| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,976,527 | Δ776 bp | insB1–insA | insB1, insA | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1976527–1977294 | 1977302 | 9–776 | 492 [0] | [0] 495 | insB1–insA | insB1,insA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | = 1976526 | 0 (0.000) | 446 (0.790) | 162/184 | 0.3 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB1 | DNA‑binding transcriptional dual regulator with FlhC/IS1 transposase B |
| ? | NC_000913 | 1977303 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein | |||||
Only 100 of 495 total aligned reads displayed.
TGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTT > NC_000913/1977204‑1977403 | tgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgta < 2:3253177‑M2/2‑1 (MQ=255) gtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgtat > 2:4813667‑M2/99‑101 (MQ=255) gtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgtat > 1:12767748‑M2/99‑101 (MQ=255) gtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgtat < 2:3139429‑M2/3‑1 (MQ=255) tactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgtata > 1:6296466‑M2/98‑101 (MQ=255) tactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgtata > 1:521926‑M2/98‑101 (MQ=255) ctcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAg > 1:4604573‑M2/96‑101 (MQ=255) nnntcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGt < 2:13293539‑M2/7‑1 (MQ=255) cgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTc > 2:6940319‑M2/94‑101 (MQ=255) cgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTc > 1:4040343‑M2/94‑101 (MQ=255) cgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTc < 1:12693942‑M2/8‑1 (MQ=255) gtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCa > 1:7229631‑M2/93‑101 (MQ=255) tcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCAt < 2:3576742‑M2/10‑1 (MQ=255) tcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCAt < 1:2253509‑M2/10‑1 (MQ=255) actacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAgtcannn > 2:10262172‑M2/90‑98 (MQ=255) actacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAgtcannn > 2:8700162‑M2/90‑98 (MQ=255) actacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATAc < 1:5605724‑M2/12‑1 (MQ=255) ctacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACt < 1:9422289‑M2/13‑1 (MQ=255) tacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACtt > 1:6077888‑M2/88‑101 (MQ=255) gcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgtt < 2:6269530‑M2/19‑1 (MQ=255) cacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgttt > 1:6453104‑M2/82‑101 (MQ=255) acatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgtttt > 1:11695955‑M2/81‑101 (MQ=255) catacaacggagggggcctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgttttg < 1:13194351‑M2/22‑1 (MQ=255) tacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTggg > 2:6611731‑M2/78‑101 (MQ=255) caacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgtg > 2:5463564‑M2/76‑101 (MQ=255) aacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgtgt > 1:3020342‑M2/75‑101 (MQ=255) aacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaaagTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgtgt < 1:13463073‑M2/27‑1 (MQ=255) nnngaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTgggtgga < 2:12205744‑M2/28‑3 (MQ=255) nnnaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTgggtgtct < 2:11393013‑M2/29‑3 (MQ=255) ggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTAtt < 1:13745588‑M2/30‑1 (MQ=255) aggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTgtatnnn > 2:8791595‑M2/70‑98 (MQ=255) aggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTc > 1:2463686‑M2/70‑101 (MQ=255) aggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTc < 1:9875173‑M2/32‑1 (MQ=255) ggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCa < 1:1418382‑M2/33‑1 (MQ=255) gctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTg < 1:7416721‑M2/38‑1 (MQ=255) tgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGtt < 1:7740971‑M2/40‑1 (MQ=255) gcgnttttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTgttn > 1:5738469‑M2/61‑100 (MQ=255) nnnttttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTaa < 2:10613297‑M2/42‑1 (MQ=255) gattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTaaa < 1:10937332‑M2/43‑1 (MQ=255) nnnttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTaaaa < 2:12852693‑M2/44‑1 (MQ=255) ttttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTaaaaa > 1:1049435‑M2/57‑101 (MQ=255) ttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGt < 1:4912427‑M2/47‑1 (MQ=255) ttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGt < 1:3728314‑M2/47‑1 (MQ=255) tcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATGCTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTgttaaaaannn > 2:12675199‑M2/54‑98 (MQ=255) caataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGttt < 2:5721853‑M2/49‑1 (MQ=255) taatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTc < 1:4346800‑M2/52‑1 (MQ=255) taatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTc > 1:1894793‑M2/50‑101 (MQ=255) tgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcgct > 2:3941563‑M2/47‑101 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |