| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3584195 | NA (NA) | 20 (0.550) | 19/266 | 1.1 | 39.2% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 3731482 | 31 (0.850) | coding (352/993 nt) | xylF | D‑xylose transporter subunit | |||||
TCGCAGATTGAAAACATGATAAACCGGGGTGTCGATGTTCTTGTCATTATTCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCC > NC_000913/3731344‑3731623 | taaatctcactaatacgctttttaacgtccgcatacttgtcaggcttgctgagagcctttagatgataataaaacgtactgcgcggtatctccgcagccctgagaagctcatcaagaggataaaactgcctGATTAACGATGCGGatat > 8:142402‑M2/132‑149 (MQ=255) cAGATTGAAAACATGATAAACCGGGGTGTCGATGTTCTTGTCATTATTCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGa > 3:137767/1‑149 (MQ=255) actaatacgctttttaacgtccgcatacttgtcaggcttgctgagagcctttagatgataataaaacgtactgcgcggtatctccgcagccctgagaagctcatcaagaggataaaactgcctGATTAACGATGCGGATATCGAttttt < 6:6421‑M2/26‑1 (MQ=255) aaCATGATAAACCGGGGTGTCGATGTTCTTGTCATTATTCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGggtaatgactccaacttattga > 2:36193‑M2/1‑127 (MQ=255) aaCATGATAAACCGGGGTGTCGATGTTCTTGTCATTATTCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTatat > 3:44038/1‑149 (MQ=255) tGATAAACCGGGGTGTCGATGTTCTTGTCATTATTCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTatat < 6:86242/145‑1 (MQ=255) tGATAAACCGGGGTGTCGATGTTCTTGTCATTATTCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTatat > 5:86242/1‑145 (MQ=255) gctttttaacgtccgcatacttgtcaggcttgctgagagcctttagatgataataaaacgtactgcgcggtatctccgcagccctgagaagctcatcaagaggataaaactgcctGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATAtttct > 2:105240‑M2/116‑149 (MQ=255) gATAAACCGGGGTGTCGATGTTCTTGTCATTATTCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGggtaatgactccaacttattgatagtg < 4:21775‑M2/149‑28 (MQ=255) aTAAACCGGGGTGTCGATGTTCTTGTCATTATTCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATAtttcttt > 2:121685/1‑149 (MQ=255) gggTGTCGATGTTCTTGTCATTATTCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAAc > 6:66445/1‑148 (MQ=255) gtCGATGTTCTTGTCATTATTCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt < 2:32073‑M2/145‑37 (MQ=255) cGATGTTCTTGTCATTATTCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGggtaatga < 5:171514‑M2/115‑9 (MQ=255) cGATGTTCTTGTCATTATTCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGggtaatga > 6:171514‑M2/1‑107 (MQ=255) tGTTCTTGTCATTATTCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCg < 4:137767/149‑1 (MQ=255) ttgtcaggcttgctgagagcctttagatgataataaaacgtactgcgcggtatctccgcagccctgagaagctcatcaagaggataaaactgcctGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAAc > 5:65303‑M2/96‑138 (MQ=255) ttgtcaggcttgctgagagcctttagatgataataaaacgtactgcgcggtatctccgcagccctgagaagctcatcaagaggataaaactgcctGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAAc < 6:65303‑M2/43‑1 (MQ=255) tcaggcttgctgagagcctttagatgataataaaacgtactgcgcggtatctccgcagccctgagaagctcatcaagaggataaaactgcctGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTg > 8:19204‑M2/93‑148 (MQ=255) tGTCATTATTCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgat < 2:142362‑M2/149‑52 (MQ=255) attattCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgact < 4:89859‑M2/149‑56 (MQ=255) attattCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgact > 1:32073‑M2/1‑94 (MQ=255) ttattCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGatat > 6:13166/1‑103 (MQ=255) ttattCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGatat < 5:13166/103‑1 (MQ=255) ttCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGc > 5:55909/1‑148 (MQ=255) cGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGggtaatgactccaacttattgatagtgtt < 2:155902‑M2/116‑30 (MQ=255) cGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGggtaatgactccaacttattgatagtgtt > 1:155902‑M2/1‑87 (MQ=255) cGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATAATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCaa > 1:181275/1‑147 (MQ=255) taACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcag < 8:56779‑M2/149‑67 (MQ=255) aaCGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGggtaatgactccaacttattga < 8:29806‑M2/104‑23 (MQ=255) aaCGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGggtaatgactccaacttattga > 7:29806‑M2/1‑82 (MQ=255) aCGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCt < 5:66445/148‑1 (MQ=255) aGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGat < 4:44038/149‑1 (MQ=255) ggTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGata < 1:121685/149‑1 (MQ=255) ggTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATAATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGata < 2:181275/149‑1 (MQ=255) ataataaaacgtactgcgcggtatctccgcagccctgagaagctcatcaagaggataaaactgcctGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGata < 7:142402‑M2/83‑1 (MQ=255) gTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgat > 3:21775‑M2/1‑73 (MQ=255) aataaaacgtactgcgcggtatctccgcagccctgagaagctcatcaagaggataaaactgcctGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATAtttcttt > 3:68274‑M2/65‑100 (MQ=255) aataaaacgtactgcgcggtatctccgcagccctgagaagctcatcaagaggataaaactgcctGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATAtttcttt < 4:68274‑M2/36‑1 (MQ=255) 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aaCAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATg > 4:49405/1‑149 (MQ=255) agccctgagaagctcatcaagaggataaaactgcctGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTACGATAACGAAAAAGTc > 3:76889‑M2/37‑88 (MQ=255) agccctgagaagctcatcaagaggataaaactgcctGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTACGATAACGAAAAAGTc < 4:76889‑M2/52‑1 (MQ=255) aagGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGggcggc < 1:5271/149‑1 (MQ=255) gCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgc < 6:22217‑M2/147‑112 (MQ=255) aTTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTTTATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACtt > 2:66479/1‑131 (MQ=255) aTTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTTTATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACtt < 1:66479/131‑1 (MQ=255) aTTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGcc > 2:148393/1‑149 (MQ=255) tcatcaagaggataaaactgcctGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGggcgg < 2:64914‑M2/117‑1 (MQ=255) tcatcaagaggataaaactgcctGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGggcgg > 1:64914‑M2/24‑140 (MQ=255) aaGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGt < 1:148393/148‑1 (MQ=255) tcaagaggataaaactgcctGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCgg > 1:117799‑M2/21‑145 (MQ=255) tcaagaggataaaactgcctGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCgg > 1:123382‑M2/21‑145 (MQ=255) tATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGa > 3:59082/1‑148 (MQ=255) aGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATaac > 1:65160/1‑148 (MQ=255) gACCGTATGATTAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagattcagg < 5:36954‑M2/149‑134 (MQ=255) aactgcctGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGt < 2:23056‑M2/78‑1 (MQ=255) aactgcctGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGt > 1:23056‑M2/9‑86 (MQ=255) aCCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAg < 6:5852/149‑1 (MQ=255) tGATTAACGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagattcaggttatgc > 5:22217‑M2/1‑9 (MQ=255) aTTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTcc < 2:65160/148‑1 (MQ=255) ttAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGa > 1:2528/1‑127 (MQ=255) ttAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGa < 2:2528/127‑1 (MQ=255) | TCGCAGATTGAAAACATGATAAACCGGGGTGTCGATGTTCTTGTCATTATTCCGTATAACGGTCAGGTATTAAGTAACGTTGTAAAAGAAGCCAAACAAGAAGGCATTAAAGTATTAGCTTACGACCGTATGATTAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCC > NC_000913/3731344‑3731623 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |