New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3270593 = | 90 (0.530) | 3 (0.020) | 3/492 | NT | 3.4% | intergenic (‑1/+32) | rnpB/garK | RNase P, M1 RNA component/glycerate kinase I |
? | NC_000913 | 3270621 = | 83 (0.500) | intergenic (‑29/+4) | rnpB/garK | RNase P, M1 RNA component/glycerate kinase I | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCATAAGCCCCGCGGAATGCTTCGTCCAACGTACCTATGCTGGTCAATACGCTGAAGACCGCATCAATGCCATGCTGATGTAC‑AACGCCAACATCATCGGTCAGGCTACCCGCAATGCCAATCACCGGTTTATGGTACTTCTTCGCCACGTTTGCGACACCAATCGGTACCTTCCCGTGAA > NC_000913/3270307‑3270872 | tCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGgc < 2:638182/289‑1 (MQ=255) tCAATACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTTGCCTTGTTCCGGGTGTAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTAACTGATCCCTCTTGCGCGGACCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGgc < 1:610734/289‑1 (MQ=255) aaGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCTCCAGTCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcg < 1:1053018/288‑1 (MQ=255) aGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTTGCCCCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAACCGG‑CCACCGTCCGGTCCGCTTCgcccc > 2:1448780/1‑285 (MQ=255) atcaccggtgaagggcgtattgacagccagagtattcacgggaaggtaccgattggtgtcgcaaacgtggcgaagaagtaccataaaccggtgattggcattgcgggtagcctgaccgatgatgttggcgttgtacatcagcatggcattgatgcggtcttcagcgtattgaccagcataggtacgttggacgaagcattccgcggggcttatgacaatatctgccgtgcttcacgtaatatcgccgcgacactggcgattggaatgcgcaacgcggggtgacaagGgc < 1:1280020‑M1/3‑1 (MQ=255) tccGGGCCGTCACTTTTGAACCCTTATTTTGCCTTGACCCGGGTGGAGTTTACCTTGCCACGTACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGTTCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcgcgc < 2:1288462/287‑1 (MQ=255) aCGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcgcgc < 1:1236164/288‑1 (MQ=255) aCGGGCCGTACCTTATGAACCCCTAATTGGCCTTGCGCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGTACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcgcg < 1:180539/287‑1 (MQ=255) ccggtgaatggcgtattgacagccagagtattcacgggaaggtaccgatttgtgtcgcaaacgtggcgaagaagtaccataaaccggtgattggcattgcgggtagcctgaccgatgatgttggcgttgtacatcagcatggcattgatgcggtcttcagcgtattgaccagcataggtacgttggacgaagcattccgcggggcttatgacaatatctgccgtgcttcacgtaatatcgccgcgacactggcgattggaatgcgcaacgcggggtgacaagGgcgcgc > 1:904669‑M1/283‑289 (MQ=255) ggCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCCGCTTCGGCGCGCAGta > 1:663755/1‑289 (MQ=255) cggtgaagggcgtattgacagccagagtattcacgggaaggtaccgattggtgtcgcaaacgtggcgaagaagtaccataaaccggtgattggcattgcgggtagcctgaccgatgatgttggcgttgtacatcagcatggcattgatgcggtcttcagcgtattgaccagcataggtacgttggacgaagcattccgcggggcttatgacaatatctgccgtgcttcacgtaatatcgccgcgacactggcgattggaatgcgcaacgcggggtgacaagGGCGCGCa < 2:1496825‑M1/8‑1 (MQ=255) gCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCCCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGCCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGtat > 1:793043/1‑289 (MQ=255) cggaCCTTATGAACCCCTATTGGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGGTCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTTCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCATGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGtata < 2:663755/285‑1 (MQ=255) aTGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTg > 1:1150156/1‑289 (MQ=255) gccagagtattcacgggaaggtaccgattggtgtcgcaaacgtggcgaagaagtaccataaagcggtgattggcattgcgggtagcctgaccgatgatgttggcgttgtacatcagcatggcattgatgcggtcttcagcgtattgaccagcataggtacgttggccgaagcattccgcggggcttatgacaatatctgccgtgcttcacgtaatatcgccgcgacactggcgattggaatgcgtaacgcggcgcaaccagggcgcgccaacaccctata < 2:1179022‑M1/19‑13 (MQ=255) aTTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcgcg < 1:997945/263‑1 (MQ=255) ccGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTg < 1:1013212/289‑1 (MQ=255) tgtcgcaaacgtggcgaagaagtaccataaaccggtgattggcattgcgggtagcctgaccgatgatgttggcgttgtacatcagcatggcattgatgcggtcttcagcgtattgaccagcataggtacgttggacgaagcattccgcggggcttatgacaatatctgccgtgcttcacgtaatatcgccgcgacactggcgattggaatgcgcaacgcggggtgacaagGgcg < 1:1549163‑M1/4‑1 (MQ=255) tgtcgcaaacgtggcgaagaagtaccataaaccggtgattggcattgcgggtagcctgaccgatgatgttggcgttgtacatcagcatggcattgatgcggtcttcagcgtattgaccagcataggtacgttggacgaagcattccgcggggcttatgacaatatctgccgtgcttcacgtaatatcgccgcgacactggcgattggaatgcgcaacgcggggtgacaagGgcg > 2:1549163‑M1/231‑234 (MQ=255) 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cgcgGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGaa > 1:933900/1‑289 (MQ=255) cgcgGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGGATAGCGGGTTTGCCCGCCCTTTCCACCCCGCGTTGCGCTTTCCAATCCCCAGTGTCGCGGCGATATTTGGTGac > 2:822097/1‑288 (MQ=255) gcTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGc < 1:169480/288‑1 (MQ=255) tACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGatat > 1:208445/1‑289 (MQ=255) aCCCTTTCCCCCCTCCCTGTTCCCGCTTGGGCGGGCCATCGGCGGGTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTGCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCGGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCAt < 2:1521948/289‑1 (MQ=255) ttCCCCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCATAAGcc < 2:792118/289‑1 (MQ=255) ccTTTCCCGCTCCCGCTTGCGCGGGCCAACGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCCCTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCCCCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCATAAGCCCcgcg < 2:1150156/289‑1 (MQ=255) aCCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGCCGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATCTTACGTGAAGACCGGCAGATATTGTCATAAGCCCCGCgg > 1:527754/1‑286 (MQ=255) aCCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTT‑CCCACCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTCTAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGGGTCGCGGCGAAATTACTTGAAGCACGGCAGATTTTTTCCTAAGCCCCGCGTAATg > 2:361300/1‑289 (MQ=255) 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tGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCATAAGCCCCGCGGAATGCTTCGTCCAACGTACCTATGCTGGTCAATACGCTGAAGACCGCATCAATGCCATGCTGATGTAC‑AACGCCAACATCATCGGTCAGGCTACCCGCAATGCCAATCACCGGTTTATGGTACTTCTTCGCCACGTTTGCGACACCAATCGGTACCTTcc < 2:1137713/289‑1 (MQ=255) tCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCATAAGCCCCGCGGAATGCTTCGTCCAACGTACCTATGCTGGTCAATACGCTGAAGACCGCATCAATGCCATGCTGCTGTAC‑AACGCCAACTTCATCGGTCAGGCGACCCGCAATGCCAATCACCGGTTTATGGTACTTCTTCGCCACGTTTGCGACACCAATCGGTACCTTccc > 1:656140/1‑288 (MQ=255) ttCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCATAAGCCCCGCGGAATGCTTCGTCCAACGTACCTATGCTGGTCAATACGCTGAAGACCGCAt < 2:1594997/166‑1 (MQ=255) ttCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCATAAGCCCCGCGGAATGCTTCGTCCAACGTACCTATGCTGGTCAATACGCTGAAGACCGCAt > 1:1594997/1‑166 (MQ=255) | TCAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCC‑GTCTCCCCCGAAGA‑GGACGACGACGAAGCGG‑CGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCAGATATTGTCATAAGCCCCGCGGAATGCTTCGTCCAACGTACCTATGCTGGTCAATACGCTGAAGACCGCATCAATGCCATGCTGATGTAC‑AACGCCAACATCATCGGTCAGGCTACCCGCAATGCCAATCACCGGTTTATGGTACTTCTTCGCCACGTTTGCGACACCAATCGGTACCTTCCCGTGAA > NC_000913/3270307‑3270872 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |