| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP025533 | = 2632709 | NA (NA) | 160 (0.930) | 138/494 | 0.1 | 94.7% | intergenic (‑128/‑114) | CYL77_12475/CYL77_12480 | ISL3 family transposase/hypothetical protein |
| ? | CP025533 | 2702553 = | 9 (0.050) | pseudogene (461/474 nt) | CYL77_12850 | IS630 family transposase | |||||
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
GCAGTTACGTACCTAGCTTCGCTAAAAGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCTTAGGATCCTCGTTCCATGCTTTCACCCAGTTGCGTAAATCTTTCTCCAGGGCCTGGACACTCCGATGATCAGAACGCTGGAGTAACTCCCGGGTCACCTCAGCGAACAACCGTTCAACCTGGTTGATCCAGGACGAATACGTCGGGGTGAAGTGCATGTGAAACCGTGGATGCTTG > CP025533/2702305‑2702801 | gCAGTTACGTACCTAGCTTCGCTAAAAGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTgcgc > 2:669792/1‑249 (MQ=255) gtgcgtctgcttcgatcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTa < 1:1253571‑M2/6‑1 (MQ=255) gtgcgtctgcttcgatcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTa > 2:1411926‑M2/244‑249 (MQ=255) gtgcgtctgcttcgatcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcgtagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTa < 1:1463509‑M2/6‑1 (MQ=255) cgtctgcttcgatcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAAtt < 2:802089‑M2/9‑1 (MQ=255) gtctgcttcgatcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTc < 1:950859‑M2/10‑1 (MQ=255) ccTAGCTTCGCTAAAAGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggc > 2:105242‑M2/1‑246 (MQ=255) ngcttcgatcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGtt < 1:75690‑M2/13‑1 (MQ=255) cTAGCTTCGCTAAAAGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggct > 1:584135‑M2/1‑245 (MQ=255) gcttcgatcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGttt < 1:449099‑M2/14‑1 (MQ=255) tCGCTAAAAGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcct > 2:1343961‑M2/1‑239 (MQ=255) gatcagggtgtaatcacctgcatcggaagcgccggtgatggtgagtcctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAGt < 1:1144857‑M2/19‑1 (MQ=255) aaGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttnn < 1:1238089‑M2/249‑18 (MQ=255) aGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagn < 2:324007‑M2/249‑19 (MQ=255) tGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagt > 2:1236905‑M2/1‑229 (MQ=255) tGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagt > 1:1415230‑M2/1‑229 (MQ=255) aTAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgc < 2:696910‑M2/249‑23 (MQ=255) tAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgca < 2:87659‑M2/249‑24 (MQ=255) gCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcatt < 1:1395635‑M2/249‑26 (MQ=255) gtcgGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatctt > 1:785368‑M2/1‑218 (MQ=255) tCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatggaccaactgccctgaa < 1:1074150‑M2/249‑51 (MQ=255) aGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatggaccaactgccctgaatg > 1:1053448‑M2/1‑197 (MQ=255) gTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatggaccaactgccctgaatgg < 1:1525690‑M2/249‑54 (MQ=255) cctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGAt < 1:373309‑M2/65‑1 (MQ=255) ctagttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATa > 1:870415‑M2/184‑249 (MQ=255) ttccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACg < 2:208257‑M2/70‑1 (MQ=255) tccgcagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACgg < 1:1345361‑M2/71‑1 (MQ=255) tGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatggaccaactgccctgaatggataaggcacc < 1:554748‑M2/249‑64 (MQ=255) ggTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatggaccaactgccctgaatggataaggcaccg > 2:1538858‑M2/1‑185 (MQ=255) cagtgcggcagatggtgtcagcgatgatgttgccggtagacttcatgggtagagccttttgttggtgtttggttagcttagatacctaaaccttaaccctgacaaaaggctcgtttattttcgggtctacaccgctagcccaggttctgtgatgtaccccaaaaccggaagggcCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCTTa < 2:1390228‑M2/75‑1 (MQ=255) tCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatggaccaactgccctgaatggataaggcaccgcaga > 2:936270‑M2/1‑181 (MQ=255) aTTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatggaccaactgccctgaatggataaggcaccgcagaatg < 2:961925‑M2/249‑72 (MQ=255) tGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatggaccaactgccctgaatggataaggcaccgcagaatgtagtg < 1:894380‑M2/249‑77 (MQ=255) tGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatggaccaactgccctgaatggataaggcaccgcagaatgtagtg < 1:1115473‑M2/249‑77 (MQ=255) tGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagactgcattgatcttatggaccacctgccctgaatggatacggcaccgcagaatgtaggg < 2:446027‑M2/249‑77 (MQ=255) nggaTTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatggaccaactgccctgaatggataaggcaccgcagaatgtagtg > 2:774918‑M2/2‑173 (MQ=255) cTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTggctcttcctgttttagagtgcattgatcttatggaccaactgccctgaatggataaggcaccgcagaatgtagtggttcaaa < 2:1087008‑M2/249‑84 (MQ=255) 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GCAGTTACGTACCTAGCTTCGCTAAAAGTGATAGCATTCGTCGGCTTTCTTGGTTTCGTCAGTTTAATAGTTGGTGTCTATTTCTGGATTACTGTTCCAGACGGGATTTTGGACGTCTTCTTTGTGCTTTTTGGCAGCGGTATCTTTCTATCCGAAGTGTTAATTAGCCTGAAGCGCTACTCGCGCTCGTCAAGTTTTTGAGACAGCTTGATTGACTTTTCTTCTTACGCTGCTGCTAGTGTCCTGCGCCGTTAATTCGTTTTAAGTATCGGGCGATAGAGGAAAGGATCTCCTCCGCGGTTTTGGTCCAGATAAACGGCTTAGGATCCTCGTTCCATGCTTTCACCCAGTTGCGTAAATCTTTCTCCAGGGCCTGGACACTCCGATGATCAGAACGCTGGAGTAACTCCCGGGTCACCTCAGCGAACAACCGTTCAACCTGGTTGATCCAGGACGAATACGTCGGGGTGAAGTGCATGTGAAACCGTGGATGCTTG > CP025533/2702305‑2702801 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |