New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_CP009273 | = 192125 | 22 (0.810) | 4 (0.160) | 4/154 | 1.8 | 16.4% | coding (733/759 nt) | ispU | (2E,6E)‑farnesyl‑diphosphate‑specific ditrans,polycis‑undecaprenyl‑diphosphate synthase |
? | NZ_CP009273 | = 192230 | 21 (0.850) | coding (67/858 nt) | cdsA | phosphatidate cytidylyltransferase | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGCCTGATGGGGGTCGCTTTTGCTGAAGTATCGCCTGATATCTGCTTTTGTGTTAATACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGCATGCTGGCAGCGTGGGAATGGGGACAGCTTAGCGGTTTTACCAC > NZ_CP009273/192145‑192315 | aGCCTGATGGGGGTCGCTTTTGCTGAAGTATCGCCTGATATCTGCTTTTGTGTTAATACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTtgcc < 2:315592‑M2/90‑5 (MQ=255) ccTGATGGGGGTCGCTTTTGCTGAAGTATCGCCTGATATCTGCTTTTGTGTTAATACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTtgccgc < 2:13359‑M2/90‑7 (MQ=255) aTGGGGGTCGCTTTTGCTGAAGTATCGCCTGATATCTGCTTTTGTGTTAATACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTtgccgccgaa > 1:545130‑M2/1‑80 (MQ=255) tCGCTTTTGCTGAAGTATCGCCTGATATCTGCTTTTGTGTTAATACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTc < 2:131753/90‑1 (MQ=255) cTTTTGCTGAAGTATCGCCTGATATCTGCTTTTGTGTTAATACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGcc < 1:291640/90‑1 (MQ=255) aaGTATCGCCTGATATCTGCTTTTGTGTTAATACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTtgccgccgaaacgacgctctcgattagca > 2:214240‑M2/1‑61 (MQ=255) aGTATCGCCTGATATCTGCTTTTGTGTAAATACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTtgccgccgaaacgacgctctcgattagcaa > 1:298293‑M2/1‑60 (MQ=255) gCCTGATATCTGCTTTTGTGTTAAAACCCGTCGTCATCGCGGCGTGGTTTCTGTTACCGCCGGGGGGTTTCGCTCTCGGAACGCtggtgg < 1:526822/90‑1 (MQ=255) atatCTGCTTTTGTGTTAATACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGc > 1:32809/1‑90 (MQ=255) cTGCTTTTGTGTTAATACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGCATGc > 2:369708/1‑90 (MQ=255) gCTTTTGTGTTAATACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGCATGCTg > 1:618646/1‑90 (MQ=255) gCTTTTGTGTTAATACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGCATGCTg > 2:743970/1‑90 (MQ=255) tttGTGTTAATACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGCATGCTGGCa > 1:484921/1‑90 (MQ=255) ttGTGTTAATACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGCATGCTGGCAg > 2:60210/1‑90 (MQ=255) ttAATCCCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGCATGCTGGCAGCGTgg < 1:439287/90‑1 (MQ=255) ttAATACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGCATGCTGGCAGCGTgg < 1:743970/90‑1 (MQ=255) aaTACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGcc > 1:689605/1‑52 (MQ=255) aaTACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGcc < 2:689605/52‑1 (MQ=255) ccGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGCATGCTGGCAGCGTGGGAATggg > 1:186075/1‑90 (MQ=255) tcgtcATCGCGGCGTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGCATGCTGGCAGCGTGGGAATGGGGAc > 1:504031/1‑90 (MQ=255) cATCGCGGCGTTGTTTCTGTtgccgccgaaacgacgctctcgattagcaaaggcatttaacgccccttcaaagtcttgttcatcgaaatc > 1:406161‑M2/1‑20 (MQ=255) cATCGCGGCGTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGCATGCTGGCAGCGTGGGAATGGGGACAGCt > 2:628822/1‑90 (MQ=255) cggcgTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGCATGCTGGCAGCGTGGGAATGGGGACAGCTTAGCg > 2:621919/1‑90 (MQ=255) tgttTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGCAt > 2:83591/1‑52 (MQ=255) tgttTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGCAt < 1:83591/52‑1 (MQ=255) tCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGCATGCTGGCAGCGTGGGAATGGGGACAGCTTAGCGGTTTTACCAc > 2:629488/1‑90 (MQ=255) tCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGCATGCTGGCAGCGTGGGAATGGGGACAGCTTAGCGGTTTTACCAc < 2:325944/90‑1 (MQ=255) | AGCCTGATGGGGGTCGCTTTTGCTGAAGTATCGCCTGATATCTGCTTTTGTGTTAATACCCGTCGTCATCGCGGCGTTGTTTCTGTTGCCGCCGGTGGGGTTCGCCATTGTAACGCTGGTGGTCTGCATGCTGGCAGCGTGGGAATGGGGACAGCTTAGCGGTTTTACCAC > NZ_CP009273/192145‑192315 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |