| New junction evidence | |||||||||||
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TTCACCAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGTCTACAGTCTGAGGCTAGCAAATGCTAGCCTCTTTAATAAATCGGTAAAATTTCCTAAATTCTATTGAACATTCGTTAAAACTA > AssemblyC74_contig_30/196‑463 | cACCAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAtt > 1:2148619/1‑135 (MQ=33) cACCAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAtt > 2:830682/1‑135 (MQ=33) cACCAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAtt > 1:1728736/1‑135 (MQ=33) cACCAATATGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAag > 2:1201840‑M1/1‑133 (MQ=255) aCCAATATGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActt > 1:666307‑M2/1‑132 (MQ=255) ccAATATGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagat > 2:271944‑M1/1‑131 (MQ=255) cAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTa < 2:468310/135‑1 (MQ=37) cAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTa < 2:533742/135‑1 (MQ=37) cAAGATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTGAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTa < 1:211290/135‑1 (MQ=255) atGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattc < 1:120433‑M1/135‑10 (MQ=255) 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cacaTAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGt < 2:1869518/135‑1 (MQ=255) cacaTAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGt < 2:2060870/135‑1 (MQ=255) cacaTAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGt < 2:434751/135‑1 (MQ=255) tAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtcttatcgaattaaagattataaagaaaaaa < 2:2529079‑M1/135‑55 (MQ=255) aaaaaaaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtcttatcgaattaaagattataaagaaaaaaa > 1:1413786‑M1/1‑80 (MQ=255) aaaaaaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtcttatcgaattaaagattataaagaaaaaaag < 2:174590‑M1/135‑57 (MQ=255) aaaaaaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtcttatcgaattaaagagtataaagaaaaaaag > 2:1391705‑M1/1‑79 (MQ=255) aaaaaaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGTCTACAg < 1:1884439/135‑1 (MQ=255) aaaaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtttctgaccctttccttgctttcaattagttaataatgatcttttgcagaa < 2:342312‑M2/135‑59 (MQ=255) aaaaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtcttatcgaattaaagattataaagaaaaaaagtt > 1:2318893‑M1/1‑77 (MQ=255) aaaaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGTCTACa > 1:488490/1‑132 (MQ=255) aaaaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGTCTACa > 1:24392/1‑132 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |