27 (MQ=255) ttgctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTg < 2:154844‑M1/79‑1 (MQ=255) ggTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctct < 2:38913‑M2/90‑67 (MQ=255) gctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATcc < 1:231117‑M1/60‑1 (MQ=255) gctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATcc > 2:231117‑M1/10‑69 (MQ=255) gctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc < 1:712097‑M1/63‑1 (MQ=255) gctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc > 2:712097‑M1/10‑72 (MQ=255) gctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGgc < 1:679879‑M1/81‑1 (MQ=255) gctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGAtgattagg < 1:790275‑M1/81‑4 (MQ=255) gctggcggcATGCTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGTTACCTGGCACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGTTTGgc < 1:568416‑M1/81‑1 (MQ=255) ctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTggg < 1:135162‑M1/32‑1 (MQ=255) ctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTggg > 2:135162‑M1/9‑40 (MQ=255) ctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc < 2:153207‑M1/63‑1 (MQ=255) ctggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc > 1:153207‑M1/9‑71 (MQ=255) ttCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcata < 1:678051‑M2/90‑71 (MQ=255) ttCTCTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcata < 2:212349‑M2/90‑71 (MQ=255) ggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGcgcg < 2:495308‑M1/84‑1 (MQ=255) ggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGcgcg < 2:348240‑M1/84‑1 (MQ=255) ggcggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGGACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGcgcg < 1:728022‑M1/84‑1 (MQ=255) tctcTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatac < 2:607297‑M2/90‑72 (MQ=255) tctcTATGTTGCTGGCGGCatgttgctggcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatac < 1:802448‑M2/90‑72 (MQ=255) cggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGat < 2:508129‑M1/86‑1 (MQ=255) cggcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGat < 1:804737‑M1/86‑1 (MQ=255) gcATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGatca < 2:282207‑M1/88‑1 (MQ=255) aTGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGatcatc < 1:607297/90‑1 (MQ=255) | TTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATC > NZ_CP009273/3631216‑3631388 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |