| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_33 | = 3075 | 0 (0.000) | 294 (0.620) | 93/254 | 0.1 | 100% | intergenic (+2/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | hypothetical protein/– |
| ? | AssemblyC74_contig_4 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑2) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_si milarity | –/Phage lysin, N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase (EC 3.5.1.28) | |||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
CTGTTACGAATGTAGGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_33/2943‑3075‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATATGCAACGTGGAGATGTAGTGATTTGGGGTAAAAAAGGAAGTTCCGCAGGGGCAGGCGGTCATACTGG > AssemblyC74_contig_4/1‑130 TGTTACGAATGTAGGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTT > 1:3049135/1‑135 TGTTACGAATGTAGGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTT > 1:3285319/1‑135 GTTACGAATGTAGGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTT < 1:3409661/135‑1 GTTACGAATGTAGGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTT < 1:486873/135‑1 GTTACGAATGTAGGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTT < 1:2031919/135‑1 GTTACGAATGTAGGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTT > 1:2481806/1‑134 GTTACGAATGTAGGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTT > 1:3021468/1‑134 AATGTAGGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTT > 2:2047170/1‑129 AATGTAGGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTT < 1:2047170/129‑1 AATGTAGGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACAACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGA > 1:2297349/1‑135 GTAGGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATT > 2:643670/1‑134 GTAGGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGAT < 2:3174903/133‑1 GTAGGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTT > 2:1012599/1‑126 GTAGGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTT < 1:1012599/126‑1 AGGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATC > 2:422733/1‑135 GGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATC > 1:1512788/1‑134 AACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTAC > 2:3312146/1‑135 AACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTAC > 1:3257611/1‑135 AACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTAC > 2:897225/1‑135 CATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAA > 2:572032/1‑135 ATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAA > 2:976508/1‑135 ATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAA > 1:1229319/1‑135 CTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAAT > 2:1436217/1‑135 TGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATG < 1:1047449/135‑1 TTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATT < 1:806057/134‑1 TTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAAAAACAGCAGTAGCAACAACGACAGCACATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGC > 1:2836229/1‑135 caaatGGGAGATACAGGAGATCCTTTAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTATCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCG < 1:1873632/130‑1 CCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTTGAGAAAATGCGAAAACTACAGCAGTAGCAACAACTACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCG < 2:3100350/135‑1 CCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAACTGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCG < 2:2131684/135‑1 CCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCG < 2:2396847/135‑1 CCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCG < 2:207117/135‑1 CCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCG < 1:1715809/135‑1 CCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCG < 1:1306675/135‑1 AGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAA < 1:2136214/135‑1 GGGAGATAAAGGTTATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCTCAGAAAATCGAGAAT < 1:221730/135‑1 GATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGA < 2:515548/134‑1 AAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACATCAGTAGAAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAAT < 2:2836229/133‑1 AAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATAT < 1:422733/135‑1 AAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATAT < 2:1229319/135‑1 AAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAAT < 1:2934088/133‑1 AAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAAATACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAATTGGTTTGATTTCTAACTTTGAATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTTAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATAT < 1:720288/135‑1 GATCCTGGAGAAATTGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATATGCAAC < 2:2150148/134‑1 GATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATATGCAAC < 1:3003831/134‑1 CCTGGAGAAAATGCGACAACTACATCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATATGCAACGTG < 1:914801/134‑1 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< 2:1696264/134‑1 ACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATATGCAACGTGGAGATGTAGTGATTTGGGG > 2:2530388/1‑135 GTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATATGCAACGTGGAGATGTAGTGATTTGGGGTAAAAA < 2:3460673/132‑1 GCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATATGCAACGTGGAGATGTAGTGATTTGGGGTAAAAAAGG < 1:2753031/132‑1 CAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATATGCAACGTGGAGATGTAGTGATTTGGGGTAAAAAAGGAAG > 2:2999185/1‑134 CAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATATGCAACGTGGAGATGTAGTGATTTGGGGTAAAAAAGGAAG > 1:2098950/1‑134 CAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTT > 1:175692/1‑35 AACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATATGCAACGTGGAGATGTAGTGATTTGGGGTAAAAAAGGAAGT > 1:670498/1‑134 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AATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATATGCAACGTGGAGATGTAGTGATTTGGGGTAAAAAAGGAAGTTCCGCAGGGGC < 2:391967/132‑1 AATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATATGCAACGTGGAGATGTAGTGATTTGGGGTAAAAAAGGAAGTTCCGCAGGG < 1:597703/130‑1 ATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATATGCAACGTGGAGATGTAGTGATTTGGGGTAAAAAAGGAAGTTCCGCAGGGGCAGGC < 1:2314705/135‑1 ATGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATATGCAACGTGGAGATGTAGTGATTTGGGGTAAAAAAGGAAGTTCCGCAGGGGCAGGC < 2:842466/135‑1 TGGTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATATGCAACGTGGAGATGTAGTGATTTGGGGTAAAAAAGGAAGTTCCGCAGGGGCAGGCG > 2:2446238/1‑135 GTTTGATGTCTAACTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATATGCAACGTGGAGATGTAGTGATTTGGGGTAAAAAAGGAAGTTCCGCAGGGGCAGGCGGT < 2:288944/135‑1 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CTGTTACGAATGTAGGAACATCATCTGCAGCTAGATTTAATTTTGTTTTACCAAAGGGAGATAAAGGTGATCCTGGAGAAAATGCGACAACTACAGCAGTAGCAACAACGACAGCAAATGGTTTGATGTCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_33/2943‑3075‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTTTGCATGATTATCTACTTAAAAATGGCTTTGAATTAATCGCAGAAAATCGAGAATGGAATATGCAACGTGGAGATGTAGTGATTTGGGGTAAAAAAGGAAGTTCCGCAGGGGCAGGCGGTCATACTGG > AssemblyC74_contig_4/1‑130 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |