| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_32 | 1 = | 0 (0.000) | 151 (0.540) +C |
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| ? | AssemblyC74_contig_40 | = 62 | NA (NA) | intergenic (–/+119) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Cold shock protein of CSP family | |||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
GTGCATATTTTATGTAAAAGCTTTATAACTACAAAGTAAAGTAGATTATGCTCATTATTAGGAATGAAGTATCAATGGTTCTGAAGAAAATGTTTAAAGAAGTTTTTATTGATTAAAATAATAATTATTTTAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AssemblyC74_contig_32/134‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TATTATTTGTCAAATTAAGCGAGACAAAACTTTCCATTTACGTAACTCAAAAAAACTTCTAA‑‑‑‑‑‑ < AssemblyC74_contig_40/62‑1 | GTGCATATTTTATGTAAAAGCTTTATAACTACAAAGTAAAGTAGATTATGCTCATTATTAGGAATGAAGTATCAATGGTTCTGAAGAAAATGTTTAAAGAAGTTTTTATTGATTAAAATAATAATTATTTTAATC > 2:1605350/1‑135GTGCATATTTTATGTAAAAGCTTTATAACTACAAAGTAAAGTAGATTATGCTCATTATTAGGAATGAAGTATCAATGGTTCTGAAGAAAATGTTTAAAGAAGTTTTTATTGATTAAAATAATAATTATTTTAATC > 1:2560540/1‑135GTGCATATTTTATGTAAAAGCTTTATAACTACAAAGTAAAGTAGATTATGCTCATTATTAGGAATGAAGTATCAATGGTTCTGAAGAAAATGTTTAAAGAAGTTTTTATTGATTAAAATAATAATTATTTTAATC > 1:2528167/1‑135 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |