| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_23 | = 9396 | 0 (0.000) | 257 (0.560) | 76/254 | 0.4 | 100% | intergenic (+36/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_si milarity/– | DNA‑directed RNA polymerase beta subunit (EC 2.7.7.6)/– |
| ? | AssemblyC74_contig_49 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑111) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein | |||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
ATGAGCTGGGAATCTACGTTGGAAAAGACAAAATTCACTACGACGAAATACGGCACATTGAATTTTACCAGGATAATAAGTGGAGTCGACTAGAATGAACATTATCCAGCAATATGAGCTAAAGTATATAACAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_23/9263‑9396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ACCCGTGGTGCTAGTTAATTTTTTCCTAGAGGAAAATGTCTAAACATGTTGGTAAATCAACAAAAAAACGCATATAGTAGTCTCAAAACTCCCAAGAAATGAGGACTACATATGCGTTCATCAAAATATACTGA > AssemblyC74_contig_49/1‑134 TGAGCTGGGAATCTACGTTGGAAAAGACAAAATTCACTACGACGAAATACGGCACATTGAATTTTACCAGGATAATAAGTGGAGTCGACTAGAATGAACATTATCCAGCAATATGAGCTAAAGTATATAACATA > 2:1344736/1‑134 TGAGCTGGGAATCTACGTTGGAAAAGACAAAATTCACTACGACGAAATACGGCACATTGAATTTTACCAGGATAATAAGTGGAGTCGACTAGAATGAACATTATCCAGCAATATGAGCTAAAGTATATAACATA > 2:2573453/1‑134 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AssemblyC74_contig_23/9263‑9396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ACCCGTGGTGCTAGTTAATTTTTTCCTAGAGGAAAATGTCTAAACATGTTGGTAAATCAACAAAAAAACGCATATAGTAGTCTCAAAACTCCCAAGAAATGAGGACTACATATGCGTTCATCAAAATATACTGA > AssemblyC74_contig_49/1‑134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |