| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2078529 | 29 (0.870) | 7 (0.230) | 7/240 | 2.6 | 19.8% | intergenic (+422/+20) | yeeW/yoeD | CP4‑44 prophage; uncharacterized protein;Phage or Prophage Related/pseudogene, CP4‑44 putative prophage remnant;Phage or Prophage Related |
| ? | NC_000913 | = 2078541 | 30 (0.980) | intergenic (+434/+8) | yeeW/yoeD | CP4‑44 prophage; uncharacterized protein;Phage or Prophage Related/pseudogene, CP4‑44 putative prophage remnant;Phage or Prophage Related | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGATATTACTGATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGCCATTCCGGCAGTATGCTCAGAATATGGCGCAGATACGCTTCCGGATCGATACCGTTCAGACGGCAGGTGCC > NC_000913/2078383‑2078677 | ggATATTACTGATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAAc < 2:57351/148‑1 (MQ=255) ttACTGATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGc < 4:119865/148‑1 (MQ=255) tACTGATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAAtacggtgc > 6:62164‑M1/1‑141 (MQ=255) aTAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAAtacggtgctccgt < 5:62164‑M1/149‑14 (MQ=255) aCCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTAttgac < 2:110619‑M2/149‑6 (MQ=255) ttCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAAtacggtgctccgttgacgct > 5:21276‑M1/1‑129 (MQ=255) tGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAAtacggtgctccgttgacgcttacttt < 2:168692‑M1/149‑27 (MQ=255) gTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAAtacggtgctccgttgacgcttactttaatc < 6:21276‑M1/148‑31 (MQ=255) gCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGt > 1:1270/1‑147 (MQ=255) ttATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGaa < 3:103348/149‑1 (MQ=255) gCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACAGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACg > 3:121066/1‑149 (MQ=255) tAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTAttgac < 2:124554‑M2/118‑6 (MQ=255) tAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTAttgac > 1:124554‑M2/1‑113 (MQ=255) tAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTgg > 5:7221/1‑131 (MQ=255) tAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTgg < 6:7221/131‑1 (MQ=255) tAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCAt < 1:110619/148‑1 (MQ=255) cGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCa < 2:1270/149‑1 (MQ=255) gACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTc < 6:147839/148‑1 (MQ=255) gACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTc < 4:121066/148‑1 (MQ=255) ccTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCaa > 6:126245/1‑148 (MQ=255) cTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAaca > 8:102967/1‑149 (MQ=255) gACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACg > 1:78425/1‑149 (MQ=255) cAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACgg < 2:78425/148‑1 (MQ=255) aaaaaTGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTg < 7:102967/149‑1 (MQ=255) aaaaTGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTg > 1:56083/1‑148 (MQ=255) aaTTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGc > 8:88067/1‑148 (MQ=255) aaTTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGc < 7:88067/148‑1 (MQ=255) aTTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAAtacggtgctccgttgacgcttact < 8:112429‑M1/94‑25 (MQ=255) aTTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAAtacggtgctccgttgacgcttact > 7:112429‑M1/1‑70 (MQ=255) tCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAg < 4:7415/120‑1 (MQ=255) tCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAg > 3:7415/1‑120 (MQ=255) cAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGTAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGCCATTcc > 5:58389/1‑149 (MQ=255) cAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTAttga > 2:21528‑M2/1‑78 (MQ=255) gTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGTAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGCCATTCCGGCAGTATGCTCAGaa < 6:58389/149‑1 (MQ=255) gAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGCCATTCCGGCAGTATGCTCAGAATATg > 5:43430/1‑149 (MQ=255) cAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGCCATCCCGGCAGTATGCTCAGAATATGgcg < 2:56083/149‑1 (MQ=255) aaaaaTCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCttatttat > 5:160055/1‑67 (MQ=255) aaaaaTCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCttatttat < 6:160055/67‑1 (MQ=255) cGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGCCATTCCGGCAGTATGCTCAGAATATGGCGCAGATACGCTTCCGGATCGATAc < 5:126245/149‑1 (MQ=255) gATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTAttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaattcattttttgtcaggtcaatgctaatcgttaaaacggccataacgcac < 6:21276‑M2/148‑119 (MQ=255) ttAAAGTAATCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGCCATTCCGGCAGTATGCTCAGAATATGGCGCAGATACGCTTCCGGATCGATACCGtt < 6:43430/149‑1 (MQ=255) aaaGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTAttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaattcattttttgtcaggtcaatgctaatcgttaaaacggccataacgcacctcca < 2:168692‑M2/149‑124 (MQ=255) aGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTAttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaat > 7:112429‑M2/1‑24 (MQ=255) aGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTAttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaat < 8:112429‑M2/94‑71 (MQ=255) aGCGTCAACGGAGCACCGTAttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaattcattttttgtcaggtcaatgctaatcgttaaaacggccataacgcacctccactggaa > 5:21276‑M2/1‑20 (MQ=255) gTCAAtacggtgctccgttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaattcattttttgtcaggtcaatgctaatcgttaaaacggccataacgcacctccactggaaggt < 2:110619‑M1/149‑145 (MQ=255) gTCAAtacggtgctccgttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaattcattttttgtcaggtcaatgctaatcgtta < 2:124554‑M1/118‑114 (MQ=255) gTCAAtacggtgctccgttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaattcattttttgtcaggtcaatgctaatcgtta > 1:124554‑M1/1‑5 (MQ=255) tCAAtacggtgctccgttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttg > 2:21528‑M1/1‑4 (MQ=255) aCGGAGCACCGTAttgacgcttactttaatccgttttctgagcttagatttttctgttcctacccagaccgtggatttggaattcattttttgtcaggtcaatgctaatcgttaaaacggccataacgcacctccactggaaggtttat < 5:62164‑M2/149‑137 (MQ=255) | GGATATTACTGATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGAATTCCAAATCCACGGTCTGGGTAGGAACAGAAAAATCTAAGCTCAGAAAACGGATTAAAGTAAGCGTCAACGGAGCACCGTATTGACGCTTATTTATTGGTGAGAACTACGTTCCATGGCAGGAGTTCGTCAACACGGTTGGAGGGCCATTCCGGCAGTATGCTCAGAATATGGCGCAGATACGCTTCCGGATCGATACCGTTCAGACGGCAGGTGCC > NC_000913/2078383‑2078677 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |