| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_18 | 1 = | 0 (0.000) | 169 (0.590) | 59/258 | 0.6 | 100% | intergenic (–/+69) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/hypothetical protein |
| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_34 | = 1203 | 0 (0.000) | intergenic (+58/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | Mobile element protein/– | |||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGTCGAATGGTCGGAAATGAGCATTTAACTTG > TrimmedAssembly_T66_contig_18/1‑133 | aagataccttaaacaaccggctacggcggtcattgaactatcgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggg < 1:1623686‑M1/1‑1 (MQ=255) taccttaaacaaccggctacggcggtcattgaactatcgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGaaaa < 2:1114871‑M1/5‑1 (MQ=255) aaacaaccggctacggcggtcattgaactatcgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattggggGAAAAATTaaa < 2:1542462‑M1/11‑1 (MQ=255) aaacaaccggctacggcggtcattgaactatcgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTaaa < 1:2313770‑M1/11‑1 (MQ=255) gctacggcggtcattgaactatcgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGc < 2:991494‑M1/19‑1 (MQ=255) gctacggcggtcattgaactatcgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGc < 2:874805‑M1/19‑1 (MQ=255) gctacggcggtcattgaactatcgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGc < 2:1483920‑M1/19‑1 (MQ=255) gctacggcggtcattgaactatcgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGc < 2:1492372‑M1/19‑1 (MQ=255) ctacggcggtcattgaactatcgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGc < 2:1345072‑M1/19‑1 (MQ=255) tacggcggtcattgaactatcgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGctc > 1:1644218‑M1/115‑135 (MQ=255) ttgaactatcgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAAt > 2:2221457‑M1/104‑136 (MQ=255) tgaactatcgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAAt < 2:1852558‑M1/33‑1 (MQ=255) atcgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGaaa > 2:1279044‑M1/97‑136 (MQ=255) gctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGc < 1:212676‑M1/42‑1 (MQ=255) ctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCAc < 2:368565‑M1/44‑1 (MQ=255) ctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCAc < 1:1909595‑M1/44‑1 (MQ=255) ctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagagtcttagtgttgcacttgatttgacaagtgaggGAAAAAATAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCAc < 2:224457‑M1/44‑1 (MQ=255) tgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACg < 1:1125155‑M1/45‑1 (MQ=255) tgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACg < 2:1785106‑M1/45‑1 (MQ=255) tgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACg < 1:1822545‑M1/45‑1 (MQ=255) gcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGa > 1:1719159‑M1/91‑136 (MQ=255) cagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACtt < 2:391213‑M1/49‑1 (MQ=255) gatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTtttaat < 1:2167776‑M1/54‑1 (MQ=255) taatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTtttaattta < 1:1337494‑M1/57‑1 (MQ=255) tgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCgtgt < 2:371427‑M1/65‑1 (MQ=255) tgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCgtgt < 1:24323‑M1/65‑1 (MQ=255) ctagcttagcaactagaccacttcttagaatagattcttagtgttgcaattgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCaa > 2:542702‑M1/68‑136 (MQ=255) ctagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCaa < 1:1868844‑M1/69‑1 (MQ=255) ctagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCaa > 2:2167801‑M1/68‑136 (MQ=255) ctagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCaa < 2:362003‑M1/69‑1 (MQ=255) cttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGACTTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTAt > 2:1167775‑M1/64‑136 (MQ=255) ttatcaactagtacacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAATTTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCAAGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 2:831875‑M1/63‑136 (MQ=255) ttatcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTa > 2:2270388‑M1/63‑134 (MQ=255) ttagcatctagacctcttctatgaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:1019726‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattggggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:1542462‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgagtGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:2215418‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTa > 2:1189797‑M1/63‑134 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:944118‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 2:1387360‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:2143304‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 2:1290059‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:1785106‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:1753089‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:1718366‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:1492372‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:991494‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:963780‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:874805‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:784280‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:1363217‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:1307053‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 2:430142‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:1114871‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:504223‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:446953‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:41733‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:368565‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgattagacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 2:1759351‑M1/63‑136 (MQ=255) ttagcaactagaccacttccaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 1:344341‑M1/63‑136 (MQ=255) tgagcaactagaccacttcaaagaatcgattcttagtgttgcacttgctttgacacttgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 2:953811‑M1/63‑136 (MQ=255) agcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc < 1:1222654‑M1/74‑1 (MQ=255) tagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACcaca > 2:1742818‑M1/55‑136 (MQ=255) ccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAg > 2:704534‑M1/51‑135 (MQ=255) ctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAATTTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTgg < 1:471545‑M1/91‑1 (MQ=255) aagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCg > 2:1223275‑M1/43‑136 (MQ=255) agaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGt < 2:59122‑M1/95‑1 (MQ=255) agaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGt < 2:59148‑M1/95‑1 (MQ=255) aatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc < 1:2175912‑M1/74‑1 (MQ=255) atagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTg > 2:1399028‑M1/39‑134 (MQ=255) atagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTg > 1:2241512‑M1/39‑134 (MQ=255) atagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGaa < 1:526558‑M1/98‑1 (MQ=255) tttcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCTCATAGACGGGGTCGTGAATCAg < 2:161696‑M1/102‑1 (MQ=255) ttcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAgg < 2:2026378‑M1/103‑1 (MQ=255) ttcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAgg < 2:933927‑M1/103‑1 (MQ=255) ttcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAgg < 1:696572‑M1/103‑1 (MQ=255) ttcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGGGAATCAgg < 1:1925216‑M1/103‑1 (MQ=255) ttcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGAACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGGAGTGACTCAgg < 2:1889213‑M1/103‑1 (MQ=255) tcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGt > 2:2209199‑M1/33‑136 (MQ=255) tcttagtgttgcacttgacttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGt > 2:471197‑M1/33‑136 (MQ=255) cttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc > 2:2334720‑M1/32‑105 (MQ=255) cttagtgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc < 1:2334720‑M1/74‑1 (MQ=255) tgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTg < 1:758814‑M1/96‑1 (MQ=255) tgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTg > 2:758814‑M1/27‑122 (MQ=255) tgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTg > 2:758728‑M1/27‑122 (MQ=255) tgttgcacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGTCGAATg < 1:2063752‑M1/110‑1 (MQ=255) cacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATc < 1:1010069‑M1/74‑1 (MQ=255) cacttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGTCGAATGGTCgg < 2:534525‑M1/115‑1 (MQ=255) acttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGTCGAATGGTCGGa > 1:1235392‑M1/21‑136 (MQ=255) ttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGTCGAATGGTCGGaaa < 2:1019606‑M1/118‑1 (MQ=255) ttgatttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATGTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAAGCAGGTCGAAGGGTCGGaaa < 2:1019585‑M1/118‑1 (MQ=255) ttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGTACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGTCGAATGGTCGGAAATGAGc < 2:584497‑M1/123‑1 (MQ=255) ttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGTCGAAt > 2:2255823‑M1/14‑122 (MQ=255) ttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGTCGAAt < 1:2255823‑M1/109‑1 (MQ=255) ttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGTCGAATGGTCGGAAATGAGc > 1:112325‑M1/14‑136 (MQ=255) ttgacaattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGTCGAATGGTCGGAAATGAGc < 2:1212798‑M1/123‑1 (MQ=255) caattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGTCGAATGGTCGGAAATGAGCAttt > 1:59103‑M1/10‑136 (MQ=255) caattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGTCGAATGGTCGGAAATGAGCAttt > 1:1212798‑M1/10‑136 (MQ=255) caattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGTCGAATGGTCGGAAATGAGCAttt > 1:59148‑M1/10‑136 (MQ=255) aattgaggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGTCGAATGGTCGGa < 2:517240‑M1/116‑1 (MQ=255) aggGAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGTCGAATGGTCGGAAATGAGCATTTAACTTg < 1:1200016‑M1/133‑1 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GAAAAATTAAAAGTCGTGCTCTCAGAATTTAATCCTGAAAGCACGACTTTTAATTTAACGCGTGTTCAATTATCGGACCACATAGACGTGGTCGTGAATCAGGTCGAATGGTCGGAAATGAGCATTTAACTTG > TrimmedAssembly_T66_contig_18/1‑133 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |