| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_1 | 443129 = | 335 (0.800) | 234 (0.610) | 59/238 | 2.4 | 59.3% | intergenic (+258/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_si milarity/– | Conserved hypothetical protein ArsC related/– |
| ? | AssemblyC74_contig_11 | = 78782 | 0 (0.000) | coding (62/66 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=elepa@bvbrc | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
TATCATTTGTTATTTGTCAAGAACTTTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCACAAGTGGTTCTTTTTTAACAACTCAGTTATCTTATCATGTCATTTCTAACATGTCAACAACTATTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AssemblyC74_contig_1/443255‑443129‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑attttTTAAATTTTTTAGAAATGTGATATAACATCCACTTCAGAATCAACGCTGTTAAATTTATCATGTATTTCTTCCTTGGTCAACTATAAATTAAGCATTACTTTGTGAAATGATTTTTCGATCAATTATTATTATT < AssemblyC74_contig_11/78782‑78649 TTTGTTATTTGTCAAGAAC‑TTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCGCAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCGTTAGTAACATGTCAATAACTATTTTTTAAATTTTTTAGA > 1:144245/1‑135 TTTGTTATTTGTCAAGAAC‑TTTTTTGAAGTTTTTTTCGATAGAATCAAGCTTCGCAAGTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCGTTAGTAACATGTCAATAACTATTTTTTAAATTTTTTAGA > 2:3729512/1‑135 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1:1849602/135‑1 GTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCGTTAGTAACATGTCAATAACTATTTTTTAAATTTTTTAGAAATGTGATATAACATCCACTTCAGAATCAACGCTGTTAAATTTATCATGTATTTCT > 1:996850/1‑134 GTGGTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCGTTAGTAACATGTCAATAACTATTTTTTAAATTTTTTAGAAATGTGATATAACATCCACTTCAGAATCAACGCTGTTAAATTTATCATGTA < 1:312870/129‑1 GTTCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCGTTAGTAACATGTCAATAACTATTTTTTAAATTTTTTAGAAATGTGATATAACATCCACTTCAGAATCAACGCTGTTAAATTTATCATGTATTTCTTCCT < 1:3854222/135‑1 TCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCGTTAGTAACATGTCAATAACTATTTTTTAAATTTTTTAGAAATGTGATATAACATCCACTTCAGAATCAACGCTGTTAAATTTATCATGTATTTCTTCCTT < 2:3339219/134‑1 TCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCGTTAGTAACATGTCAATAACTATTTTTTAAATTTTTTAGAAATGTGATATAACATCCACTTCAGAATCAACGCTGTTAAATTTATCATGTATTTCTTCCTT < 1:1079631/134‑1 TCTTTTTTAACGACTCAGTTATCTTATCATGTCGTTAGTAACATGTCAATAACTATTTTTTAAATTTTTTAGAAATGTGATATAACATCCACTTCAGAATCAACGCTGTTAAATTTATCATGTATTTCTTCCTT < 1:2806555/134‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |