| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2775087 = | 59 (2.000) | 4 (0.150) | 4/238 | 2.8 | 7.1% | intergenic (+66/‑458) | yfjW/ypjI | CP4‑57 prophage; putative inner membrane protein/pseudogene, CP4‑57 putative prophage remnant;Phage or Prophage Related |
| ? | NC_000913 | 2775134 = | 50 (1.850) | intergenic (+113/‑411) | yfjW/ypjI | CP4‑57 prophage; putative inner membrane protein/pseudogene, CP4‑57 putative prophage remnant;Phage or Prophage Related | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAGCGCCAGCAGCTGTTGAATGGAGTACTGTAGGCAAATGGTGC > NC_000913/2774986‑2775275 | tttAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAg > 8:62139/1‑149 (MQ=255)tttAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAg > 6:81694/1‑149 (MQ=255) aaTGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAg < 8:21770/143‑1 (MQ=255) aaTGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAg > 7:21770/1‑143 (MQ=255) tgatgTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑ttt < 5:29312/149‑1 (MQ=255) tgatgTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑ttt < 5:31355/149‑1 (MQ=255) tgatgTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑ttt < 2:12118/149‑1 (MQ=255) tcggcatatttctggcttttcaaccgctcagttctggcagttaaacaacagaaaatataggtatgggtaacgacaaaaacgccacTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGc > 8:14367‑M1/86‑137 (MQ=255) tcggcatatttctggcttttcaaccgctcagttctggcagttaaacaacagaaaatataggtatgggtaacgacaaaaacgccacTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGc < 7:14367‑M1/52‑1 (MQ=255) atgaaAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑ttttt < 8:8081/143‑1 (MQ=255) atgaaAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑ttttt > 7:8081/1‑143 (MQ=255) gaaAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTAc > 2:145370/1‑149 (MQ=255) cTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCtat < 7:62139/148‑1 (MQ=255) ttGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑t > 7:26774/1‑125 (MQ=255) ttGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑t < 8:26774/125‑1 (MQ=255) ttGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTatat > 5:52598/1‑149 (MQ=255) aCGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCt < 1:145370/149‑1 (MQ=255) tttGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCtgttgt < 6:102124/149‑1 (MQ=255) gCTCCAATTGGAGGCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTaa < 6:52598/149‑1 (MQ=255) tCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACt > 3:93216/1‑149 (MQ=255) gAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAAc > 5:34795/1‑149 (MQ=255) gCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACt > 8:2364/1‑148 (MQ=255) tttttATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGc > 2:24768/1‑149 (MQ=255) ttttATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTgg < 6:54720/92‑1 (MQ=255) ttttATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTgg > 5:54720/1‑92 (MQ=255) tGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGt > 2:59322/1‑96 (MQ=255) tGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGt < 1:59322/96‑1 (MQ=255) tGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTg > 2:105455/1‑148 (MQ=255) gACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGa > 7:87778/1‑148 (MQ=255) cTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATAtttt < 6:134208/114‑1 (MQ=255) tatttattAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAg > 1:31403/1‑149 (MQ=255) attaAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAg < 4:93216/148‑1 (MQ=255) ttaAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGTGCGGGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGa < 1:24768/148‑1 (MQ=255) ttaAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGa > 7:6520/1‑148 (MQ=255) tAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGc > 4:84074/1‑149 (MQ=255) ccTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCAt < 6:34795/149‑1 (MQ=255) gccactttaaagcaggtatgagtgtccgcttcacgctcaagcctgctttaaaGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGa > 8:14367‑M2/53‑137 (MQ=255) gccactttaaagcaggtatgagtgtccgcttcacgctcaagcctgctttaaaGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGa < 7:14367‑M2/85‑1 (MQ=255) cTGTTTTTAAAGGCGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATCCCTGCTTTAAAGTGGCG‑GTTTTGTCGTTACCCATAAGTAGATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAAGTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGAAGAGCCAGCGGCTTg > 8:68219/1‑149 (MQ=255) tttaaagcaggtatgagtgtccgcttcacgctcaagcctgctttaaaGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAg < 1:90122‑M2/74‑1 (MQ=255) tttaaagcaggtatgagtgtccgcttcacgctcaagcctgctttaaaGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAg > 2:90122‑M2/48‑121 (MQ=255) TTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAgc < 2:102174‑M1/149‑1 (MQ=255) TTAAATCACGCTTGAGAGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAgc > 7:68219‑M1/1‑148 (MQ=255) TTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAgcg < 5:42372‑M1/149‑1 (MQ=255) AAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAgcgc > 7:2364‑M1/1‑148 (MQ=255) GCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCt < 6:57198‑M1/77‑1 (MQ=255) cTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAGCGCCAGCAGCTg < 1:102174/149‑1 (MQ=255) ttGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGa > 1:49770/1‑134 (MQ=255) ttGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGa < 2:49770/134‑1 (MQ=255) 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gTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAGCGCCAGCAGCTGTTGAATg > 8:56824/1‑149 (MQ=255) aaGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAGCGCCAGCAGCTGTTGAATGGa < 3:84074/148‑1 (MQ=255) cTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAGCGCCAGCAGCTGTTGAATGGAGTACTGTAgg < 7:56824/149‑1 (MQ=255) tCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAGCGCCAGCAGCTGTTGAATg > 1:87322/1‑136 (MQ=255) tCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAGCGCCAGCAGCTGTTGAATg < 2:87322/136‑1 (MQ=255) tCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAGCGCCAGCAGCTGTTGAATGGAGTACTGTAgg > 7:48737/1‑148 (MQ=255) cctgctttaaaGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAGCGCCAGCAGCTGTTGAATGGAGTACTGTAGGCAAAt < 8:48737‑M2/137‑1 (MQ=255) ctgctttaaaGTGGCGTTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAGCGCCAGCAGCTGTTGAATGGAGTACTGTAGGCAAATg > 8:39325‑M2/11‑149 (MQ=255) ctttaaaGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACGTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAGCGCCAGCAGCTGTTGAATGGAGTACTGTAGGCAAATGGTg < 2:31403‑M2/141‑1 (MQ=255) taaaGTGGCGTTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAGCGCCAGCAGCTGTTGAATGGAGTACTGTAGGCAAATGGTGc < 7:39325‑M2/143‑1 (MQ=255) aaaGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTg < 6:16451‑M2/65‑1 (MQ=255) | TTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCATGGAAGCGCCAGCAGCTGTTGAATGGAGTACTGTAGGCAAATGGTGC > NC_000913/2774986‑2775275 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |