New junction evidence | |||||||||||
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? | NC_000913 | = 4502108 | 175 (1.150) | noncoding (1408/1426 nt) | IS4 | repeat region | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
TATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCACTCTCGGGAAGGCCCTTTCCCTTCTTGTCGGTAATTTCACAAGTTGTCCCATACTTGCAAGATCGCGCATCAGCTCCGGTATACGTCCCGGTGAAGCGCCCTGCAATGTCATCAGCATTCTCATCACCATTCCGCATGATTCTGAGAAACTCAGTTGATTCGGCCAGTAACCTTTCAGATGTTCCGCCATTTTAATCATCTGATATCTCACC > NC_000913/4501824‑4502376 | tctacgccatCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTGAATGTTGAATTCCTCTAACCCCTACCAATTAAGGGCCATAGCCGGTCACGCAACTGGCTGATTCGATCAGTCTAGTGTCTTTTGTTCCGTTGGGCTGCTGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGACGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCTTTTGAAACCAGATAATTTAACAGTCAATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGCTTCTGAAATGCCAGTCAGtt < 2:842138/272‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |