New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AM260479 | 2807997 = | 12 (0.470) | 3 (0.130) | 3/194 | 2.1 | 20.1% | coding (964/2850 nt) | kdpD1 | Osmosensitive K+ channel histidine kinase |
? | AM260479 | 2808050 = | 13 (0.560) | coding (911/2850 nt) | kdpD1 | Osmosensitive K+ channel histidine kinase |
CGGACAATGAAGCCCCGCCATCGGCCCAGCGCGCCGGCGTGCGGCCGATCAAGACCTTGGTCAGATTGTGCCGCCGCACATAGCCGGCCACCGCCGCCACCATGTCGCTGCCGGCCAGCGTTTCGGTACGCGCGCCCAGCGCCTCGGCCAACCGCATGGCCTGGTCGAGCTGCTCGCGCTGGGCGTCGGGCACGGGTGCCAGGCGCGGCACCGACACCGTCACCACATGGCAGTCGCAATCGAGCTGC > AM260479/2807865‑2808112 | cGGACAATGAAGCCCCGCCATCGGCCCAGCGCGCCGGCGTGCGGCCGATCAAGACCTTGGTCAGATTGTGCCGCCGCACATAGCCGGCCACCGCCGCCACCATGTCGCTGCCGGCCAGCGTTTCGGTAcgcgcg > 1:41424/1‑134 (MQ=255) aaTGAAGCCCCGCCATCGGCCCAGCGCGCCGGCGTGCGGCCGATCAAGACCTTGGTCAGATTGTGCCGCCGCACATAGCCGGCCACCGCCGCCACCATGTCGCTGCCGGCCAGCGTTTCGGTACGCGCGCCCAg < 2:465370/134‑1 (MQ=255) ggccacggcagcgatgctgcgcaggtggtgcgcagcgcgcgccggctggccgggcagctcgattgcgactgccatgtggtgacggtgtcggtgccgcgcctggcacccgtgcccgaCGCCCAgc < 2:955373‑M1/8‑1 (MQ=255) ggccacggcagcgatgctgcgcaggtggtgcgcagcgcgcgccggctggccgggcagctcgattgcgactgccatgtggtgacggtgtcggtgccgcgcctggcacccgtgcccgaCGCCCAgc > 1:955373‑M1/117‑124 (MQ=255) ggccacggcagcgatgctgcgcaggtggtgcgcagcgcgcgccggctggccgggcagctcgattgcgactgccatgtggtgacggtgtcggtgccgcgcctggcacccgtgcccgaCGCCCAg < 2:829269‑M1/7‑1 (MQ=255) ggccacggcagcgatgctgcgcaggtggtgcgcagcgcgcgccggctggccgggcagctcgattgcgactgccatgtggtgacggtgtcggtgccgcgcctggcacccgtgcccgaCGCCCAg > 1:829269‑M1/117‑123 (MQ=255) ggccacggcagcgatgctgcgcaggtggtgcgcagcgcgcgccggctggccgggcagctcgattgcgactgccatgtggtgacggtgtcggtgccgcgcctggcacccgtgcccgaCGCCCAGCGCCTCGGcc < 2:1006706‑M1/17‑1 (MQ=255) cGGCCCAGCGCGCCGGCGTGCGGCCGATCAAGACCTTGGTCAGATTGTGCCGCCGCACATAGCCGGCCACCGCCGCCACCATGTCGCTGCCGGCCAGCGTTTCGGTACGCGCGCCCAGCGCCTCGGCCAACCg > 2:397810/1‑133 (MQ=255) gTGCGGCCGATCAAGACCTTGGTCAGATTGTGCCGCCGCACATAGCCGGCCACCGCCGCCACCATGTCGCTGCCGGCCAGCGTTTCGGTACGCGCGCCCAg > 2:336658/1‑101 (MQ=255) gTGCGGCCGATCAAGACCTTGGTCAGATTGTGCCGCCGCACATAGCCGGCCACCGCCGCCACCATGTCGCTGCCGGCCAGCGTTTCGGTACGCGCGCCCAg < 1:336658/101‑1 (MQ=255) gtggtgcgcagcgcgcgccggctggccgggcagctcgattgcgactgccatgtggtgacggtgtcggtgccgcgcctggcacccgtgcccgaCGCCCAGCGCCTCGGCCAACCGCATGGCCTGGTCGAgctgct > 1:1006706‑M1/93‑134 (MQ=255) cGGCCGATCAAGACCTTGGTCAGATTGTGCCGCCGCACATAGCCGGCCACCGCCGCCACCATGTCGCTGCCGGCCAGCGTTTCGGTACGCGCGCCCAGCGCCTCGGCCAACCGCATGGCCTGGTCGAGCTGCTc < 2:41424/134‑1 (MQ=255) cGGCCGATCAAGACCTTGGTCAGATTGTGCCGCCGCACATAGCCGGCCACCGCCGCCACCATGTCGCTGCCGGCCAGCGTTTCGGTACGCGCGCCCAGCGCCTCGGCCAACCGCATGGCCTGGTCGAGCTGCTc < 1:397810/134‑1 (MQ=255) agcgcgcgccggctggccgggcagctcgattgcgactgccatgtggtgacggtgtcggtgccgcgcctggcacccgtgcccgaCGCCCAGCGCCTCGGCCAACCGCATGGCCTGGTCGAGCTGCTCGCGCTggg < 1:708930‑M1/51‑1 (MQ=255) ccgcACATAGCCGGCCACCGCCGCCACCATGTCGCTGCCGGCCAGCGTTTCGGTACGCGCGCCCAGCGCCTCGGCCAACCGCATGGCCTGGTCGAGCTGCTCGCGCTGGGCGTCGGGCACGGGTGCCAGGcgcg > 1:667456/1‑134 (MQ=255) caTAGCCGGCCACCGCCGCCACCATGTCGCTGCCGGCCAGCGTTTCGGTACGCGCGCCCAGCGCCTCGGCCAACCGCATGGCCTGGTCGAGCTGCTCGCGCTGGGCGTCGGGCACGGGTGCCAGGCGCGGCAcc < 2:667456/134‑1 (MQ=255) ccgccgCCACCATGTCGCTGCCGGCCAGCGTTTCGGTACGCGCGCCCAGCGCCTCGGCCAACCGCATGGCCTGGTCGAGCTGCTCGCGCTGGGCGTCGGGCACGGGt > 2:208962/1‑107 (MQ=255) ccgccgCCACCATGTCGCTGCCGGCCAGCGTTTCGGTACGCGCGCCCAGCGCCTCGGCCAACCGCATGGCCTGGTCGAGCTGCTCGCGCTGGGCGTCGGGCACGGGt < 1:208962/107‑1 (MQ=255) ccAGCGTTTCGGTACGCGCGCCCAGCGCCTCGGCCAACCGCATGGCCTGGTCGAGCTGCTCGCGCTGGGCGTCGGGCACGGGTGCCAGGCGCGGCACCGACACCGTCACCACATGGCAGTCGCAATCGAGCTGc > 2:211545/1‑134 (MQ=255) | CGGACAATGAAGCCCCGCCATCGGCCCAGCGCGCCGGCGTGCGGCCGATCAAGACCTTGGTCAGATTGTGCCGCCGCACATAGCCGGCCACCGCCGCCACCATGTCGCTGCCGGCCAGCGTTTCGGTACGCGCGCCCAGCGCCTCGGCCAACCGCATGGCCTGGTCGAGCTGCTCGCGCTGGGCGTCGGGCACGGGTGCCAGGCGCGGCACCGACACCGTCACCACATGGCAGTCGCAATCGAGCTGC > AM260479/2807865‑2808112 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |