| New junction evidence | |||||||||||
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| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
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| ? | CP025533 | 2702553 = | 9 (0.050) | pseudogene (461/474 nt) | CYL77_12850 | IS630 family transposase | |||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
GTCGAGTGCGTCTGCTTCGATCAGGGTGTAATCACCTGCATCGGAAGCGCCGGTGATGGTGAGTCCTAGTTCCGCAGTGCGGCAGATGGTGTCAGCGATGATGTTGCCGGTAGACTTCATGGGTAGAGCCTTTTGTTGGTGTTTGGTTAGCTTAGATACCTAAACCTTAACCCTGACAAAAGGCTCGTTTATTTTCGGGTCTACACCGCTAGCCCAGGTTCTGTGATGTACCCCAAAACCGGAAGGGCc‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP025533/2632462‑2632709‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCTTAGGATCCTCGTTCCATGCTTTCACCCAGTTGCGTAAATCTTTCTCCAGGGCCTGGACACTCCGATGATCAGAACGCTGGAGTAACTCCCGGGTCACCTCAGCGAACAACCGTTCAACCTGGTTGATCCAGGACGAATACGTCGGGGTGAAGTGCATGTGAAACCGTGGATGCTTG > CP025533/2702553‑2702801 GTGCGTCTGCTTCGATCAGGGTGTAATCACCTGCATCGGAAGCGCCGGTGATGGTGAGTCCTAGTTCCGCAGTGCGGCAGATGGTGTCAGCGATGATGTTGCCGGTAGACTTCATGGGTAGAGCCTTTTGTTGGTGTTTGGTTAGCTTAGATACCTAAACCTTAACCCTGACAAAAGGCTCGTTTATTTTCGGGTCTACACCGCTAGCCCAGGTTCTGTGATGTACCCCAAAACCGGAAGGGCCCGTTA > 2:1411926/1‑249 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AGGGCCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCTTAGGATCCTCGTTCCATGCTTTCACCCAGTTGCGTAAATCTTTCTCCAGGGCCTGGACACTCCGATGATCAGAACGCTGGAGTAACTCCCGGGTCACCTCAGCGAACAACCGTTCAACCTGGTTGATCCAGGACGAATACGTCGGGGTGAAGTGCATGTGAAACCGTGGAT < 1:384659/249‑1 GGGCCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCTTAGGATCCTCGTTCCATGCTTTCACCCAGTTGCGTAAATCTTTCTCCAGGGCCTGGACACTCCGATGATCAGAACGCTGGAGTAACTCCCGGGTCACCTCAGCGAACAACCGTTCAACCTGGTTGATCCAGGACGAATACGTCGGGGTGAAGTGCATGTGAAACCGTGGATG > 1:1348135/1‑249 CCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCTTAGGATCCTCGTTCCATGCTTTCACCCAGTTGCGTAAATCTTTCTCCAGGGCCTGGACACTCCGATGATCAGAACGCTGGAGTAACTCCCGGGTCACCTCAGCGAACAACCGTTCAACCTGGTTGATCCAGGACGAATACGTCGGGGTGAAGTGCATGTGAAACCGTGGATGCTTG > 1:1518113/1‑249 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CP025533/2632462‑2632709‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCTTAGGATCCTCGTTCCATGCTTTCACCCAGTTGCGTAAATCTTTCTCCAGGGCCTGGACACTCCGATGATCAGAACGCTGGAGTAACTCCCGGGTCACCTCAGCGAACAACCGTTCAACCTGGTTGATCCAGGACGAATACGTCGGGGTGAAGTGCATGTGAAACCGTGGATGCTTG > CP025533/2702553‑2702801 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |