| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_43 | = 1217 | 0 (0.000) | 907 (1.760) | 80/246 | 0.2 | 73.7% | intergenic (‑2/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | hypothetical protein/– |
| ? | AssemblyC74_contig_44 | 617 = | 647 (0.940) | coding (520/1134 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 923 total aligned reads displayed.
AGTGGTTGGTACTTGGACATTGGTCTTATCGCCGGTATAGTTCGTCAGCTTATATCTTCCTAATTGATCATCCCACTCTCCTGTCCAATCGCCTTCAGTTGTATCAAATAATTTTTGCGCTTGTGCAATTAAATCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_43/1081‑1217‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tccaATAATTCTTTTTTCTCGGATAGACTATCTGGTAATTTGTCCACTTCTTTTTTAGCATCATTGATCTTATCTTGCGTTATTCCATCATTCAAAACAGTATGTGTATCATCTTTAAATAATGTATTGACTGTATT > AssemblyC74_contig_44/617‑749 AGTGGTTGGTACTTGGACATTGGTCTTATCGCCGGTATAGTTCGTCAGCTTGTATCTTCCTAATTGATCATCCCACTCTCCTGTCCAATCGCCTTCAGTTGTATCAAATAATTTTTGCGCTTGTGCAATTAAATC > 1:1286326/1‑135AGTGGTTGGTACTTGGACATTGGTCTTATCGCCGGTATAGTTCGTCAGCTTATATCTTCCTAATTGATCATCCCACTCTCCAGTCCAATCGCCTTCAGGTGTATCAAATAATATGAGCGCTTGTGCAAGTAAATC > 2:2085828/1‑135 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ATCCCACTCTCCTGTCCAATCGCCTTCAGTTGTATCAAATAATTTTTGCGCTTGTGCAATTAAATCCGATAATTCTTTTTTTGCGGTTAAACTATCTGGTAATTTGTCCACTGTTTTCTTAGCATCATCAATCTT < 2:2230711/135‑1 ATCCCACTCTCCTGTCCAATCGCCTTCAGTTGTATCAAATAATTTTTGCGCTTGTGCAATTAAATCCGATAATTCTTTTTTTGCGGTTAAACTATCTGGTAATTTGTCCACTGTTTTCTTAGCATCATCAATCTT > 2:1045747/1‑135 ATCCCACTCTCCTGTCCAATCGCCTTCAGTTGTATCAAATAATTTTTGCGCTTGTGCAATTAAATCCGATAATTCTTTTTTTGCGGTTAAACTATCTGGTAATTTGTCCACTGTTTTCTTAGCATCATCAATCTT < 1:2024203/135‑1 ATCCCACTCTCCTGTCCAATCGCCTTCAGTTGTATCAAATAATTTTTGCGCTTGTGCAATTAAATCCGATAATTCTTTTTTTGCGGTTAAACTATCTGGTAATTTGTCCACTGTTTTCTTAGCATCATCAATCTT < 1:371678/135‑1 ATCCCACTCTCCTGTCCAATCGCCTTCAGTTGTATCAAATAATTTTTGCGCTTGTGCAATTAAATCCGATAATTCTTTTTTTGCGGTTAAACTATCTGGTAATTTGTCCACTGTTTTCTTAGCATCATCAATCTT > 1:2452567/1‑135 CCCACTCTCCTGTCCAATCGCCTTCAGTTGTATCAAATAATTTTTGCGCTTGTGCAATTAAATCCGATAATTCTTTTTTTGCGGTTAAACTATCTGGTAATTTGTCCACTGTTTTCTTAGCATCATCAATCTT < 2:3170453/133‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |