New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1102930 | 108 (1.180) | 6 (0.070) | 4/488 | 8.7 | 5.2% | coding (267/651 nt) | csgD | DNA‑binding transcriptional dual regulator CsgD |
? | NC_000913 | = 1103037 | 116 (1.320) | coding (160/651 nt) | csgD | DNA‑binding transcriptional dual regulator CsgD | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
ACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGATCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCACTGCTGTGTGTAGTAATAAATCAGC > NC_000913/1102765‑1103305 | aCCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGc > 1:662188/1‑275 (MQ=255) aaTGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGTGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAATACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTGAGCAACATTATTGTGATATTGTGGTTTTTCCTGCCAAAAGTATCCTGCCAATAACGGATATGCTTTTTATCTGCTTCTATTATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGag > 2:664442/1‑274 (MQ=255) aTGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATCCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGACCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGCGGCCAGTTTTCAATGTAGCGGCACGGGTAATCTTCAGGCGCATTTAGCAACAATATTTTGATATTGGTGTTTTTCCTGCTTAAAGTATCCTGCCAATATTGGATAAGCTTTTTACCCCTTTCCACCCTATACGGAA‑AATAACAGGAGCCGGaaa > 2:453855/1‑274 (MQ=255) aGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAGTCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCaga < 2:793179/275‑1 (MQ=255) tGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAgaga < 2:662188/274‑1 (MQ=255) aaaGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTa > 1:308651/1‑275 (MQ=255) tAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGaa > 2:316116/1‑262 (MQ=255) 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gACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCg < 1:129756/275‑1 (MQ=255) aCCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAgg < 1:101699/275‑1 (MQ=255) caatGACAGCACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTGTCAATGTCGCGGTACGGGTCATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATGAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATAGTAAGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGtgc < 1:874264/272‑1 (MQ=255) 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acGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCTGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGGAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAagagag > 1:108062/1‑275 (MQ=255) gTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCt > 1:579729/1‑275 (MQ=255) tGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGc > 1:260054/1‑275 (MQ=255) tccATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCaa > 1:398563/1‑275 (MQ=255) aTGGAATAAAAGACGCCGTTGAGATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACCGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTTCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGGTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑CAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAaaga < 1:724669/275‑1 (MQ=255) aTGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACTGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTACATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCaa < 2:848678/272‑1 (MQ=255) aTGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTg > 1:773966/1‑203 (MQ=255) aTGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCaa > 1:848678/1‑272 (MQ=255) aaTAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAata < 2:773966/203‑1 (MQ=255) 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aCGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGAt < 2:579729/275‑1 (MQ=255) cGCCGTTGATATGAGGCCCGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATTATA‑GAGCCTGAACAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGATc < 1:664442/275‑1 (MQ=255) gCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAag > 2:461968/1‑167 (MQ=255) gCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGt > 2:155770/1‑270 (MQ=255) ttGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGACGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGACcaccaa > 1:344422/1‑275 (MQ=255) ttGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATA‑GAGCCTGAAGAGat < 1:461968/167‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |