| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_34 | 2046 = | 106 (0.480) | 158 (0.680) +T |
33/256 | 2.9 | 75.0% | intergenic (‑223/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | PaaD‑like protein (DUF59) involved in Fe‑S cluster assembly/– |
| ? | AssemblyC74_contig_56 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+1) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Co‑activator of prophage gene expression IbrA | |||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGAATT > AssemblyC74_contig_56/1‑134 | ctggtatgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCaaa < 1:2355216‑M2/70‑1 (MQ=255) tgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCg < 2:2371615‑M2/75‑1 (MQ=255) tgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCg < 2:2049574‑M2/75‑1 (MQ=255) tgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCg < 1:1822755‑M2/75‑1 (MQ=255) 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ccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGa < 2:876120‑M2/131‑1 (MQ=255) atTCCCATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 2:2391836‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCg < 1:166941‑M2/75‑1 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACCGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 1:1191600‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTACACTTTCTTGAGCTCGAAt < 2:1266234‑M2/133‑1 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 1:1324947‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 2:279897‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 1:816387‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 1:1197833‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 1:600233‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGa > 2:479870‑M2/3‑133 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGa < 1:479870‑M2/131‑1 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGa < 1:2546575‑M2/131‑1 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGAAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 2:1640087‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCAAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAAATCTAAAGATATAACGAAAAGAACCAAACATCTTCAAAGTATAATTTCTAGTAACTGTATTATAGCGATTTAAAATTTCTTGAGCTCGaa > 2:2314505‑M2/3‑134 (MQ=255) tTCCAATCATTTAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGAAtt < 2:888775‑M2/134‑1 (MQ=255) tTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGAAtt < 1:1442603‑M2/134‑1 (MQ=255) tTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGAAtt < 1:1986829‑M2/134‑1 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGAATT > AssemblyC74_contig_56/1‑134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |