| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_12 | = 59276 | 41 (0.100) | 251 (0.650) | 66/254 | 2.0 | 92.5% | coding (62/672 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| ? | AssemblyC74_contig_18 | = 27075 | 0 (0.000) | intergenic (+1/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | hypothetical protein/– | |||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
TGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_12/59144‑59276‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AACCGGTTTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGAAGGACTTCACCACTGCCTTCAGCATGTTTAATTAGTTCAACACCACCCGTATCAAGGATGTTTTCAATGGTTAACGT < AssemblyC74_contig_18/27075‑26943 TGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAA < 2:757316/135‑1TGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAA > 2:909369/1‑134 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atatgCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAACCGGTTTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGAAGGACTTCACCACTGCCTTCAGC > 1:2239736/6‑135 atatgCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAACCGGTTTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCT > 1:401609/6‑109 atatgCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAACCGGTTTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCT < 2:401609/104‑1 atgCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAACCGGTTTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGAAGGACTTCACCACTGCCTTCAGCA < 1:1145305/131‑1 tgCTCCTGGTGCTAAAACGACAATTGCCAGTTTTCCAACTTCTCCTGTAGTAAAAACGGTTTGTATCGTTTCTCATTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGAAGGACTTCACCACTGCCATCAGCAag > 2:1788205/3‑133 cccGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAACCGGTTTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGAAGGACTTCACCACTGCCTTCAGCATGTTT < 2:3263905/131‑1 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2:711368/1‑135 GTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAACCGGTTTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGAAGGACTTCACCACTGCCTTCAGCATGTTTAATTA > 1:1637139/1‑135 GTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAACCGGTTTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGAAGGACTTCACCACTGCCTTCAGCATGTTTAATTA < 1:3514543/135‑1 GTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAACCGGTTTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTC < 1:377809/85‑1 GCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAACCGGTTTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGAAGGACTTCACCACTGCCTTCAGCATGTTTAATTAG > 1:1277046/1‑134 GCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAACCGGTTTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGAAGGACTTCACCACTGCCTTCAGCATGTTTAATTAG > 2:2785760/1‑134 GCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAACCGGTTTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGAAGGACTTCACCACTGCCTTCAGCATGTTTAATTAG > 1:2222746/1‑134 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gtaGTTAAACCGGTGTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGAAGGACTTCACCACTGCCTTCAGCATGTTTAATTAGTTCAACACCACCCGTATCAAGGATGTTTTCAATGGTT < 1:2811360/132‑1 TTAAACCGGTTTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGAAGGACTTCACCACTGCCTTCAGCATGTTTAATTAGTTCAACACCACCCGTATCAAGGATGTTTTCAATGGTTAAC > 1:2326035/1‑134 TTAAACCGGTTTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGAAGGAATTCACCACTGACTTCAGCAATATTAATAAAAACAACACCACCCGTATAAAGGATGTTTTCTATCGTAAACt > 1:1800037/1‑134 AAACCGGTTTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGAAGGACTTCACCACTGCCTTCAGCATGTTTAATTAGTTCAACACCACCCGTATCAAGGATGTTTTCAATGGTTAACGT < 1:2533123/134‑1 AAACCGGTTTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGAAGGACTTCACCACTGCCTTCAGCATGTTTAATTAGTTCAACACCACCCGTATCAAGGATGTTTTCAATGGTTAACGT > 2:1754747/1‑134 AAACCGGTTTGTAGCGTTTCTCCTTCTCGGTTCTGTAACTCAAAAACAGCTCCTTGAAGGACTTCACCACTGCCTTCAGCATGTTTAATTAGTTCAACACCACCCGTATCAAGGATGTTTTCAATGGTTAACGT > 2:1192560/1‑134 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |