| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_33 | 1 = | 0 (0.000) | 265 (0.530) | 86/248 | 0.5 | 100% | coding (1/972 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | hypothetical protein |
| ? | AssemblyC74_contig_8 | = 115683 | 0 (0.000) | coding (1791/1791 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Phage capsid and scaffold | |||||
Only 100 of 542 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TATCCTAGTGAATTAAAAACAGATGCAGAAAAGAGAGCTTGGAGAATTTACGATATTTTGTGTAATAACGGATTTACGAAACAATCTGCATGTGGAATATTGGGGAACATTCAACAAGAAACAGGAGGAACTTTT > AssemblyC74_contig_33/1‑135 | ttattaggaaatggtaaagcaatttattttggagacttagatgtacaaggaaaacttacagttaaaggaaaagaaataattcctggacaaggtggtggtccatcaggaggtggagaatctactggtggaTATCCt > 2:3923802‑M1/130‑135 (MQ=255)cgtatagacttgatcggaagaacttccataggtggacgtttagatgtgaaagaactttatgtgaatgggcaaaaagtgatacctggacaaagcggtggtccatcaggaggtggagaatctactggtgggTATCCt < 1:917182‑M2/6‑1 (MQ=255) ttaggaaatggtaaagcaatttattttggagacttagatgtacaaggaaaacttacagttaaaggaaaagaaataattcctggacaaggtggtggtccatcaggaggtggagaatctactggtggaTATCCTAGt > 2:3826423‑M1/127‑135 (MQ=255) atagacttgatcggaagaacttccataggtggacgtttagatgtgaaagaactttatgtgaatgggcaaaaagtgatacctggacaaagcggtggtccatcaggaggtggagaatctactggtgggTATCCTAGt > 2:278962‑M2/127‑135 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |