| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | AssemblyC74_contig_1 | = 443528 | 11 (0.030) | 2376 (1.700) +C |
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| ? | AssemblyC74_contig_39 | = 1643 | 0 (0.000) | intergenic (‑5/–) | rasttk_feature_creation_tool=RNA_reps_SSU_rRNA/– | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/– | |||||
Only 100 of 2432 total aligned reads displayed.
CGTTCGCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_39/1510‑1643 | cGTTCGCCACTCTTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTg > 2:2864290‑M2/1‑134 (MQ=255) ttCGCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCttacg > 2:3401927/1‑132 (MQ=255) ttCGCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcg < 1:463481‑M2/135‑4 (MQ=255) ttCGCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcg < 1:3437642‑M2/135‑4 (MQ=255) ttCGCCACTCCTCTTTTTACGGTGGAGCAAGCTCCGTTGGAAAAAGAAGAGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcg < 1:738303‑M2/135‑4 (MQ=255) tCGCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcga < 1:544259‑M2/135‑5 (MQ=255) gCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgatt < 1:1633290‑M2/135‑7 (MQ=255) gCCACTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgatt < 1:3494145‑M2/135‑7 (MQ=255) cACTCTTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgt < 1:864471‑M2/135‑9 (MQ=255) aCTCCTCTTTTTCCGGTGGAGCAAGCTCCGGTGGAAAAAGAAGCGTTCGACTTGCATGTATTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACTCTCATAAAAAGTTCGAACAATCTTgcgattgtt > 1:676164‑M2/1‑126 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |