| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_23 | = 9396 | 0 (0.000) | 311 (0.630) | 80/248 | 0.4 | 100% | intergenic (+36/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_si milarity/– | DNA‑directed RNA polymerase beta subunit (EC 2.7.7.6)/– |
| ? | AssemblyC74_contig_49 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑111) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein | |||||
Only 100 of 666 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ACCCGTGGTGCTAGTTAATTTTTTCCTAGAGGAAAATGTCTAAACATGTTGGTAAATCAACAAAAAAACGCATATAGTAGTCTCAAAACTCCCAAGAAATGAGGACTACATATGCGTTCATCAAAATATACTGAA > AssemblyC74_contig_49/1‑135 | tgagctgggaatctacgttggaaaagacaaaattcactacgacgaaatacggcacattgaattttaccaggataataagtggagtcgactagaatgaacattatccagcaatatgagctaaagtatataacata > 2:3383676‑M2/134‑134 (MQ=255)tgagctgggaatctacgatggaaaagacaaaattcactacgacgaaatacggcacattgaattttaccaggataataagtggattcgactagaatgaacattaaccagcaataagagctaaattatataaaata > 1:3386473‑M2/134‑134 (MQ=255) gagctgggaatctacgttgtaaaagacaaaattcactacgacgaaatacggcacattgaattttaccaggataataagttgagtcgactagaatgaacattatccagcaatatgagctaaagtatataacatAc < 2:1254678‑M2/2‑1 (MQ=255) gagctgggaatctacgttggaaaagacaaaattcactacgacgaaatacggcacattgaattttaccaggataataagtggagtcgactagaatgaacattatccagcaatatgagctaaagtatataacatAc < 2:469968‑M2/2‑1 (MQ=255) 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ACCCGTGGTGCTAGTTAATTTTTTCCTAGAGGAAAATGTCTAAACATGTTGGTAAATCAACAAAAAAACGCATATAGTAGTCTCAAAACTCCCAAGAAATGAGGACTACATATGCGTTCATCAAAATATACTGAA > AssemblyC74_contig_49/1‑135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |