| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP025533 | = 1044917 | 2 (0.010) | 165 (0.960) +TT |
135/492 | 0.1 | 66.5% | intergenic (+340/+110) | CYL77_05015/CYL77_05020 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP025533 | = 2084621 | 166 (0.960) | intergenic (‑123/+78) | dapA/CYL77_09945 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase/thymidylate synthase (FAD) | |||||
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
AAGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTTCCCTCA‑TTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACGAGCAAGAGGTTTTTACGGCTGTCTTTTACAGCCAAAAATGTTGTCTTAACTATATGAATTTTTAGCTCGTGGGTGTGAGCTTTGCGTTAAAAGTCCATGACATACGGGCTTGTTGCCATTTGCGATCCGTCTGCCAAAGTTTCAATCTCAAAATCACCGAAAACAGTTGGCGCTGCTACCTGCAGCTTTCTTAAACATTCTACCGCTACTTCGCGGATTTCGACGTCTGCATGTTCACTGGCTCGCATGCCAATG > CP025533/2084375‑2084867 | aaGCCGCGACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTTCCCTCA‑TTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACGAGCAAGAGGtt > 1:835486/1‑249 (MQ=255) cgcgACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTTCCCTCA‑TTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACGAGCAAGAGGTTTTTa > 1:1029107/1‑249 (MQ=255) cgcgACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTTCCCTCA‑TTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACGAGCAAGAGGTTTTTa > 1:1486568/1‑249 (MQ=255) gcgACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCTTCTTCCCTCA‑TTTTGGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACGAGCAAGAGGaattcg > 1:1078528‑M2/1‑243 (MQ=255) cgACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCTTCTTCCCTCA‑TTTTGGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACGAGCAAGAGGaattcgc > 1:788702‑M2/1‑242 (MQ=255) gACTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCTTCTTCCCTCA‑TTTTGGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACGAGCAAGAGGaattcgcg < 2:903197‑M2/249‑9 (MQ=255) aCTTCGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCTTCTTCCCTCA‑TTTTGGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACGAGCAAGAGGaattcgcgt < 1:850081‑M2/249‑10 (MQ=255) ntcGCGGCCAGCAGCGATATCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCTTCTTCCCTCA‑TTTTGGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACGAGCAAGAGGaattcgcgtat > 1:251963‑M2/2‑238 (MQ=255) tatCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTTCCCTCA‑TTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACGAGCAAGAGGTTTTTACGGCTGTCTTTTACAGCCaaaaa < 2:125507/249‑1 (MQ=255) atCGATGTCTCCGGATTCCGTGAATGGAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCTTCTTCCCTCA‑TTTTGGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACGAGCAAGAGGaattcgcgtatggcaatgacagtttgaga < 1:621418‑M2/249‑30 (MQ=255) 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ggAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAATTATACCTTCTTCCCTCA‑TTTTGGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACGAGCAAGAGGaattcgcgtatggcaatgacagtttgagacggccacaggcgattctgagaagcc > 2:110490‑M2/1‑195 (MQ=255) ggAGTAACCATTGCTACTCCAACGGTGCCGAAGTGCTCTACTACGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTGCCCTCA‑TTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACTAGCAAGAGGTTTTTACGGCTGTCTTTTACAGCCAAAAATGTTGTCTTAACTATATGAATTTTTa < 2:730596/249‑1 (MQ=255) ggAGTAACCATTGCTACTCCAACGGCGCCGAAGTGCTCTACTCCGGTCTTAGCTGTTAAACCTGTGCTCATAGAGTTCAAGGTTACCTTCTTCCCTCA‑TTT‑GGGGGTTAAACAACCCCGCAAAAAACCTAACAACTTTTGCATAACAATCGCCCAAGCCACATTCCGATAAGAACAATTGACACGAGCAAGAGGTTTTTACGGCTGTCTTTTACAGCCAAAAATGTTGTCTTAACTATATGAATTTTTa < 2:647703/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |