New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AssemblyC74_contig_31 | = 3396 | 0 (0.000) | 513 (0.410) +TGATGTT |
84/240 | 0.3 | 79.7% | noncoding (118/118 nt) | rasttk_feature_creation_tool=RNA_reps_5S_rRNA | 5S rRNA # 5S ribosomal RNA ‑ 3 prime truncation |
? | AssemblyC74_contig_8 | 1645 = | 277 (0.780) | intergenic (‑212/‑2) | rasttk_feature_creation_tool=tRNAscan‑SE/rasttk_feature_creation_tool=tRNAscan‑SE | tRNA‑Thr‑GGT/tRNA‑Asn‑GTT |
Only 100 of 522 total aligned reads displayed.
AAAGATAACACCACAGTGTGGTGGCGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_31/3265‑3396 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGTAGCGCATGACTGTTAATCATGATGTCGTAGGTTCGAGTCCTACTGCCGGAGTAAA > AssemblyC74_contig_8/1645‑1724 ||||||| AAAGATAACACCACAGTGTGGTGGCGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGA < 2:814537/135‑1 AAAGATAACACCACAGTGTGGTGGCGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGA < 2:1130315/135‑1 AACACCACAGTGTGGTGGCGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTA < 1:1521111/134‑1 AACACCACAGTGTGGTGGCGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTA < 2:1226129/134‑1 AACACCACAGTGTGGTGGCGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCAATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTA < 1:1880807/134‑1 ACCACAGTGTGGTGGCGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCAAGTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCC > 2:3260369/1‑135 CCACAGTGTGGTGGCGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCG < 1:113280/135‑1 CCACAGTGTGGTGGCGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCG < 1:3184161/135‑1 CCACAGTGTGGTGGCGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCG < 1:1499480/135‑1 TGGTGGCGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCAATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATA < 1:1103932/132‑1 GGTGGCGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTC > 2:2933472/1‑135 TGGCGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCAATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAG > 1:3310781/1‑135 GCGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGACCACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGT < 1:2116846/134‑1 CGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAATCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCCTAGCTCAGTTG > 1:2238950/1‑135 CGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTG > 1:231254/1‑135 CGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTG > 2:3519513/1‑135 CGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCAATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTG > 1:631481/1‑135 CGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCAATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTG > 2:1666817/1‑135 ATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGG < 1:850908/134‑1 ATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGG < 1:3111165/134‑1 ATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTAAGTTGGT > 1:2808176/1‑135 ATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCAATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGG < 2:3213406/134‑1 ATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCAATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGG < 1:3016386/134‑1 ATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCGTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCAGAGCTCAGTTGG < 1:1400026/134‑1 TAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGG > 1:3062692/1‑133 GCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGT > 2:2763464/1‑135 GCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGT > 2:642762/1‑135 GCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGT > 1:915384/1‑135 GCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATA > 1:2757772/1‑121 GCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCAATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGT > 2:1832619/1‑135 GCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCAATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGT > 1:1595355/1‑135 GCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCAATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGT > 2:1177237/1‑135 GCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCAATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGT > 2:3329365/1‑135 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GAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCAATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCG < 1:2647579/114‑1 GAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGCGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGTAGCG > 1:391764/1‑135 AAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGTAGCG < 2:3152080/134‑1 ACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGTAGCGCATGACTGT > 1:237466/1‑135 CCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGTAGCGCATGACTGTT < 1:3549096/135‑1 TGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATA > 2:1106348/1‑105 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2:2014264/1‑100 CCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCAATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCA > 2:234991/1‑98 GCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGTAGCGCATGACTGTTAATCATGATGT < 2:949927/135‑1 GCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCAATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGTAGCGCATGACTGTTAATCATGATGT < 2:848091/135‑1 GCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCAATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGTAGCGCATGACTGTTAATCATGATGT < 1:2038711/135‑1 CCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGTAGCGCATGACTGTTAATCATGATGTC > 2:1295228/1‑135 CCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCAATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGTAGCGCATGACTGTTAATCATGATGTC > 2:194532/1‑135 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CTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGTAGCGCATGACTGTTAATCATGATGTCGTAGGTT < 1:56032/91‑1 GTCGCCACGCTGATGTTATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGTAGCGCA > 2:2435833/1‑48 ||||||| AAAGATAACACCACAGTGTGGTGGCGATAGCGAGAAGGATACACCTGTAACCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTTCTTAGCGCCGATTGTAGTGAGGGGTTGCCCCTTGTGAGAGTAGGACGTCGCCACGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_31/3265‑3396 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTCCGGCATAGCTCAGTTGGTAGTAGCGCATGACTGTTAATCATGATGTCGTAGGTTCGAGTCCTACTGCCGGAGTAAA > AssemblyC74_contig_8/1645‑1724 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |