| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_34 | 2046 = | 102 (0.390) | 156 (0.640) +T |
35/254 | 2.3 | 75.5% | intergenic (‑223/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | PaaD‑like protein (DUF59) involved in Fe‑S cluster assembly/– |
| ? | AssemblyC74_contig_56 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+1) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Co‑activator of prophage gene expression IbrA | |||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGAATT > AssemblyC74_contig_56/1‑134 | ctcctggtatgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGAt < 1:2096554‑M2/65‑1 (MQ=255) ctggtatgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCaaa < 1:1990366‑M2/70‑1 (MQ=255) ctggtatgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCaaa < 2:1175018‑M2/70‑1 (MQ=255) tgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCg < 1:56816‑M2/75‑1 (MQ=255) 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ttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTcaca < 1:1005333‑M2/80‑1 (MQ=255) ttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattttagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCTTCACAGta > 2:1155015‑M2/53‑135 (MQ=255) ttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGta > 2:288053‑M2/53‑135 (MQ=255) tagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAAtatt < 1:120891‑M2/34‑1 (MQ=255) tagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATg > 2:2540422‑M2/50‑86 (MQ=255) tagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATg < 1:2540422‑M2/37‑1 (MQ=255) tagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGtatta > 1:1493033‑M2/50‑135 (MQ=255) tagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGtatta > 2:240927‑M2/50‑135 (MQ=255) tacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCGATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCt < 2:787562‑M2/91‑1 (MQ=255) tacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTc < 1:772825‑M2/90‑1 (MQ=255) tacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCt < 2:1493033‑M2/91‑1 (MQ=255) tacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCt < 1:73438‑M2/91‑1 (MQ=255) tacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCt < 1:270254‑M2/91‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCt > 2:2065930‑M2/35‑125 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAg > 1:1394394‑M2/35‑127 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAg < 2:1394394‑M2/93‑1 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTgta > 2:394691‑M2/35‑135 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTgta > 1:198783‑M2/35‑135 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTgta > 2:2684547‑M2/35‑135 (MQ=255) 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2:127801‑M2/8‑135 (MQ=255) ccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGa < 1:1410434‑M2/131‑1 (MQ=255) ccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGa < 1:394688‑M2/131‑1 (MQ=255) ccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGa < 1:394691‑M2/131‑1 (MQ=255) ccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGa < 2:1247120‑M2/131‑1 (MQ=255) ccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGa < 1:240927‑M2/131‑1 (MQ=255) ccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGa < 1:2334515‑M2/131‑1 (MQ=255) ccagTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCAAGAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGa < 1:664557‑M2/131‑1 (MQ=255) cattCCAATCATATAGGTGATAAAAGTTATAAATTTTATGATTAAATCTATAGCTATAACGATTAGATACAAACATCTTAACAGTATTATTTCTATTAACTGTAGTATAGAGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGat < 1:166001/132‑2 (MQ=255) catTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa < 2:1473041‑M2/132‑1 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAg > 1:246877‑M2/3‑95 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 2:1912680‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 2:1912597‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 2:1867859‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 1:2170755‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 2:1473991‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 2:2779027‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 1:2666597‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 2:269163‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGAAt < 1:1912680‑M2/133‑1 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGAAt < 1:1912597‑M2/133‑1 (MQ=255) tTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGAAtt < 2:254711‑M2/134‑1 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGAATT > AssemblyC74_contig_56/1‑134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |