| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 4008257 | 183 (2.440) | coding (501/621 nt) | rhtC | threonine efflux pump | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
TTTACTGACCAATCTCGCTAATCCGAAAGCGATTATCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTGGTTATCAACGTCTGGCGAAGTGGATTGATGGTTTTGCCGGGGCGTTATTTGCCGGATTTGGCATTCATTTGATTATTTCGCGGTGATGCCAGACGCGTCTTCAGAGTAAGTCG > NC_000913/4008110‑4008404 | aCCAATCTCGCTAATCCGAAAGCGATTATCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCt < 5:334293/149‑1 (MQ=255) aCCAATCTCGCTAATCCGAAAGCGATTATCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCt > 5:211355/1‑149 (MQ=255) aCCAATCTCGCTAATCCGAAAGCGATTATCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCt < 1:84646/149‑1 (MQ=255) cAATCTCGCTAATCCGAAAGCGATTATCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGTACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGt > 4:13422/1‑149 (MQ=255) tcGCTAATCCGAAAGCGATTATCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTgcc > 1:126054‑M2/1‑134 (MQ=255) tcGCTAATCCGAAAGCGATTATCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGcc > 7:380391/1‑149 (MQ=255) gCTAATCCGAAAGCGATTATCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCt > 4:145130/1‑149 (MQ=255) cGAAAGCGATTATCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCa > 4:120075/1‑148 (MQ=255) aaaGCGATTATCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTgcca > 5:354155‑M2/1‑123 (MQ=255) aaaGCGATTATCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTgcca < 6:354155‑M2/127‑5 (MQ=255) aaaGCGATTATCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGATGATCATTGTCAAAACGATGCCGTGTTTTACCTTCGTTGCAACCCTGTTTCCCATGCCGAAAAt > 7:278444/1‑149 (MQ=255) aGCGTTTATCTTCTTTGGCTGGGTGTTCTGATTGTTTGTCGGTGATATCGTTGGCACTAGCGCGCGCTGTGTCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGGGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATgc < 5:295339/149‑1 (MQ=255) aGCGATTATCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGGCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCCTTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGGCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATgc < 3:222810/149‑1 (MQ=255) gCGATTATCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGTGTGGTTTACCGTCGTTgc < 2:190702‑M2/122‑3 (MQ=255) gCGATTATCAACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATgcg < 2:40096/149‑1 (MQ=255) gATTATCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGCTCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTGTACCGTCGTTGCCCGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGcc > 3:110216/1‑149 (MQ=255) aTTATCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGTCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCg > 3:152295/1‑149 (MQ=255) aTCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTg < 1:188403/148‑1 (MQ=255) aTCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCACAAATGCGCCGTg < 8:75116/148‑1 (MQ=255) aTCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGAGCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTg < 4:10374/148‑1 (MQ=255) tCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTgg < 2:131947/148‑1 (MQ=255) tCTACTTTGGCTCGGGGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTgg < 5:59825/148‑1 (MQ=255) tACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTGGTTa > 4:299429/1‑149 (MQ=255) cTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACTTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGAGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTTCCGTCGTTCCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCATATGCGCCGTGGTTAt > 1:254575/1‑148 (MQ=255) tttGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTgcca > 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aaaCGCTGGCGTGGTTTACCGTAGTTGACAGAATGTTTGCCCTGCCTCAAATGCGCCTTGGTTATCAACGTCTGGAGAAGTGTATTGATGGTTTTGCCGGTGCGTTATTTGACGGATTTGGCATTCATTTGAATATTTCGAGGTGATGc > 8:320196/1‑149 (MQ=255) aaCGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTgccagcgtttcgacaatgatcagcgcaaaaatgccccagcgcgcggtagtgccaacgttatcaccgacaaacaatgagaacaccgagccaaagt > 1:220520‑M2/1‑25 (MQ=255) tGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTGGTTATCAACGTCTGGCGAAGTGGATTGATGGTTTTGCCGGGGCGTTATTTGCCGGATTTGGCATTCATTTGATTATTTCGCGGTGATGCCAGAcg > 8:298825/1‑149 (MQ=255) gCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTGGTTATCAACGTCTGGCGAAGTGGATTGATGGTTTTGCCGGGGCGTTATTTGCCGGATTTGGCATTCATTTGATTATTTcgc < 2:346653/133‑1 (MQ=255) gCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTGGTTATCAACGTCTGGCGAAGTGGATTGATGGTTTTGCCGGGGCGTTATTTGCCGGATTTGGCATTCATTTGATTATTTcgc > 1:346653/1‑133 (MQ=255) cGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTGGTTATCAACGTCTGGCGAAGTGGATTGATGGTTTTGCCGGGGCGTTATTTGCCGGATTTGGCATTCATTTGATTATTTCGCGGTGATGCCAGACGCGt < 3:327435/149‑1 (MQ=255) gTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTGGTTATCAACGTCTGGCGAAGTGGATTGATGGTTTTGCCGGGGCGTTATTTGCCGGATTTGGCATTCATTTGATTATTTCGCGGTGATGCAAGACGCGTc < 6:287348/149‑1 (MQ=255) tttACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTGGTTATCAACGTCTGGCGAAGTGGATTGATGGTTTTGCCGGGGCGTTATTTGCCGGATTTGGCATTCATTTGATTATTTCGCGGTGATGCCAGACGCGTCTTCa < 1:133247/149‑1 (MQ=255) tttACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTGGTTATCAACGTCTGGCGAAGTGGATTGATGGTTTTGCCGGGGCGTTATTTGCCGGATTTGGCATTCATTTGATTATTTCGCGGTGATGCCAGACGCGTCTTCa < 3:299429/149‑1 (MQ=255) tttACCGTCGGTGCCAGCCTGTTGGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTGGTTATCAACGGCTGGCGAAGTGGATTGATGGTTTTGACGGGGCGTTATTTGCCGTATTTGGCATTCATTTGATTATTTCGCGGTTATGCCAGACGCGTCTTCa < 2:254575/149‑1 (MQ=255) aCCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTGGTTATCAACGTCTGGCGAAGTGGATTGATGGTTTTGCCGGGGCGTTATTTGCCGGATTTGGCATTCATTTGATTATTTCGCGGTGATGCCAGACGCGTCTTCaga < 8:317717/148‑1 (MQ=255) aCCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTGGTTATCAACGTCTGGCGAAGTGGATTGATGGTTTTGCCGGGGCGTTATTTGCCGGATTTGGCATTCATTTGATTATTTCGCGGTGATGCCAGACGCGTCTTCaga < 5:273064/148‑1 (MQ=255) gtcgtTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCAGCAAATGAGCCGTGGTTATCAACGTCTGGCGAAGTTGATTGATGTTTTTGCCGGGGCGTTATTTGCCGGATTTGGCATTCATTTGATTATTTCGCGGTGATGCCATACGCGTCTTCAGAGTaa < 7:320196/149‑1 (MQ=255) tcgtTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTGGTTATCAACGTCTGGCGAAGTGGATTGATGGTTTTGCCGGGGCGTTATTTGCCGGATTTGGCATTCATTTGATTATTTCGCGGTGATGCCAGACGCGTCTTCAGAGTAAg > 4:221226/1‑149 (MQ=255) ttGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTGGTTATCAACGTCTGGCGAAGTGGATTGATGGTTTTGCCGGGGCGTTATTTGCCGGATTTGGCATTCATTTGATTATTTCGCGGTGATGCCAGACGCGTCTTCAGAGTAAGTCg < 4:285230/149‑1 (MQ=255) | TTTACTGACCAATCTCGCTAATCCGAAAGCGATTATCTACTTTGGCTCGGTGTTCTCATTGTTTGTCGGTGATAACGTTGGCACTACCGCGCGCTGGGGCATTTTTGCGCTGATCATTGTCGAAACGCTGGCGTGGTTTACCGTCGTTGCCAGCCTGTTTGCCCTGCCGCAAATGCGCCGTGGTTATCAACGTCTGGCGAAGTGGATTGATGGTTTTGCCGGGGCGTTATTTGCCGGATTTGGCATTCATTTGATTATTTCGCGGTGATGCCAGACGCGTCTTCAGAGTAAGTCG > NC_000913/4008110‑4008404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |