| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,559,357 | Δ1,629 bp | [rtcR]–[glpG] | [rtcR], glpR, glpR, [glpG] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3559357 | 3560985 | 1629 | 102 [1] | [2] 104 | [rtcR]–[glpG] | [rtcR],glpR,glpR,[glpG] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3559356 | 1 (0.010) | 100 (0.980) | 77/270 | 0.2 | 98.5% | coding (1089/1599 nt) | rtcR | sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression |
| ? | NC_000913 | 3560986 = | 2 (0.020) | coding (467/831 nt) | glpG | rhomboid intramembrane serine protease | |||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TACACCACGCCAGAAAGCCCGCCAAACCACGGCCCGCTGAATTTTTGCTGCACATAGCCGCTTAACAGGGCGCTGATAAGCGTAATGACAATTAGCTTACCGCTACCGAGGCGTTTTTCCACCGCACCGCCGAGATACCACCACCAGAGCAGGTTAAAGAGGATATGCATCAGCGAGAAGTGCATTAACGCGTGGGTGAAGTAACGCCAGAACTCAAATTTCAGTGTTGGATCGAATGGCCAGGCCAGCCATAACATCACTTCCTGATCGCCGAGAATTTGCATGGCAATAAACAC > NC_000913/3560839‑3561134 | ggcagcgatcgccaggtgagcagtgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagag > 7:445147‑M2/148‑149 (MQ=255) gcagcgatcgccaggtgagcagtgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGc < 7:41431‑M2/3‑1 (MQ=255) agcgatcgccaggtgagcagtgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAg < 7:403583‑M2/5‑1 (MQ=255) gcgatcgccaggtgagcagtgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAgg < 5:10906‑M2/6‑1 (MQ=255) gatcgccaggtgagcagtgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGt > 7:10278‑M2/142‑148 (MQ=255) gccaggtgagcagtgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTaaa < 5:447181‑M2/11‑1 (MQ=255) gccaggtgagcagtgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTaaa < 4:305893‑M2/11‑1 (MQ=255) caggtgagcagtgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAagag > 6:51319‑M2/136‑149 (MQ=255) gtgagcagtgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGat < 1:364036‑M2/17‑1 (MQ=255) tgagcagtgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGata < 3:149886‑M2/18‑1 (MQ=255) gagcagtgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGatat > 1:91766‑M2/131‑149 (MQ=255) agcagtgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGatat < 7:92847‑M2/19‑1 (MQ=255) agcagtgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGATATg < 3:121290‑M2/20‑1 (MQ=255) agcagtgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGATATg > 4:389008‑M2/130‑149 (MQ=255) cagtgattttaagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGATATGCa > 5:66063‑M2/128‑149 (MQ=255) gtgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGATATGCAt > 6:82597‑M2/126‑148 (MQ=255) gtgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGATATGCAt > 1:371432‑M2/126‑148 (MQ=255) tgattttccgcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGATATGCAt > 3:420955‑M2/125‑147 (MQ=255) tgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGATATGCAt > 7:28039‑M2/125‑147 (MQ=255) tgattttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGATATGCATCa < 8:23674‑M2/25‑1 (MQ=255) tttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGata < 8:252063‑M2/18‑1 (MQ=255) tttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGata > 7:252063‑M2/121‑138 (MQ=255) tttcagcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGata < 8:245342‑M2/18‑1 (MQ=255) 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agcttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagagctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccggggctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGATATGCATCAGCGAGAAg < 6:6470‑M2/33‑1 (MQ=255) cttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGATATGCATCAGCGAGAAGTg > 5:339675‑M2/115‑149 (MQ=255) ttatcgccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcactctctggaccttcacccagccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGATATGCATCAGCGAGAAGTg > 6:100244‑M2/114‑148 (MQ=255) gccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAgg > 4:351006‑M2/109‑123 (MQ=255) ccggaacggtgcgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGATATGCATCAGCGAGAAGTGCATTAAc > 3:144637‑M2/108‑149 (MQ=255) 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cgcgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGATATGCATCAGCGAGAAGTGCATTAACGCGTGGGTg > 7:125484‑M2/97‑147 (MQ=255) cgatttgcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatgtgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgcggggtctactcctgAGCAGGTTAAAGAGGATATGCATCAGCGAGAAGTGCATTAACGCGTGGGTGAAGt < 5:100244‑M2/55‑1 (MQ=255) gcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGATATGCATCAGCGAGAAGTGCATTAACGCGTGGGTGAAGTAACGc < 2:371432‑M2/60‑1 (MQ=255) gcgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGATATGCATCAGCGAGAAGTGCATTAACGCGTGGGTGAAGTAACGc < 5:328385‑M2/60‑1 (MQ=255) cgccagctggttgccgaaggcaaatttcgcgaagatctgtacgcgcggatcaatctctggaccttcaccctgccgggtctacgccagAGCAGGTTAAAGAGGATATGCATCAGCGAGAAGTGCATTAACGCGTGGGTGAAGTAACGCCa < 6:26440‑M2/62‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |