| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | 19796 = | NA (NA) | 25 (0.730) | 17/170 | 0.5 | 83.3% | intergenic (‑1/+15) | BW25113_RS25960/BW25113_RS00100 | fimbrial family protein/IS1‑like element IS1A family transposase |
| ? | NZ_CP009273 | = 2248844 | 5 (0.150) | coding (50/699 nt) | yeiL | transcriptional regulator YeiL | |||||
ATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGC > NZ_CP009273/2248758‑2248933 | acagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCcgc > 1:14843‑M1/80‑90 (MQ=255) gCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGt < 2:728030/90‑1 (MQ=255) agctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGt < 1:143244‑M1/13‑1 (MQ=255) agctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGt < 2:650742‑M1/13‑1 (MQ=255) tAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCggtaatg > 1:166537‑M2/1‑83 (MQ=255) tgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTa > 1:344424‑M1/75‑90 (MQ=255) tatGAGAAATCTCCTAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCggtaatgactc > 1:846055‑M2/1‑79 (MQ=255) tGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCggtaatgactcca > 1:670903‑M2/1‑77 (MQ=255) tGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCggtaatgactcca > 2:566563‑M2/1‑77 (MQ=255) acagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGc < 1:260857‑M1/24‑1 (MQ=255) ccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTaa < 1:369603‑M1/31‑1 (MQ=255) cactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAAc < 1:502666‑M1/32‑1 (MQ=255) tggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGa > 1:972272‑M1/56‑90 (MQ=255) tggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGa > 2:944869‑M1/56‑90 (MQ=255) ggATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCggtaatgactccaacttattgatagtgtt < 1:224316‑M2/90‑30 (MQ=255) gagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATg < 2:269278‑M1/37‑1 (MQ=255) acctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTc < 2:959399‑M1/41‑1 (MQ=255) aaaCATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCggtaatgactccaacttattgatagtgttttat > 2:854610‑M2/1‑57 (MQ=255) aTCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttc > 2:17603‑M2/1‑53 (MQ=255) aTCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttc < 2:901563‑M2/90‑38 (MQ=255) aTCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttc > 2:364609‑M2/1‑53 (MQ=255) tCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCggtaatgactc > 1:887882‑M2/1‑52 (MQ=255) tCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCggtaatgactc < 2:887882‑M2/63‑12 (MQ=255) cGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcag < 1:792494‑M2/90‑40 (MQ=255) gTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcaga < 2:240743‑M2/90‑41 (MQ=255) accatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATAcgc < 2:189144‑M1/52‑1 (MQ=255) atcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGc < 2:702870‑M1/55‑1 (MQ=255) atcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGc < 1:699646‑M1/55‑1 (MQ=255) atcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGc < 2:420519‑M1/55‑1 (MQ=255) atcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGc < 1:876119‑M1/55‑1 (MQ=255) acactaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGttt > 2:876119‑M1/31‑90 (MQ=255) ctaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGcc < 2:563426‑M1/45‑1 (MQ=255) ctaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGcc > 1:563426‑M1/28‑72 (MQ=255) ctaaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCATTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCAt < 2:744399‑M1/63‑1 (MQ=255) aaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGcc < 1:226924‑M1/45‑1 (MQ=255) aaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGcc > 2:226924‑M1/26‑70 (MQ=255) aaatcagtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCAttt < 1:486959‑M1/65‑1 (MQ=255) agtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAg < 2:127221‑M1/70‑1 (MQ=255) gtaagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgc < 2:534873‑M1/71‑1 (MQ=255) cTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgc < 1:308875‑M2/90‑65 (MQ=255) cTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgcg > 1:781334/1‑90 (MQ=255) cTTAAGCAGCAATTGATGAGGGAATCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgc < 1:676144‑M2/90‑65 (MQ=255) ttAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgcgc < 2:781334/90‑1 (MQ=255) aagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgcgc > 2:767710‑M1/18‑90 (MQ=255) aagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgcgc > 1:640981‑M1/18‑90 (MQ=255) aagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgcgc > 2:369603‑M1/18‑90 (MQ=255) aagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgcgc > 2:486959‑M1/18‑90 (MQ=255) aagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgcgc > 2:502666‑M1/18‑90 (MQ=255) aagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgcgc > 1:222711‑M1/18‑90 (MQ=255) aagttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgcgc > 1:189144‑M1/18‑90 (MQ=255) gttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGt < 1:311372‑M1/75‑1 (MQ=255) gttggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGt > 1:128770‑M1/16‑90 (MQ=255) ggcagcatcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGAc > 2:699646‑M1/13‑90 (MQ=255) gcaATTGATGAGTGAATCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccac < 1:328603‑M2/90‑73 (MQ=255) caATTGATGAGTGAATCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccacc > 1:734091‑M2/1‑17 (MQ=255) catcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACAt > 2:501668‑M1/8‑90 (MQ=255) catcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACAt > 1:675286‑M1/8‑90 (MQ=255) tgatgaGTGAATCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgatt < 2:717383‑M2/90‑78 (MQ=255) tcaccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATtg < 1:127720‑M1/85‑1 (MQ=255) ccAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGc < 1:127141‑M1/88‑1 (MQ=255) gTGAATCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgaga > 2:218405‑M2/1‑7 (MQ=255) gTGAATCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgaga < 2:806257‑M2/90‑84 (MQ=255) gAATCggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaac < 1:586832‑M2/90‑86 (MQ=255) gAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGaa > 1:656080/1‑90 (MQ=255) aTCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAgg > 2:324857/1‑90 (MQ=255) cggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgaca < 2:169704‑M2/90‑90 (MQ=255) cggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgaca < 2:101451‑M2/90‑90 (MQ=255) cggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgaca < 2:895592‑M2/90‑90 (MQ=255) cggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgaca < 1:507138‑M2/90‑90 (MQ=255) | ATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGC > NZ_CP009273/2248758‑2248933 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |