| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_18 | 1 = | 0 (0.000) | 169 (0.590) | 59/258 | 0.6 | 100% | intergenic (–/+69) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/hypothetical protein |
| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_34 | = 1203 | 0 (0.000) | intergenic (+58/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | Mobile element protein/– | |||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
CAAGTTAAATGCTCATTTCCGACCATTCGACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < TrimmedAssembly_T66_contig_18/133‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAGCGATAGTTCAATGACCGCCGTAGCCGGTTGTTTAAGGTATCTT < TrimmedAssembly_T66_contig_34/1203‑1069 CAAGTTAAATGCTCATTTCCGACCATTCGACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCT < 1:1200016/136‑1 AAATGCTCATTTCCGACCATTCGACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTG > 1:1212798/1‑136 AAATGCTCATTTCCGACCATTCGACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTG > 1:59148/1‑136 AAATGCTCATTTCCGACCATTCGACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTG > 1:59103/1‑136 GCTCATTTCCGACCATTCGACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAA < 2:1212798/136‑1 GCTCATTTCCGACCATTCGACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAA > 1:112325/1‑136 GCTCATTTCCGACCATTCGACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTACGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAA < 2:584497/136‑1 TTTCCGACCCTTCGACCTGCTTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTACATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAA < 2:1019585/136‑1 TTTCCGACCATTCGACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAA < 2:1019606/136‑1 TCCGACCATTCGACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGT > 1:1235392/1‑136 TCCGACCATTCGACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATT < 2:517240/124‑1 CCGACCATTCGACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTG < 2:534525/136‑1 CATTCGACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACA < 1:2063752/136‑1 ATTCGACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAA > 2:2255823/1‑122 ATTCGACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAA < 1:2255823/122‑1 ACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAGTCAAGTGCAACACTAAGA > 2:471197/1‑136 ACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGA > 2:2209199/1‑136 CCTGATTCCCGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAA < 1:1925216/136‑1 CCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAA < 2:2026378/136‑1 CCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAA < 1:696572/136‑1 CCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAA < 2:933927/136‑1 CCTGAGTCACTCCCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTTCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAA < 2:1889213/136‑1 CTGATTCACGACCCCGTCTATGAGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAAa < 2:161696/136‑2 TTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTAT < 1:526558/136‑1 CACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTAT > 2:1399028/1‑134 CACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTAT > 1:2241512/1‑134 CACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACA < 1:758814/122‑1 CACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACA > 2:758814/1‑122 CACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACA > 2:758728/1‑122 ACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCT < 2:59122/136‑1 ACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCT < 2:59148/136‑1 CGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTT > 2:1223275/1‑136 CCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAAATTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAG < 1:471545/135‑1 CTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGG > 2:704534/1‑135 TGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTA > 2:1742818/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCTTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAAATTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGTACTAGTTGATAA > 2:831875/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCTAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 2:1759351/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTGGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:344341/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:874805/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:1492372/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:944118/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:963780/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:991494/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:1307053/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:1114871/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 2:1387360/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 2:1290059/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:784280/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:1363217/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:2143304/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:504223/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:446953/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:41733/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:368565/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:1718366/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:1753089/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:1785106/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 2:430142/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCT < 1:1222654/134‑1 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCATAGAAGAGGTCTAGATGCTAA > 1:1019726/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATT < 1:2175912/113‑1 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAG > 2:2334720/1‑105 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAG < 1:2334720/105‑1 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTG < 1:1010069/95‑1 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAAGTGTCAAAGCAAGTGCAACACTAAGAATCGATTCTTTGAAGTGGTCTAGTTGCTca > 2:953811/1‑134 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCCCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:1542462/1‑136 GATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCACTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 1:2215418/1‑136 ATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAAGTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAG > 2:1167775/1‑136 TAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAA > 2:1189797/1‑134 TAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGATAA > 2:2270388/1‑134 TTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAATTGCAACACTAAGAATCTATTCTAAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAG > 2:542702/1‑136 TTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAG < 1:1868844/136‑1 TTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAG < 2:362003/136‑1 TTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAG > 2:2167801/1‑136 ACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCA < 1:24323/136‑1 ACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCA < 2:371427/136‑1 TAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTA < 1:1337494/135‑1 ATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATC < 1:2167776/136‑1 AAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTG < 2:391213/136‑1 TCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGC > 1:1719159/1‑136 CGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCA < 1:1125155/136‑1 CGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCA < 1:1822545/136‑1 CGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCA < 2:1785106/136‑1 GTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTATTTTTTCCCTCACTTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGACTCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAG < 2:224457/136‑1 GTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAG < 2:368565/136‑1 GTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAG < 1:1909595/136‑1 GCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAGC < 1:212676/135‑1 TTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAGCGAT > 2:1279044/1‑136 ATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAGCGATAGTTCAA > 2:2221457/1‑136 ATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAGCGATAGTTCA < 2:1852558/135‑1 GAGCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAGCGATAGTTCAATGACCGCCGTA > 1:1644218/1‑135 GCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAGCGATAGTTCAATGACCGCCGTAGC < 2:1492372/135‑1 GCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAGCGATAGTTCAATGACCGCCGTAGC < 2:874805/135‑1 GCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAGCGATAGTTCAATGACCGCCGTAGC < 2:1483920/135‑1 GCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAGCGATAGTTCAATGACCGCCGTAGC < 2:991494/135‑1 GCACGACTTTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAGCGATAGTTCAATGACCGCCGTAG < 2:1345072/134‑1 TTTAATTTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAGCGATAGTTCAATGACCGCCGTAGCCGGTTGTTT < 1:2313770/136‑1 TTTAATTTTTCCCCCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAGCGATAGTTCAATGACCGCCGTAGCCGGTTGTTT < 2:1542462/136‑1 TTTTCCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAGCGATAGTTCAATGACCGCCGTAGCCGGTTGTTTAAGGTA < 2:1114871/136‑1 CCCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAGCGATAGTTCAATGACCGCCGTAGCCGGTTGTTTAAGGTATCTT < 1:1623686/136‑1 CAAGTTAAATGCTCATTTCCGACCATTCGACCTGATTCACGACCACGTCTATGTGGTCCGATAATTGAACACGCGTTAAATTAAAAGTCGTGCTTTCAGGATTAAATTCTGAGAGCACGACTTTTAATTTTTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < TrimmedAssembly_T66_contig_18/133‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTCAATTGTCAAATCAAGTGCAACACTAAGAATCTATTCTTAGAAGTGGTCTAGTTGCTAAGCTAGTTCAGGCATTAGATCGGCTGGGCAGCGATAGTTCAATGACCGCCGTAGCCGGTTGTTTAAGGTATCTT < TrimmedAssembly_T66_contig_34/1203‑1069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |