| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_24 | 1 = | 0 (0.000) | 135 (0.780) +CTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAG |
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| ? | AssemblyC74_contig_7 | = 152772 | 0 (0.000) | intergenic (+1/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | hypothetical protein/– | |||||
Only 100 of 441 total aligned reads displayed.
GTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCCATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AssemblyC74_contig_24/130‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTGGTAGATGTATCTGTACTGTCGCTTGTGTCTGTCGTATCTGTACCATTGTCGCTGATAAATATTTCGTTAGGATCCCAACGATTGGTAGCTGCATCTAAAATCACATT < AssemblyC74_contig_7/152772‑152640 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| taaTGTCTCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCTTTCACTTGTTGTAGAGGTTGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATG < 2:1807865/132‑1 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TGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGA < 1:958211/100‑1 TGTCACTTGAAGCTGATGGGTCCGTGCTATCTCTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATACGTGCTATCACTAGTGGTAGTGGTAGTATCTGTACTGACGCTTGCAGTTGATTAAT > 2:884935/1‑135 TCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGTTGATGAATCT > 2:1337252/1‑135 CTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGTTAGTATCTGTACAGTCGCTTGAAGTTGATGAATCTG > 2:716974/1‑133 CTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGTAGTTGATGAATCTG > 1:2619274/1‑133 CTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGTTTATTAATCTG > 1:883587/1‑133 CTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGTTGATGAATATG > 1:666180/1‑133 CTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGA > 2:284093/1‑95 CTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTG > 1:1804751/1‑90 GAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTAT > 2:2190259/1‑79 CTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCA > 1:2747440/1‑77 CTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCA < 2:2747440/77‑1 GTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGTTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTG > 2:2554636/1‑135 GTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTG < 1:2670296/78‑1 gCCGTGCTCTCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTTTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGTTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTGGT < 2:1266302/133‑1 TCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGTTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTGGT < 2:2609313/134‑1 TCCGTGCTATCACTCGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGTTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTGGT < 2:1738561/134‑1 CGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGTTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTGGTAGA < 1:1887037/135‑1 GTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGTTGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGTTGTTGTATAGGAGCTATCACTTGTGGTAGAT > 2:2145225/1‑135 GTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGTTGATTAATCTGAGCTATCACATGTGGTAGAT > 1:2128280/1‑135 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GTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGTTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTGGTAGATGTATCTGTACTGTCGCTTGTGTC < 1:1999013/134‑1 GTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGTTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTGGTAGATGTATCTGTACTGTCGCTTGTGTC < 1:610295/134‑1 GTATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGTTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTGGTAGATGTATCTGTACTGTCGCTTGTGTC < 1:351653/134‑1 ATCTGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGG > 2:1394963/1‑53 TGTACTGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGTTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTGGTAGATGTATCTGTACTGTCGCTTGTGTCTGTCGT > 1:1705099/1‑135 TGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGTTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTGGTAGATGTATCTGTACTGTCGCTTGTGTCTGTCGTATCTG > 2:2506860/1‑135 TGTCGCTTGAAGCTGATGTATCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAGTTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTGGT < 1:1245807/97‑1 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AAGTTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTGGTAGATGTATCTGTACTGTCGCTTGTGTCTGTCGTATCTGTACCATTGTCGCTGATAAATATTTCGTTAGGATCCCAACGATTGGTAGCTGCATCTAAAATCACAT < 2:1136043/135‑1 AGTTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTGGTAGATGTATCTGTACTGTCGCTTGTGTCT < 2:2266433/58‑1 AGTTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTGGTAGATGTATCTGTACTGTCGCTTGTGTCT > 1:2266433/1‑58 AGTTGATGAATATGAGCTATCACTTGTGGTAGATGTATCTGTACTGTCGCTTGTGTCAGTCGTATCTGTTCCATTGTAGCTGATAAATATTTCGTTTGGTTGCCAACGAATTGTAGCTGCATATAAAATAACATT > 1:2907885/1‑135 GTTGATGAATCTGATCTATCACTTGTGGTAGATGTATCTGTACTGTCGCTTGTGTCTGTCGTATCTGTACCATTGTAGCTGATAAATATTTCGTTAGGATCCCAACGATTGGTAGCTGCATCTAAAATCACATT < 1:1946819/134‑1 GTTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTGGTAGATGTATCTGTACTGTCGCTTGTGTCTGTCGTATCTGTACCATTGTCGCTGATAAATATTTCGTTAGGATCCCAACGATTGGTAGCTGCATCTAAAATCACATT < 2:2912705/134‑1 GTTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTGGTAGATGTATCTGTACTGTCGCTTGTGTCTGTCGTATCTGTACCATTGTCGCTGATAAATATTTCGTTAGGATCCCAACGATTGGTAGCTGCATCTAAAATCACATT < 1:1337252/134‑1 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GTACTGTCGCTTGAAGCTGACGTGTCCGTGCCATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCACTTGAAGCTGATGTGTCCGTGCTATCACTTGTGGTAGAGGTAGTATCTGTACTGTCGCTTGAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AssemblyC74_contig_24/130‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTGATGAATCTGAGCTATCACTTGTGGTAGATGTATCTGTACTGTCGCTTGTGTCTGTCGTATCTGTACCATTGTCGCTGATAAATATTTCGTTAGGATCCCAACGATTGGTAGCTGCATCTAAAATCACATT < AssemblyC74_contig_7/152772‑152640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |