| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_28 | 1 = | 0 (0.000) | 376 (0.470) | 93/256 | 0.1 | 100% | intergenic (–/‑81) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/hypothetical protein |
| ? | AssemblyC74_contig_45 | = 1002 | 0 (0.000) | intergenic (‑96/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | Integrase, catalytic region/– | |||||
Only 100 of 378 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTATTGTAGGA > AssemblyC74_contig_28/1‑135 | gtttggtgtaatatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcggttaatacaatatgagtgtaacataaatggcatttatatttgtctcgcttaattatacaaacgtcgATCAATAAAAAt < 1:2873167‑M1/12‑1 (MQ=255)gtttggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAAt < 2:1559453‑M1/12‑1 (MQ=255) ttggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATaa < 2:496751‑M1/14‑1 (MQ=255) ggtgtaagatgggtataagtcatttatgttcactctccttgtatgctttagcgggtattacaatttgagtgtaacataaatggcttttttatttgtctcgcttaattatacaaacggcgATCAATAAAAATAAGt < 2:2667789‑M1/16‑1 (MQ=255) 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aacggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTAt > 2:169353‑M1/8‑135 (MQ=255) acggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTGATTAGGCTTGATGTTGTTTAtt < 1:2050655‑M1/129‑1 (MQ=255) cggcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTATTg > 2:1778065‑M1/6‑135 (MQ=255) gcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTATTGTa > 1:416252‑M1/4‑135 (MQ=255) gcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTATTGTa < 1:2125098‑M1/132‑1 (MQ=255) gcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTATTGTa < 2:801188‑M1/132‑1 (MQ=255) gcgATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTATTGTa > 2:2588582‑M1/4‑135 (MQ=255) gATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTAt > 1:740994‑M1/2‑64 (MQ=255) gATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTAt < 2:740994‑M1/63‑1 (MQ=255) gATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTATTGTAgg < 1:910957‑M1/134‑1 (MQ=255) gATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTATTGTAgg < 2:2877395‑M1/134‑1 (MQ=255) aTCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTATTGTAGGa > 2:895776/1‑135 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATCAATAAAAATAAGTAATTTCTTCGTTATAATCACTTTTGTAACAAATTAAACATTTTTTATGAACAAAAGGAGAATTTTATGAAAAAATTAAGATTAATTGGCTTATTAGGCTTGATGTTGTTTATTGTAGGA > AssemblyC74_contig_28/1‑135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |