| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | 15391 = | NA (NA) | 15 (0.650) | 12/164 | 0.5 | 72.4% | intergenic (+93/‑54) | dnaJ/BW25113_RS00080 | molecular chaperone DnaJ/IS4‑like element IS421 family transposase |
| ? | NZ_CP009273 | = 454255 | 6 (0.250) | intergenic (+99/‑89) | clpX/lon | ATP‑dependent protease ATP‑binding subunit ClpX/endopeptidase La | |||||
CCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGC > NZ_CP009273/15303‑15473 | cccAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAt < 1:572356/90‑1 (MQ=255) aGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAgcgc < 1:305828/90‑1 (MQ=255) aGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAgcgc < 2:354962/90‑1 (MQ=255) gCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCt < 1:537459/90‑1 (MQ=255) gCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCt < 1:638729/90‑1 (MQ=255) ccTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAGGATATGCGCGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTa < 1:604842/90‑1 (MQ=255) ccTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTa < 2:331857/90‑1 (MQ=255) ccTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTa < 1:519234/90‑1 (MQ=255) cTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACCCCCCTAAACGCTaa > 2:510000/1‑90 (MQ=255) cTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGCACTCCCCTAAACGCCaa > 2:85658/1‑90 (MQ=255) gTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAg < 2:675468/90‑1 (MQ=255) ggCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGt < 2:193526/90‑1 (MQ=255) ggCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtgtg < 1:393674/90‑1 (MQ=255) ggCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtgtg < 1:588444/90‑1 (MQ=255) gggTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGCACTCCCCCAAACGCTAACTTAAGGGGTGTGGTAtt > 1:187396/1‑90 (MQ=255) aaaaaTAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc < 2:445235/90‑1 (MQ=255) aaaaTAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCCAAACGCTAACTTAAGGGGTGTGGGATTTCGcc > 2:126904/1‑90 (MQ=255) tAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGat < 2:416034/90‑1 (MQ=255) aGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCCCCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGata < 2:266430/90‑1 (MQ=255) aGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGata < 2:641765/90‑1 (MQ=255) aGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGata < 1:457830/90‑1 (MQ=255) gggTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCTAAACGCTAAATTAAAGGGTGTGGGATTATGCCCGatat > 2:295679/1‑90 (MQ=255) gCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGCTCTCCCATAAAGGCCAACTTAAAGGGTGGGGGAGTATTGCTGATATGAtt > 1:429780/1‑90 (MQ=255) gCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGCACTCCCCCAAACGCCAACTTAAAGGGTGTGGGGTTTAGCCTGGTATGAtt > 1:286216/1‑90 (MQ=255) gCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGCACTCCCCCAAAAGCTAAATTAAAGGGTGTGGGGTTTTGCCTGATATGAtt > 1:227470/1‑90 (MQ=255) gTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGGACCCCCCTAAGGGCTAAATTAAGGGGTGTGGTGTTATTCCCGGTATGAtttt > 2:335424/1‑89 (MQ=255) tatGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCg < 1:433987/90‑1 (MQ=255) gCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAtt < 1:588871/90‑1 (MQ=255) cACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCTAAAAGCTAAATTAAAGGGTGTGGGTTTTCGCCCGATATGATTTTACGTGCCGATGAAATa > 2:656548/1‑90 (MQ=255) cACCTGTAAAGTGGCGGGGGGCACTCCCCTAAACGCTAACTTTAAGGGTGGGGGGTTTTGCCTGGTATTATTTTAAATGCCGGTGAATTa > 1:120464/1‑90 (MQ=255) aCCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGGTGTGGGATTTAGCCTGATATGATTTTAAGTGCCGATGAATTaa > 1:150629/1‑89 (MQ=17) cTGTAAAGTGGCGGGGATCCCTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTActc < 2:325035/90‑1 (MQ=255) cTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTActc < 2:145869/90‑1 (MQ=255) cTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTActc < 1:66090/90‑1 (MQ=255) cTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTActc < 1:582008/90‑1 (MQ=255) cTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTActc < 2:576452/90‑1 (MQ=255) cTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTActc < 1:450305/90‑1 (MQ=255) cTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTActc < 1:386153/90‑1 (MQ=255) cTGTAAAGTAGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAGCTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATCCGATTTAACGTGCCGATGAATTActc < 1:553860/90‑1 (MQ=17) gTAAAGTGGCGGGGGTAACTCCCCCAAAAGCTAAATTAAGGGGTGTGGGGTTTAGTCTGATATGATTTTAAGTGGCGGTGTAATATtctc > 1:576452/1‑90 (MQ=255) gTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACtctc < 2:94444/90‑1 (MQ=255) tGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATa < 2:37271/90‑1 (MQ=255) tCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAg > 1:372444/1‑90 (MQ=35) cACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGc < 1:87101/90‑1 (MQ=33) | CCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGC > NZ_CP009273/15303‑15473 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |