| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | AssemblyC74_contig_30 | = 330 | 546 (1.100) | 508 (0.980) | 109/248 | 0.1 | 65.0% | intergenic (+78/+111) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_si milarity/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Mobile element protein/hypothetical protein |
| ? | AssemblyC74_contig_36 | = 1754 | 0 (0.000) | intergenic (+133/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | hypothetical protein/– | |||||
Only 100 of 1605 total aligned reads displayed.
TCACCAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGTCTACAGTCTGAGGCTAGCAAATGCTAGCCTCTTTAATAAATCGGTAAAATTTCCTAAATTCTATTGAACATTCGTTAAAACTA > AssemblyC74_contig_30/197‑463 | cACCAATATGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGAACTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAag > 2:2073063‑M1/1‑133 (MQ=255) aCCAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAttt < 2:1956378/135‑1 (MQ=34) aCCAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAttt < 2:3467441/135‑1 (MQ=34) ccAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAtttt < 1:3350488/135‑1 (MQ=35) cAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTa < 2:719982/135‑1 (MQ=37) cAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTa < 1:3553898/135‑1 (MQ=37) cAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTa < 2:2708532/135‑1 (MQ=37) cAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTa < 1:2595677/135‑1 (MQ=37) cAATATGCGTTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTa < 2:3842800/135‑1 (MQ=37) atatGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAACGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaag > 2:935024‑M2/1‑128 (MQ=255) tatGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagt > 1:1997380‑M2/1‑127 (MQ=255) atGCGCTTGCGGATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtt > 2:846083‑M2/1‑126 (MQ=255) gATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactgga > 2:2248393‑M1/1‑115 (MQ=255) gATTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTAATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtttctgaccctt < 2:1480994‑M2/134‑20 (MQ=255) aTTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACa > 2:2292812/1‑134 (MQ=255) aTTTTTCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACa > 2:3394804/1‑134 (MQ=255) tCTAATCAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtct < 2:434942‑M1/135‑27 (MQ=255) cAACGGGTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtcttatcga < 1:296249‑M1/135‑33 (MQ=255) gTTAATCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGc > 2:110000/1‑119 (MQ=255) aaTCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGTTTCTATTTATCATag < 1:804885/134‑1 (MQ=255) tCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtt < 1:1663408‑M2/101‑10 (MQ=255) tCAGCTACACATAAAAAAACATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGTTTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGt < 1:3288030/135‑1 (MQ=255) 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aaaaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtttctgaccctttccttgctttcaattagttaataatgatcttttgcagaa < 1:1452961‑M2/135‑59 (MQ=255) aaaaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtttctgaccctttccttgctttcaattagttaa < 1:3717089‑M2/117‑41 (MQ=255) aaaaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtcttatcgaattaaagattataaagaaaaaaagtt > 2:1622986‑M1/1‑77 (MQ=255) aaaaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattaaaattactggaaagtcttatcgaattaaagattataaagaaaaaaagtt > 1:2051644‑M1/1‑77 (MQ=255) aaaaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGTCTACa > 2:1891810/1‑132 (MQ=255) aaaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtcttatcgaattaaagattataaagaaaaaaagttg < 1:1161843‑M1/135‑60 (MQ=255) aaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtttctgaccctttccttgctttcaattagttaataatgatcttttgcagaata < 1:3029284‑M2/135‑61 (MQ=255) aaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtcttatcgaattaaagattataaagaaaaaaagttgt < 1:2260497‑M1/135‑61 (MQ=255) aaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtc < 2:2527399‑M1/100‑26 (MQ=255) aaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtc > 1:2527399‑M1/1‑75 (MQ=255) aaCATCAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGTCTACAGTCTg < 2:3316371/135‑1 (MQ=255) cAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtcttatcgaattaaagattataaagaaaaaaagttgtcgtat < 1:90079‑M1/135‑66 (MQ=255) cAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGTCTACAGTCTGAGGCt < 1:1847656/135‑1 (MQ=255) cAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGTCTACAGTCTGAGGCt < 1:3472456/135‑1 (MQ=255) cAAAGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTATAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGTCTACAGTCTGAGGCt < 1:2128427/135‑1 (MQ=255) aaaGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtttctgaccctttccttgctttcaattagttaataatgatcttttgcagaataaataaa < 1:2319682‑M2/135‑67 (MQ=255) aaGCTAGTGACTTTTACTAACTTTGATGTTCATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCATTTTAACATGTATAAAGACAGCCGATTCTATTTATCATAGAGTTGGCTGTCTACAGTCTGAGGCTAg < 2:3918680/135‑1 (MQ=255) aCTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtttctgaccctttccttgctttcaattagttaataatgatcttttgcagaataaataaatatcgtctca < 1:1003143‑M2/135‑77 (MQ=255) aCTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtcttatcgaattaaagattataaagaaaaaaagttgtcgtataagtaaccttg > 2:178793‑M1/1‑59 (MQ=255) aCTTTTACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCAagattattcaaattactggaaagtcttatcgaattaaagattataaagaaaaaaagttg < 1:963519‑M1/118‑60 (MQ=255) ttttACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtttctgaccctttccttgctttcaattagttaataatgatcttttgcagaataaataaatatcgtctcat > 1:1594416‑M2/1‑57 (MQ=255) ttttACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtttctgaccctttccttgctttcaattagttaataatgatcttttgcagaataaataaatatcgtctcat > 1:1714451‑M2/1‑57 (MQ=255) ttACTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtttctgaccctttccttgctttcaattagttaataatgatcttttgcagaataaataaatatcgtctcatttt > 1:745708‑M2/1‑55 (MQ=255) aCTAACTTTGATGTTTATAGATGACCTTATCAGTCCGATTTGACAAAGAGCCActtaaagtttctgaccctttccttgctttcaattagttaataatgatcttttgcagaataaataaatatcgtctcattttca > 1:1301590‑M2/1‑53 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |