New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1102930 | 108 (1.180) | 6 (0.070) | 4/488 | 8.7 | 5.2% | coding (267/651 nt) | csgD | DNA‑binding transcriptional dual regulator CsgD |
? | NC_000913 | = 1103037 | 116 (1.320) | coding (160/651 nt) | csgD | DNA‑binding transcriptional dual regulator CsgD | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CGAACGAGCGATCTCGTTATTAGACGCGCCGATACGCAGCTTATTCAGGATCTCTTTTTCCCGATGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGT‑CGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGATCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGG > NC_000913/1102660‑1103182 | cgaacgaGCGATCTCGTTATTAGACGCGCCGATACGCAGCTTATTCAGGATTTCTTTTTCCCGATGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTAt > 2:610723/1‑275 (MQ=255) cgaacgaGCGATCTCGTTATTAGACGCGCCGATACGCAGCTTATTCAGGATCTCTTTTTCCCGATGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTTACAACACGTTCTTGATCTCCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGGACGGGGAATCTTCAGGCGTAt > 2:889197/1‑275 (MQ=255) ctaGCGATCTCGTTTTGAGACGCGCCGGTACTCGTGTTATTCAGGGTCGTGTTTTCCGGATGAGTAAGGAGGGCTGATTACGTGGTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTGGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTTCAACCCATTAACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAg < 2:56503/273‑1 (MQ=255) cGATCTCGTTATTAGACGCGCCGATACGCAGCTTATTCAGGATCTCTTTTTCCCGATGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGTTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGAAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGACTAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTAAATGTTGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTCTTTAGgaaa > 1:574142/1‑274 (MQ=255) cGATCTCGTTATTAGACGCGCCGATACGCAGCTTATTCAGGATCTCTTTTTCCCGATGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGcaac < 1:884878/275‑1 (MQ=255) gATTTCGTTATTAGGCGCGCCGATACGCAGCTTATTCAGGGTCTCTTTTTCCCGGTGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGcaaca < 2:811513/275‑1 (MQ=255) aTCTCGTTATTAGACGCGCCTATACGCAGCTTATTCAGGATCTCTTTTTCCCGATGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGcaac < 1:372585/273‑1 (MQ=255) 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aTGAGTAAGGAGGGCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATa < 1:211293/274‑1 (MQ=255) gCTGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGc > 1:404342/1‑275 (MQ=255) tGATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCtt > 1:880670/1‑275 (MQ=255) gATTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTCAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTTACGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACTACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAACACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCtt < 1:453355/274‑1 (MQ=255) aTTCCGTGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGTCGACTTGCAACCCATGGACAACACGTTCTTGATCCCCCATGGAATAAAAAACGCCGTGGATATGAGGCCAGCTTTCAATGTCGCGGTACGGGCAAGCTTCAGGCGTAGTTAGGAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCTTGCTCAAAGTATCTTGCCAGTAATGGATAAGCTTGTTATCGCCTTc > 2:453355/1‑274 (MQ=255) tGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATCTGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACACTATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAACGTATCCTGCCACTAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCata > 1:164222/1‑275 (MQ=255) tGCTGTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTAATTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCata > 2:851196/1‑275 (MQ=255) gTTATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATcc > 1:688030/1‑274 (MQ=255) ttATAACGATAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTgttgtt > 2:496908/1‑212 (MQ=255) 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aaCGATAGTTACCTGAATGCGTAAGCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCagaaga < 1:25540/275‑1 (MQ=255) aTAGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGAAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGaataa > 1:349535/1‑275 (MQ=255) aGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGTCAACACGTTCATGATACTCCTTGGCATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGTGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTTTTCAGCAATAATATTTTGATACTGTTGTTTTTACTGCTCAAAGTATCCCGCCATTAATGAATAAGCTTTTTATCCGCTTTCAGCATATCCAGAAGAatatta > 2:410256/1‑275 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |