| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_34 | 2046 = | 132 (0.420) | 301 (0.820) +T |
51/246 | 1.9 | 82.1% | intergenic (‑223/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | PaaD‑like protein (DUF59) involved in Fe‑S cluster assembly/– |
| ? | AssemblyC74_contig_56 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+1) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Co‑activator of prophage gene expression IbrA | |||||
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGAATT > AssemblyC74_contig_56/1‑134 | ggtatgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATg > 2:669457‑M2/64‑100 (MQ=255)ggtatgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAAc > 2:239728‑M2/64‑134 (MQ=255) gtatgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACAt < 1:1356356‑M2/73‑1 (MQ=255) tgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCg < 1:3799062‑M2/75‑1 (MQ=255) tgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCg < 1:983899‑M2/75‑1 (MQ=255) tgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCg < 2:1037359‑M2/75‑1 (MQ=255) tgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCg < 2:169020‑M2/75‑1 (MQ=255) tgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCg < 1:2041211‑M2/75‑1 (MQ=255) tgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCg < 2:2649415‑M2/75‑1 (MQ=255) tgttttcttctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGt < 2:3535539‑M2/76‑1 (MQ=255) ctagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGtatt < 1:1422396‑M2/85‑1 (MQ=255) tagtctacactccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGa < 2:396262‑M2/17‑1 (MQ=255) tagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAAc > 1:2983577‑M2/50‑106 (MQ=255) tagtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGtatta < 2:3492947‑M2/86‑1 (MQ=255) agtctacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCg < 2:3627464‑M2/75‑1 (MQ=255) ttgtcaccttaatttttctgtcttgttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCGATAGCTATAACGAATAGATCCAATCATCGTCACAGTATTATTTCt < 1:1842970‑M2/91‑1 (MQ=255) tacacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTattatt > 1:383273‑M2/45‑132 (MQ=255) 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cacaccttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAg < 1:331817‑M2/93‑1 (MQ=255) cacaccttaatttttctgtctagttaagtgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAg < 2:2983153‑M2/93‑1 (MQ=255) cacaccttaatttttctgtatagataattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAg < 2:3782377‑M2/93‑1 (MQ=255) accttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCt < 2:962074‑M2/91‑1 (MQ=255) accttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGt > 2:767406‑M2/40‑133 (MQ=255) accttaatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGt > 1:1286147‑M2/40‑133 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTaaaa > 1:3863424‑M2/35‑63 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTaaaa < 2:3863424‑M2/29‑1 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAAtattat < 2:85622‑M2/36‑1 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAAtattat > 1:85622‑M2/35‑70 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGAt < 2:3093324‑M2/65‑1 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCg > 2:1998560‑M2/35‑109 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCt > 1:3676127‑M2/35‑125 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCt < 2:407041‑M2/91‑1 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCt > 1:3253912‑M2/35‑125 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAg > 1:1723858‑M2/35‑127 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAg > 2:2910907‑M2/35‑127 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTaa > 2:1433072‑M2/35‑130 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTgta > 1:1009159‑M2/35‑135 (MQ=255) aatttttctgtctagttaattgtagcctatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTgta > 2:3351898‑M2/35‑135 (MQ=255) 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tatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTc < 2:3332694‑M2/121‑1 (MQ=255) tatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCt > 2:3888766‑M2/8‑135 (MQ=255) tatccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCt > 2:1349474‑M2/8‑135 (MQ=255) atccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCt < 2:114736‑M2/91‑1 (MQ=255) atccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTc > 1:3382146‑M2/7‑135 (MQ=255) atccatTCCAATCATAAAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACTAATAGATCCAAACATCGACACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATATCGATTTAAACTTTCTTGAGCTc > 1:3700009‑M2/7‑135 (MQ=255) ccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGa < 1:1625542‑M2/131‑1 (MQ=255) ccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGa < 2:3712336‑M2/131‑1 (MQ=255) ccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGa < 2:384202‑M2/131‑1 (MQ=255) ccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGa < 1:561729‑M2/131‑1 (MQ=255) ccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGa < 1:1910573‑M2/131‑1 (MQ=255) ccatTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGa < 2:514681‑M2/131‑1 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCg > 1:2293545‑M2/3‑77 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCg < 2:2293517‑M2/75‑1 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCt < 1:2395992‑M2/91‑1 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 1:2815734‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 1:1753764‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 1:2198240‑M2/3‑134 (MQ=255) atTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGaa > 2:1569277‑M2/3‑134 (MQ=255) tTCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGAAtt < 1:2931786‑M2/134‑1 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TCCAATCATATAGGGGATAAAAGTTAAAAATATTATGATAAACTCTATAGCTATAACGAATAGATCCAAACATCGTCACAGTATTATTTCTAGTAACTGTAGTATAGCGATTTAAACTTTCTTGAGCTCGAATT > AssemblyC74_contig_56/1‑134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |