| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | AssemblyC74_contig_1 | 443129 = | 335 (0.800) | 234 (0.610) | 59/238 | 2.4 | 59.3% | intergenic (+258/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_si milarity/– | Conserved hypothetical protein ArsC related/– |
| ? | AssemblyC74_contig_11 | = 78782 | 0 (0.000) | coding (62/66 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=elepa@bvbrc | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 606 total aligned reads displayed.
TTTATGTGGTCAAAATTCAAATCTAGGTGGGGATATAGAGTTAAAAATATATTGACATGTGTAAATTTACATGATATATTCATTTCTGTTGTTTTAAGTAGCAAAGCAATAAAATAGTATTTTAAAAAACATATAAAATAGTTGTTGACATGTTAGAAATGACATGATAAGATAACTGAGTTGTTAAAAAAGAACCACTTGTGAAGCTTGATTCTATCGAAAAAAACTTCAAAAAAAGTTCTTGACAAATAACAAATGATAAG > AssemblyC74_contig_1/442995‑443257 | aataataataatttatcgaaaaatcatttcacaaagtaatgcttaatttatagttgaccaatgaagaaatacatgattaatttaacagcgttgattctgaagtggatgttatttcacatttctaaaaaatttaaa > 1:1208262‑M1/135‑135 (MQ=255) ttATGTGGTCAAAATTCAAATCTAGGTGGGGATATAGAGTTAAAAATATATTGACATGTGTAAATTTACATGATATATTCATTTCTGTTGTTTTAAGTAGCAAAGCAATAAAATAGTATTTTAAAAAACATATaa > 2:54349/1‑135 (MQ=255) ataataataattgatcgaaaaatcatttcacaaagtaatgcttaatttatagttgaccaaggaagaaatacatgataaatttaacagcgttgattctgaagtggatgttatatcacatttctaaaaaatttaaaa < 1:2338438‑M1/2‑1 (MQ=255) ataataataattgatcgaaaaatcatttcacaaagtaatgcttaatttatagttgaccaaggaagaaatacatgataaatttaacagcgttgattctgaagtggatgttatatcacatttctaaaaaatttaaaa < 1:477875‑M1/2‑1 (MQ=255) ataataataattgatcgaaaaatcatttcacaaagtaatgcttaatttatagttgaccaaggaagaaatacatgataaatttaacagcgttgattctgaagtggatgttatatcacatttctaaaaaatttaaaa < 1:3767728‑M1/2‑1 (MQ=255) aataataattgatcgaaaaatcatttcacaaagtaatgcttaatttatagttgaccaaggaagaaatacatgataaatttaacagcgttgattctgaagtggatgttatatcacatttctaaaaaatttaaaaaa < 1:2820995‑M1/4‑1 (MQ=255) aataataattgatcgaaaaatcatttcacaaagtaatgcttaatttatagttgaccaaggaagaaatacatgataaatttaacagcgttgattctgaagtggatgttatatcacatttctaaaaaatttaaaaaa < 2:922336‑M1/4‑1 (MQ=255) aataataattgatcgaaaaatcatttcacaaagtaatgcttaatttatagttgaccaaggaagaaatacatgataaatttaacagcgttgattctgaagtggatgttatatcacatttctaaaaaatttaaaaaa > 1:1421296‑M1/132‑135 (MQ=255) aataataattgatcgaaaaatcatttcacaaagtaatgcttaatttatagttgaccaaggaagaaatacatgataaatttaacagcgttgattctgaagtggatgttatatcacatttctaaaaaatttaaaaaa > 2:3072601‑M1/132‑135 (MQ=255) aataataattgatcgaaaaatcatttcacaaagtaatgcttaatttatagttgaccaaggaagaaatacatgataaatttaacagcgttgattctgaagtggatgttatatcacatttctaaaaaatttaaa > 1:1343375‑M1/132‑132 (MQ=255) aTGTGGTCAAAATTCAAATCTAGGTGGGGATATAGAGTTAAAAATATATTGACATGTGTAAATTTACATGATATATTCATTTCTGTTGTTTTAAGTAGCAAAGCAATAAAATAGTATTTTAAAAAACATATaaaa > 2:3451784/1‑135 (MQ=255) aTGTGGTCAAAATTCAAATCTAGGTGGGGATATAGAGTTAAAAATATATTGACATGTGTAAATTTACATGATATATTCATTTCTGTTGTTTTAAGTAGCAAAGCAATAAAATAGTATTTTAAAAAACATATaaaa < 1:3299715/135‑1 (MQ=255) aTGTGGTCAAAATTCAAATCTAGGTGGGGATATAGAGATAAAAATATATTGACAAGTTTAAATTTACATTATATATTAATTTCTGTTTTTTTAAGTAGCAAAGCAATAAAATAGTATTTTAAAAAACATATaaaa < 2:3139061/135‑1 (MQ=255) ataattgatcgaaaaatcatttcacaaagtaatgcttaatttatagttgaccaaggaagaaatacatgataaatttaacagcgttgattctgaagtggatgttatatcacatttctaaaaaatttaaAAAATAgt > 1:3496486‑M1/128‑135 (MQ=255) ttgatcgaaaaatcatttcacaaagtaatgcttaatttatagttgaccaaggaagaaatacatgataaatttaacagcgttgattctgaagtggatgttatatcacatttctaaaaaatttaaAAAatagttatt > 1:3399878‑M1/124‑132 (MQ=255) ttgatcgaaaaatcatttcacaaagtaatgcttaatttatagttgaccaaggaagaaatacatgataaatttaacagcgttgattctgaagtggatgttatatcacatttctaaaaaatttaaAAAatagttatt > 1:1518681‑M1/124‑132 (MQ=255) 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tAAAAAACATATAAAATAGTTGTTGACATGTTAGAAATGACATGATAAGATAACTGAGTTGTTAAAAAAGAACCACTTGTGAAGCTTGATTCTATCGAAAAAAACTTCAAAAAAAGTTCTTGACAAATAACAAAt < 2:2615838/135‑1 (MQ=255) aaaaaaCATATAAAATAGTTGTTGACATGTTAGAAATGACATGATAAGATAACTGAGTTGTTAAAAAAGAACCACTTGTGAAGCTTGATTCTATCGAAAAAAACTTCAAAAAAAGTTCTTGACAAATAACAAATg > 2:1727109/1‑135 (MQ=255) aaaaaTTTAAAAAATAGTTATTGACATGTTACTAACGACATGATAAGATAACTGAGTCGTTAAAAAAGAACCACtt < 2:1256257/76‑1 (MQ=11) aaaaaTTTAAAAAATAGTTATTGACATGTTACTAACGACATGATAAGATAACTGAGTCGTTAAAAAAGAACCACtt > 1:1256257/1‑76 (MQ=11) | TTTATGTGGTCAAAATTCAAATCTAGGTGGGGATATAGAGTTAAAAATATATTGACATGTGTAAATTTACATGATATATTCATTTCTGTTGTTTTAAGTAGCAAAGCAATAAAATAGTATTTTAAAAAACATATAAAATAGTTGTTGACATGTTAGAAATGACATGATAAGATAACTGAGTTGTTAAAAAAGAACCACTTGTGAAGCTTGATTCTATCGAAAAAAACTTCAAAAAAAGTTCTTGACAAATAACAAATGATAAG > AssemblyC74_contig_1/442995‑443257 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |