| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM260479 | = 4014119 | 20 (0.750) | 7 (0.280) | 7/198 | 1.3 | 23.9% | coding (2400/3198 nt) | acrB7a | Cation/multidrug efflux pump |
| ? | AM260479 | = 4014127 | 26 (1.060) | coding (2408/3198 nt) | acrB7a | Cation/multidrug efflux pump | |||||
AGCGGCAGGTGTCGACCATCTATACGCCGATCGACAACTACTACGTGATCCTGCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAGCGCCGGGTCGGGCCAATCTCCGTCAACCACCAGGGGCAGCTGCCTTCGGTGACGGTGTCGTTCAACCTGGCGCCGGGCGCGGCGCTGGGCGATGCTTCGG > AM260479/4013998‑4014255 | aGCGGCAGGTGTCGACCATCTATACGCCGATCGACAACTACTACGTGATCCTGCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTgccg > 1:195103‑M2/1‑130 (MQ=255) cAGGTGTCGACCATCTATACGCCGATCGACAACTACTACGTGATCCTGCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGtctc < 2:525687/134‑1 (MQ=255) cAGGTGTCGACCATCTATACGCCGATCGACAACTACTACGTGATCCTGCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGtctc < 1:491976/134‑1 (MQ=255) aTCTATACGCCGATCGACAACTACTACGTGATCCTGCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGccac < 1:88166/134‑1 (MQ=255) aTCGACAACTACTACGTGATCCTGCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAGCGCCg > 1:1023160/1‑134 (MQ=255) tCGACAACTACTACGTGATCCTGCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTgccggtcttgctgcgc > 2:889986‑M2/1‑100 (MQ=255) tCGACAACTACTACGTGATCCTGCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTgccggtcttgctgcgc < 1:889986‑M2/116‑17 (MQ=255) aCAACTACTACGTGATCCTGCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTgccggtcttgctgcgcacatagagcttggagaacg > 2:909055‑M2/1‑97 (MQ=255) aCAACTACTACGTGATCCTGCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTgccggtcttgctgcgcacatagagcttggagaacg < 1:909055‑M2/132‑36 (MQ=255) aCAACTACTACGTGATCCTGCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGccac < 1:444513/118‑1 (MQ=255) aCAACTACTACGTGATCCTGCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGccac > 2:444513/1‑118 (MQ=255) cAACTACTACGTGATCCTGCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGccac > 1:326776/1‑117 (MQ=255) cAACTACTACGTGATCCTGCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGccac < 2:326776/117‑1 (MQ=255) cAACTACTACGTGATCCTGCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAGCGCCGGGTCg > 1:29933/1‑134 (MQ=255) ccTGCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAGCGCCGGGTCGGGCCAATCTCCGTc > 1:422020/1‑133 (MQ=255) gCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTgccggtcttgctgcgca < 1:485657‑M2/95‑18 (MQ=255) gCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTgccggtcttgctgcgca > 2:485657‑M2/1‑78 (MQ=255) gCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTTCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAGCGCCGGGTCGGGCCAATCTCCGTCAac > 2:873171/1‑133 (MQ=255) gcCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTTCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAGCGCCGGGTCGGGCCAATCTCCGTCAACCACCAggg < 1:873171/134‑1 (MQ=255) gATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAGCGCCGGGTCGGGCCAATCTcc > 1:235127/1‑117 (MQ=255) gATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAGCGCCGGGTCGGGCCAATCTcc < 2:235127/117‑1 (MQ=255) tGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAGCGCCGGGTCGGGCCAATCTCCGTCAACCACCAGGGGCAGc > 2:866179/1‑134 (MQ=255) cgTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGccac < 2:918247/64‑1 (MQ=255) cgTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGccac > 1:918247/1‑64 (MQ=255) cgTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAGCGCCGGGTCGGGCCAATCTCCGTCAACCACCAGGGGCAGCTGCCTTCGGTGACGGTGTCGtt > 1:337262/1‑133 (MQ=255) ctctATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTgccggtcttgctgcgcacatagagcttggagaacgcgctctcgtcggtgcggtcgacatcggccgcctgcaggatcacgtagtagttgtcgatcggcgta < 1:897973‑M2/132‑101 (MQ=255) cgcAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAgcgc > 2:810652/1‑54 (MQ=255) cgcAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAgcgc < 1:810652/54‑1 (MQ=255) cAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAGCGCCGGGTCGGGCCAATCTCCGTCAACCACCAGGGGCAGCTGCCTTCGGTGACGGTGTCGTTCAACCTGGCGCCGGGCGCGGCGCTGGGCGATGCTTc < 1:866179/134‑1 (MQ=255) gATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAGCGCCGGGTCGGGCCAATCTCCg > 1:906637/1‑56 (MQ=255) gATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAGCGCCGGGTCGGGCCAATCTCCg < 2:906637/56‑1 (MQ=255) gATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAGCGCCGGGTCGGGCCAATCTCCGTCAACCACCAGGGGCAGCTGCCTTCGGTGACGgtgt > 2:222071/1‑92 (MQ=255) gATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAGCGCCGGGTCGGGCCAATCTCCGTCAACCACCAGGGGCAGCTGCCTTCGGTGACGgtgt < 1:222071/92‑1 (MQ=255) gATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAGCGCCGGGTCGGGCCAATCTCCGTCAACCACCAGGGGCAGCTGCCTTCGGTGACGGTGTCGTTCAACCTGGCGCCGGGCGCGGCGCTGGGCGATGCTTCgg > 2:1003546/1‑134 (MQ=255) | AGCGGCAGGTGTCGACCATCTATACGCCGATCGACAACTACTACGTGATCCTGCAGGCGGCCGATGTCGACCGCACCGACGAGAGCGCGTTCTCCAAGCTCTATGTGCGCAGCAAGACCGGCCAGATGGTGCCGGTCTCAGCCTTCGCCACCACCGAGCGCCGGGTCGGGCCAATCTCCGTCAACCACCAGGGGCAGCTGCCTTCGGTGACGGTGTCGTTCAACCTGGCGCCGGGCGCGGCGCTGGGCGATGCTTCGG > AM260479/4013998‑4014255 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |