| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 4502108 | 175 (1.150) | noncoding (1408/1426 nt) | IS4 | repeat region | |||||
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| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
CTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCACTCTCGGGAAGGCCCTTTCCCTTCTTGTCGGTAATTTCACAAGTTGTCCCATACTTGCAAGATCGCGCATCAGCTCCGGTATACGTCCCGGTGAAGCGCCCTGCAATGTCATCAGCATTCTCATCACCATTCCGCATGATTCTGAGAAACTCAGTTGATTCGGCCAGTAACCTTTCAGATGTTCCGCCATTTTAATCATCTGATATCTCACCAGATTATAAGC > NC_000913/4501830‑4502387 | cTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCaa > 1:417713/1‑281 (MQ=255) tGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCa > 1:1315588/1‑279 (MQ=255) tGTCGGTGAAGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGTCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTAAAAGATTGTGGTGTTGACGGTCAGTCTGGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTACCAGTTGATGATGAAACGAAATAGGCATCTGGGTTCTGTAATGCTCTTCAGTTAAGCa > 2:1531925/1‑279 (MQ=255) tCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGAATTTTGGATCTGTAATGCCAGTTAGTTAAGGAac > 2:483871/1‑279 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |