| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_1 | = 221 | 313 (1.000) | 200 (0.680) | 63/242 | 1.2 | 57.5% | intergenic (–/‑371) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Two‑component transcriptional response regulator, OmpR family |
| ? | AssemblyC74_contig_12 | 8 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+152) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Polygalacturonase (EC 3.2.1.15) | |||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AACGACTTAGTTATCTTATCACGTCTAAAAACATGTGTCAACTCTTTTTTGGAATTTTCATAAAATGTTTCAATGAAGCGCGACAACGTTGTTTAATATATCATTAAAAAAAATAAAGGTCAAGCTAAAATATTATTTAAG > AssemblyC74_contig_12/1‑141 | cgatttcgtttttcgaaatctttcagcaactcatttatcataacttatcgtttgttatttgtcaagaacttttttgaagtttttttcgatagaatcaagcttcgcaagtggttctttttaacgactTAGttatct < 2:474660‑M2/9‑1 (MQ=255)cgatttcgtttttcgaaatctttcagcaactcatttatcataacttatcgtttgttatttgtcaagaacttttttgaagtttttttcgatagaatcaagcttcgcaagtggttctttttaacgactTAGttatct < 2:2623651‑M2/9‑1 (MQ=255) atttcgtttttcgaaatctttcagcaactcatttatcataacttatcgtttgttatttgtcaagaacttttttgaagtttttttcgatagaatcaagcttcgcaagtggttctttttaacgactTAGttatctta < 1:205711‑M2/11‑1 (MQ=255) atttcgtttttcgaaatctttcagcaactcatttatcataacttatcgtttgttatttgtcaagaacttttttgaagtttttttcgatagaatcaagcttcgcaagtggttctttttaacgactTAGttatctta < 1:1398772‑M2/11‑1 (MQ=255) 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ttttaacgactTAGTTATCTTATCACGTCTAAAAACATGTGTCAACTCTTTTTTGGAATTTTCATAAAATGTTTCAATGAAGCGCGACAACGTTGTTTAATATATCATTAAAAAAAATAAAGGTCAAGCTAAAat > 2:1999069‑M2/12‑135 (MQ=255) taacgtctTAGTTATCTTATCACTTCTAAAAACATGTGTCAACTCTTTTTTGGAATTTTCATAAAATGTTTCATTGAAGCGCGACAAAGTTGTTTAATATATCATTAAAAAAAATAATGGTCAAGCTAAAAtatt < 1:753471‑M2/127‑1 (MQ=255) taacgactTATTTATATTATCACGTCTAAAAACATGTGTCAAATCTTTTTTGGAATTTTCATAAAATGTTTCAATGAAGCGCGACAACGTTGTTTAATATATCATTAAAAAAAATACAGGTCAAGCTAAAAtatt < 2:756404‑M2/127‑1 (MQ=255) taacgactTAGTTATCTTATCACGTCTAAAAACATGTGTCAACTCTTTTTTGGAATTTTCATAAAATGTTTCAATGAAGCGCGACAACGTTGTTTAATATATCATTAAAAAAAATAAAGGTCAAGCTCAAAtatt > 2:2279447‑M2/9‑135 (MQ=255) taacgactTAGTTATCTTATCACGTCTAAAAACATGTGTCAACTCTTTTTTGGAATTTTCATAAAATGTTTCAATGAAGCGCGACAACGTTGTTTAATATATCATTAAAAAAAATAAAGGTCAAGCTAAAAtatt < 2:2238798‑M2/127‑1 (MQ=255) taacgactTAGTTATCTTATCACGTCTAAAAACATGTGTCAACTCTTTTTTGGAATTTTCATAAAATGTTTCAATGAAGCGCGACAACGTTGTTTAATATATCATTAAAAAAAATAAAGGTCAAGCTAAAAtatt < 1:2290314‑M2/127‑1 (MQ=255) taacgactTAGTTATCTTATCACGTCTAAAAACATGTGTCAACTCTTTTTTGGAATTTTCATAAAATGTTTCAATGAAGCGCGACAACGTTGTTTAATATATCATTAAAAAAAATAAAGGTCAAGCTAAAAtatt < 1:224529‑M2/127‑1 (MQ=255) taacgactTAGTTATCTTATCACCTCTAAAATGATGTGTCAACTCTTTTTTGGAATTTTCATAAAATGTTTCAATGAAGCGCGACAACGTTGTTTAATATATCAATAAAAAAAATAAAGGTCAAGCTAAAAtatt < 1:910986‑M2/127‑1 (MQ=255) aacgactTAGTTATCTTATCACGTCTAAAAACATGTGTCAACTCTTTTTTGGAATTTTCATAAAATGTTTCAATGAAGCGCGACAACGTTGTTTAATATATAAATAAAAAAAATAAATGTCAAGCTAAAAtatta > 1:1094882‑M2/8‑135 (MQ=255) acgactTAGTTATCTTATCACGTCTAAAAACATGTGTCAACTCTTTTTTGGAATTTTCATAAAATGTTTCAATGAAGCGCGACAACGTTGTTTAATATATCATTAAAAAAAATAAATGTCAAGCTAAAAtattat > 2:2759401‑M2/7‑135 (MQ=255) tTAGTTATCTTATCACGTCTAAAAACATGTGTCAACTCTTTTTTGGAATTTTCATAAAATGTTTCAATGAAGCGCGACAACGTTGTTTAATATATCATTAAAAAAAATAAAGGTCAAGCTAAAATATTATTTAAg < 1:366979‑M2/134‑1 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AACGACTTAGTTATCTTATCACGTCTAAAAACATGTGTCAACTCTTTTTTGGAATTTTCATAAAATGTTTCAATGAAGCGCGACAACGTTGTTTAATATATCATTAAAAAAAATAAAGGTCAAGCTAAAATATTATTTAAG > AssemblyC74_contig_12/1‑141 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |