| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP025533 | 272376 = | 169 (0.970) | 140 (0.810) +CT |
118/492 | 0.5 | 44.8% | intergenic (+8/‑16) | CYL77_01365/CYL77_01370 | aspartate kinase/aspartate‑semialdehyde dehydrogenase |
| ? | CP025533 | 2085498 = | 179 (1.030) | intergenic (‑47/+5) | CYL77_09945/CYL77_09950 | thymidylate synthase (FAD)/4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase | |||||
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
CCACTTCCATGATGTGGCGCAGATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATGTTGCGCACACCCACCAAGACACCTGGTGCAAATGAGTTGCGATCATAGGAGTCCTGCTTGATGGTCAAGGTCTGACCCTGGGTGCCAAAGATAACTTGCTCGTGAGCAACCATGCCGGACATGCGGACTGCATGAACCGGGATTCCATCTACGCTTGCGCCACGGGAACCCTCAAGTGCCTGCTCGGTC > CP025533/2085250‑2085746 | ccACTTCCATGATGTGGCGCAGATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGa < 1:42022/249‑1 (MQ=255) gcctccagcggagaacaacgcaacgtcgatgtccttgagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGc < 1:314187‑M2/3‑1 (MQ=255) tCCATGATGTGGCGCAGATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCtt < 1:259848/249‑1 (MQ=255) ccATGATGTGGCGCAGATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAGCTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCttt < 1:453064/249‑1 (MQ=255) cATGATGTGGCGCAGATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTa < 1:781362/249‑1 (MQ=255) cATGATGTGGCGCAGATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTa > 2:1021065/1‑249 (MQ=255) ggagaacaacgcaacgtcgatgtccttgagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAgg < 1:188904‑M2/12‑1 (MQ=255) atgTGGCGCAGATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAgg > 1:858797/1‑249 (MQ=255) atgTGGCGCAGATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAgg < 2:1563761/249‑1 (MQ=255) agaacaacgcaacgtcgatgtccttgagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGcc < 2:342048‑M2/14‑1 (MQ=255) cgcaacgtcgatgtccttgagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTaa < 2:1245115‑M2/21‑1 (MQ=255) caacgtcgatgtccttgagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATg > 2:778443‑M2/227‑249 (MQ=255) caacgtcgatgtccttgagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATg < 2:189982‑M2/23‑1 (MQ=255) tcgatgtccttgagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTcan > 2:1550924‑M2/222‑248 (MQ=255) tcgatgtccttgagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtggcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTcan > 2:667264‑M2/222‑248 (MQ=255) agcaTTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCCAg > 2:1400312/1‑249 (MQ=255) 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cttgagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACg > 1:135350‑M2/214‑249 (MQ=255) tgagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGAc > 2:1277822‑M2/212‑249 (MQ=255) ttCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGc < 2:821868/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |