| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP025533 | 272376 = | 127 (0.950) | 117 (0.890) +CT |
104/492 | 0.2 | 49.6% | intergenic (+8/‑16) | CYL77_01365/CYL77_01370 | aspartate kinase/aspartate‑semialdehyde dehydrogenase |
| ? | CP025533 | 2085498 = | 113 (0.850) | intergenic (‑47/+5) | CYL77_09945/CYL77_09950 | thymidylate synthase (FAD)/4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase | |||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
ACTTCCATGATGTGGCGCAGATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATGTTGCGCACACCCACCAAGACACCTGGTGCAAATGAGTTGCGATCATAGGAGTCCTGCTTGATGGTCAAGGTCTGACCCTGGGTGCCAAAGATAACTTGCTCGTGAGCAACCATGCCGGACATGCGGACTGCATGAACCGGGATTCCATCTACGCTTGCGCCACGGGAACCCTCAAGTGCCTGCTCGGTC > CP025533/2085252‑2085746 | ntCCATGATGTGGCGCAGATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCt < 2:174732/248‑1 (MQ=255) ccagcggagaacaacgcaacgtcgatgtccttgagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCttt < 1:194850‑M2/7‑1 (MQ=255) ccATGATGTGGCGCAGATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCttt < 2:429073/249‑1 (MQ=255) gatgTGGCGCAGATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAg < 1:995481/249‑1 (MQ=255) aacaacgcaacgtcgatgtccttgagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCctn > 2:705099‑M2/234‑248 (MQ=255) cAGATACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTa < 2:680925/249‑1 (MQ=255) acgcaacgtcgatgtccttgagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTa < 1:15019‑M2/20‑1 (MQ=255) cgcaacgtcgatgtccttgagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTaa < 2:605838‑M2/21‑1 (MQ=255) cgcaacgtcgatgtccttgagggactcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctccggcacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccacaacggtgcgcataacctggccgacctggccgattgcacccacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTaa > 2:418697‑M2/229‑249 (MQ=255) aTACGCAGCATTGGAAGCAGTTCGAGGGTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATg > 1:305314/1‑249 (MQ=255) 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ctcctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCt > 1:1020938‑M2/205‑249 (MQ=255) cctcggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTgg > 2:1046263‑M2/203‑249 (MQ=255) ncggttgcctgagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGt < 1:967831‑M2/49‑1 (MQ=255) ggTTCGGCTTATCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGt < 1:413285/249‑1 (MQ=255) gagtaatgtcttctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAAt > 1:697529‑M2/191‑249 (MQ=255) aTCAAAAGTTTCGTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAAt < 1:1227678/249‑1 (MQ=255) 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tctacctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATGTTGCGCacac < 1:1199376‑M2/70‑1 (MQ=255) gTAGCAGGCACGACCCGCAAACTCGACGAGTGCTTCCGCGCCCTCAACATCAGTTGACCACTCAACATCAGCGGGTGGAGTAAAAGAACTGCACGCTATCAACTCCACGCTCAATTTAACTTGTTCGGCCACAGCCTTTAAACGCTCCTTTTAAAAAATTCCACCCGCTGCTGAAATGAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATGTTGCGCAcacc > 2:190642/1‑249 (MQ=255) cctcgatttccgtgccacggaattcaatcttacggcctgcggaacgtggggaagcaaagaaacgaacagtgtcagctgggaaattgcgctcttccaaaagggtgcgcataacctggccgacctggccggttgcaccaacaactgcgatggtggtcattgtaaaactactccttctAGCCTTTACAGGCCTAGGTAATGCTCAAGTCCTACGACTAGGCCTGGGTGCTGTGCAATGTTGCGCAcacccac > 1:39218‑M2/176‑249 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |