| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
‑‑ACGTAAGCAAATGGGACGAGAAACCAAAATTCGGTTTCTCGTCCCATTTGCTTATACAGAGGCTAGTTATGTCACAGCCTCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_2/1‑83‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttCGTGTTCAGTTGATTTTTGATTGGCGGTTGCAAGCAATTCAATCTGCCGCAGAATGAGCCTGTCCTTGTCCACAAGCCATCAGTTCAGCTTGGTAGGCATCATTGATGCGATTGAGTGCTTGGTGAAATTCCGT < TrimmedAssembly_T66_contig_5/187151‑187018 aggCGTAAGCAAATGGGACGAGAAACCAAAATTCGGTTTCTCGTCCCATTTGCTTATACAGAGGCTAGTTATGTCACAGCCTCTTCGTGTTCAGTTGATTTTTGATTGGCGGTTGCAAGCAATTCAATCTGCCGCA < 1:1865635/133‑1aggCGTAAGCAAATGGGACGAGAAACCAAAATTCGGTTTCTCGTCCCATTTGCTTATACAGAGGCTAGTTATGTCACAGCCTCTTCGTGTTCAGTTGATTTTTGATTGGCGGTTGCAAGCAATTCAATCTGCCGCA < 1:1246393/133‑1aggCGTAAGCAAATGGGACGAGAAACCAAAATTCGGTTTCTCGTCCCATTTGCTTATACAGAGGCTAGTTATGTCACAGCCTCTTCGTGTTCAGTTGATTTTTGATTGGCGGTTGCAAGCAATTCAATCTGCCGCA < 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CAGCCTCTTCGTGTTCAGTTGATTTTTGATTGGCGGTTGCAAGCAATTCAATCTGCCGCAGAATGAGCCTGTCCTTGTCCACAAGCCATCAGTTCAGCTTGGTAGGCATCATTGATGCGATTGAGTGCTTGGTGAA > 2:2084222/1‑136 CAGCCTCTTCGTGTTCAGTTGATTTTTGATTGGCGGTTGCAAGCAATTCAATCTGCCGCAGAATGAGCCTGTCCTTGTCCACAAGCCATCAGTTCAGCTTGGTAGACATCATTGATGCGATTGAGTGCTTGGTGAA > 1:475558/1‑136 CAGCCTCTTCGTGTTCAGTTGATTTTTGATTGGCGGTTGCAAGCAATTCAATCTGCCGCAGAATGAGCCTGTCCTTGTCCACAAGCCATCAGTTCAGCTTGGTAGACATCATTGATGCGATTGAGTGCTTGGTGAA > 1:475430/1‑136 CAGCCTCTTCGTGTTCAGTTGATTTTTGATTGGCGGTTGCAAGCAATTCAATCTGCAGCAGAATGAGCCTGTCCTTGTCCACAAGCCATCAGTTCAGCTTGGTAGGCATCATTGATGCGATTGAGTGCTTGGTGAA > 2:183951/1‑136 CTCTTCGTGTTCAGTTGATTTTTGATTGGCGGTTGCAAGCAATTCAATCTGCCGCAGAATGAGCCTGTCCTTGTCCACAAGCCATCAGTTCAGCTTGGTAGTCATCATTTATGCGATTGAGTGCTTGGTGAAATT > 2:1933934/1‑135 CTCTTCGTGTTCAGTTGATTTTTGATTGGCGGTTGCAAGCAATTCAATCTGCCGCAGAATGAGCCTGTCCTTGTCCACAAGCCATCAGTTCAGCTTGGTAGGCATCATTGATGCGATTGAGTGCTTGGTGAAATT > 2:548627/1‑135 CTCTTCGTGTTCAGTTGATTTTTGATTGGCGGTTGCAAGCAATTCAATCTGCCGCAGAATGAGCCTGTCCTTGTCCACAAGCCATCAGTTCAGCTTGGTAGGCATCATTGATGCGATTGAGTGCTTGGTGAAATT > 2:1685393/1‑135 CTCTTCGTGTTCAGTTGATTTTTGATTGGCGGTTGCAAGCAATTCAATCTGCCGCAGAATGAGCCTGTCCTTGTCCACAAGCCATCAGTTCAGCTTGGTAGGCATCATTGATGCGATTGAGTGCTTGGTGAAATT > 2:178083/1‑135 CTCTTCGTGTTCAGTTGATTTTTGATTGGCGGTTGCAAGCAATTCAATCTGCCGCAGAATGAGCCTGTCCTTGTCCACAAGCCATCAGTTCAGCTTGGTAGGCATCATTGATGCGATTGAGTGCTTGGTGAAATT > 1:1885299/1‑135 CTCTTCGTGTTCAGTTGATTTTTGATTGGCGGTTGCAAGCAATTCAATCTGCCGCAGAATGAGCCTGTCCTTGTCCACAAGCCATCAGTTCAGCTTGGTAGGCATCATTGATGCGATTGAGTGCTTGGTGAAATT > 2:2419217/1‑135 CTTCGTGTTCAGTTGATTTTTGATTGGCGGTTGCAAGCAATTCAATCTGCCGCAGAATGAGCCTGTCCTTGTCCACAAGCCATCAGTTCAGCTTGGTAGGCATCATTGATGCGATTGAGTGCTTGGTGAAATTCCG < 1:2087324/136‑1 ‑‑ACGTAAGCAAATGGGACGAGAAACCAAAATTCGGTTTCTCGTCCCATTTGCTTATACAGAGGCTAGTTATGTCACAGCCTCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_2/1‑83‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttCGTGTTCAGTTGATTTTTGATTGGCGGTTGCAAGCAATTCAATCTGCCGCAGAATGAGCCTGTCCTTGTCCACAAGCCATCAGTTCAGCTTGGTAGGCATCATTGATGCGATTGAGTGCTTGGTGAAATTCCGT < TrimmedAssembly_T66_contig_5/187151‑187018 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |