| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_30 | = 330 | 289 (1.020) | 218 (0.770) | 75/258 | 0.3 | 60.1% | intergenic (+78/+111) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_si milarity/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Mobile element protein/hypothetical protein |
| ? | AssemblyC74_contig_36 | = 1754 | 0 (0.000) | intergenic (+133/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | hypothetical protein/– | |||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
CACCAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_30/198‑330‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTATGGGCCAAAAACCTACATTTTTGAATGGCCATTGACATTCACTAACTTTT < AssemblyC74_contig_36/1754‑1622 CACCAATATGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAG > 1:2558685/1‑135CACCAATATGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAG > 2:1201840/1‑135CACCAATATGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAAACAGCTACAAATAAAAAAACAACAAAGCTAGTGACATTTACTAAATTTGATTTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAG > 2:523875/1‑135 CAATATGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATT > 1:749535/1‑135 CAATATGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATT < 1:2120857/135‑1 ATATGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTAT < 1:294101/135‑1 ATGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCCACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTAGCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCACGATTATTC < 2:664814/135‑1 TGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCA > 2:87113/1‑135 TGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCA > 1:174590/1‑135 TGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCA > 2:2130510/1‑135 cgcTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAA < 1:87113/132‑1 GCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACT < 1:1201840/135‑1 GCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACT < 2:835533/135‑1 GCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACT < 2:137046/135‑1 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ATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAA > 1:608146/1‑135 TCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCACAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCT < 1:2366523/135‑1 TCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAACGCTAGTGACTATTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCT < 1:2247226/135‑1 TCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTCTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCT > 1:911900/1‑135 CAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGATAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGA < 2:289349/135‑1 AACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAA > 2:897374/1‑135 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CACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAA > 1:1801570/1‑135 CACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAA > 2:1508260/1‑135 CACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAA > 1:1512050/1‑135 CACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAA > 1:44504/1‑135 AAAAAAACATCACAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTAAAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAA < 2:1534496/135‑1 AAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAA > 1:683626/1‑135 AAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAA > 1:1413786/1‑135 AAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAG < 2:421624/135‑1 AAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGAGTATAAAGAAAAAAAG > 2:1391705/1‑135 AAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGCTGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTT < 1:2349435/135‑1 AAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTT > 2:748878/1‑135 AAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACATTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGACCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTG < 1:2293180/135‑1 AACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGT < 2:1050276/135‑1 CAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTAT < 2:1438575/135‑1 aacGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATA < 1:1790026/132‑1 AAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATA > 1:419673/1‑135 AAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATA < 2:1098239/135‑1 AAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATA < 2:2087597/135‑1 AAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGT > 1:1983091/1‑129 AAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGT < 2:1983091/129‑1 GCTAGTGACTTTTACTAACTTAGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGT < 1:1857688/135‑1 ACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTG > 1:369028/1‑135 ACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTG > 2:1821890/1‑135 ACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACC < 2:56074/132‑1 ACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACC > 1:56074/1‑132 TACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATT > 1:501313/1‑135 CTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTGTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTA > 2:453361/1‑135 CTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTA > 1:2156312/1‑135 CTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTA > 2:1682842/1‑135 tttATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTATGGGCCAAAAAC < 2:608146/132‑1 AGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTATGGGCCAAAAACCTACA > 2:2361087/1‑135 AGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTATGGGCCAAAAACCTACA > 2:70865/1‑135 AGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTAGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTATGTTCCAAAAACCTACA > 1:2232883/1‑135 ACCTTATCAGTCCGATTTGACAAATAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATAGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTATGGGCCAAAAACCTACATTTTT > 1:2187870/1‑135 ACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTATGGGCCAAAAACCTACATTTTT < 1:648456/135‑1 TTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTATGGGCCAAAAACCTACATTTTTGAA > 2:2505564/1‑135 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GATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTATGGGCCAAAAACCTACATTTTTGAATGGCCATTGA > 2:1233230/1‑135 GATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTATGGGCCAAAAACCTACATTTTTGAATGGCCATTGA > 1:31844/1‑135 GATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTATGGGCCAAAAACCTACATTTTTGAATGGCCATTGA > 2:1172682/1‑135 GATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTATGGGCCAAAAACCTACATTTTTGAATGGCCATTGA > 2:374982/1‑135 ATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTATGGGGCAACAACCTACCTTGTTGAATGGCCATTGAC > 1:781007/1‑135 ATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTATGGGCCAAAAACCTACATTTTTGAATGGCCATTGAC > 1:1945824/1‑135 ATTTGACAAAGAGCCAAGATTATTCAAATTACTGGAAAGTC > 2:2374259/1‑41 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CACCAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AssemblyC74_contig_30/198‑330‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGATTATTCAAATTACTGGAAAGTCTTATCGAATTAAAGATTATAAAGAAAAAAAGTTGTCGTATAAGTAACCTTGTTATTTATGGGCCAAAAACCTACATTTTTGAATGGCCATTGACATTCACTAACTTTT < AssemblyC74_contig_36/1754‑1622 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |